一种新型β冠状病毒(SARS‑CoV‑2)变异检测试剂盒，其特征在于，包括以下部分：RNA探针组，引物，封闭缓冲液，RNA酶封闭液，杂交缓冲液，结合缓冲液，1倍浓度的SSC的漂洗液，0.1倍浓度的SSC的漂洗液，PCR反应液和TE缓冲液；所述的RNA探针组包括311条RNA探针，所述的RNA探针序列如SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.311。本发明提供的一种用于新型β冠状病毒(SARS‑CoV‑2)变异检测试剂盒，可以对文库中的β冠状病毒核酸序列进行富集，提高检测灵敏性，同时检测所有人和动物的β冠状病毒，用于β冠状病毒的检测和遗传变异检测。
本发明公开了一种对建库流程进行质控的方法，所述方法包括：将A序列末端补平磷酸化加A，A序列为双链序列SEQ ID NO.4，其中最后四个核苷酸GATC为单链末端；将B序列末端补平磷酸化加A，B序列为双链序列SEQ ID NO.8，其中开始四个核苷酸TGCA为单链末端；将C序列末端补平磷酸化加A，C序列为双链序列SEQ ID NO.11。本发明还公开了对建库过程中的步骤进行质控的模板组合，所述模板组合包括：SEQ ID NO.4、SEQ ID NO.8、SEQ ID NO.11、SEQ SEQ ID NO.14、ID NO.17、SEQ ID NO.20和SEQ ID NO.23。
通过设计两端带有部分接头序列的DNA探针，在CircLigaseTM II ssDNA Ligase酶的作用下，与其有完全互补或者部分互补的靶向序列之间会形成探针‑靶序列复合体，即环化产物。环化产物在phi29聚合酶和在一条带有标识引物作用下进行指数扩增，扩增后的产物在一对带有测序引物的作用下，产生大量的适合illumia测序平台的文库，这与传统的捕获建库方法相比，极大地缩短了上机文库的准备时间，同时也省去了繁琐的文库制备过程以及在制备文库过程中，有效文库的丢失。
