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[发明专利]一种超声声场装置及数字PCR液滴阵列芯片制作方法-CN201910914528.2有效
发明人：顾忠泽;田良飞;杜鑫;葛芹玉 -专利权人：东南大学
申请日： 2019-09-25 - 公布日： 2023-04-25 - 主分类号： C12M1/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种超声声场装置及数字PCR液滴阵列芯片制作方法，所述装置通过信号发生器给具有相同共振频率的压电陶瓷器件施加正弦波，声波产生的辐射力可以将乳液中的液滴捕获住，使其在特定位置上产生二维的排列。所述方法包括a、建立基于压电陶瓷器件的超声声场装置，通过控制超声装置的频率和大小，调节得到的液滴阵列的整体大小和液滴密度；b、配置PCR乳液；c、将密封的乳液置于超声声场装置中，启动装置，产生稳定的二维声场，PCR乳液中的水相逐渐在驻波的节点上形成均匀的二维阵列。本发明使用简单的压电陶瓷基声场装置，来构建皮升量级的数字PCR反应体系，技术成熟，成本低廉，芯片尺寸可在大范围内调控。
一种超声声场装置数字 pcr 阵列芯片制作方法

[发明专利]一种微量样品的全长环状RNA鉴定方法-CN202211691207.9在审
发明人：白云飞;卢文翔;李晓晗;葛芹玉 -专利权人：东南大学
申请日： 2022-12-27 - 公布日： 2023-03-14 - 主分类号： C12Q1/6876 文献下载
摘要：本发明公开了一种微量样品的全长环状RNA鉴定方法，步骤如下：a)去除样品中的线性RNA；b)环状RNA的全长逆转录；c)全长逆转录产物扩增形成双链cDNA；d)去除核糖体基因序列；e)富集去除核糖体后的全长逆转录产物；f)构建长读长测序文库并测序，测序数据进行分析鉴定得到环状RNA全长序列。本发明提供的全长环状RNA鉴定方法具有可用于微量样品的环状RNA鉴定、全长环状RNA序列比例高、操作容易等特点，可用于精确的全长环状RNA序列的获得。
一种微量样品全长环状 rna 鉴定方法

[发明专利]一种用于高分辨空间转录组测序芯片-CN201911047068.4有效
发明人：赵祥伟;叶凯强;葛芹玉;汪柳菁 -专利权人：东南大学
申请日： 2019-10-30 - 公布日： 2022-11-11 - 主分类号： C12Q1/6874 文献下载
摘要：组织的空间转录组测序技术对于生物科学以及医学研究例如细胞分化，致病机理等都具有重大的意义；本专利开发出一种基于微米级光锥的高分辨率组织空间转录组信使核糖核酸测序芯片的制备方法，该测序芯片在光锥端面的不同光纤位置结合了一段包含有空间位置标签和逆转录寡聚胸腺嘧啶核苷酸的mRNA捕获探针，以此构建的芯片，使光锥中的每一个光纤单位在端面都带有特定的位置标签来标记出所捕获mRNA的位置信息；组织切片贴于该光锥芯片上，经过透化后组织细胞中的转录组mRNA与光锥芯片上的捕获探针相结合，再通过逆转录，体外扩增和聚合酶链式反应等技术扩增转录组，最后通过Illumina测序平台进行测序并分析。
一种用于分辨空间转录组测序芯片

[发明专利]基于脱氧核糖核酸技术的数据编码方法及解码方法-CN202110467805.7在审
发明人：毕昆;吴瑾;高雅琨;陆祖宏;葛芹玉;顾万君 -专利权人：华为技术有限公司
申请日： 2021-04-28 - 公布日： 2022-10-28 - 主分类号： G11C29/42 文献下载
摘要：本申请实施例公开了一种基于脱氧核糖核酸技术的数据编码方法、解码方法、相关装置及系统，该编码方法包括：对目标数据包括的M段第一子数据编码，以得到M条第一碱基序列；获取M段第一子数据的M个第一索引和目标数据的第二索引，其中，第二索引为第一索引的一部分；对M个第一索引编码，以得到M条第二碱基序列；基于M条第一碱基序列和M条第二碱基序列得到N条第三碱基序列，其中，一条第三碱基序列是基于一条第二碱基序列，以及该条第二碱基序列的对应的第一碱基序列得到的；基于N条第三碱基序列，合成N条第一核苷酸序列；该编码方法使得用户可以根据需求读取从存储数据的核苷酸序列中读取特定的一部分数据。
基于脱氧核糖核酸技术数据编码方法解码

[发明专利]一种筛查急性淋巴细胞白血病高危亚型的引物组合及方法-CN202011043242.0有效
发明人：葛峥;韩旗;葛芹玉;訾杰 -专利权人：东南大学
申请日： 2020-09-28 - 公布日： 2022-10-28 - 主分类号： C12Q1/6886 文献下载
摘要：本发明公开一种筛查急性淋巴细胞白血病高危亚型的引物组合及方法，引物组合包括55对用于融合基因检测的Taqman探针和引物以及用于206个突变位点检测的125对引物；所述方法为采用多重PCR技术和高通量测序技术对急性淋巴细胞白血病高危亚型进行筛查。本发明针对急性淋巴细胞白血病高危亚型的常见以及最新的分子学异常，同时进行融合基因和基因突变的检测，具有范围全面，准确度高，特异性强的优点，检测所需RNA和DNA的量低，一次采血即可满足需求，临床可操作性强，可以快速，灵敏的检测急性淋巴细胞白血病高危亚型相关分子学异常，指导临床进行筛查。
一种急性淋巴细胞白血病高危引物组合方法

[发明专利]一种基于均分组合编码微球的空间转录组测序文库构建方法-CN202210798000.5在审
发明人：赵祥伟;赵越;葛芹玉;叶凯强;党开同 -专利权人：东南大学
申请日： 2022-07-07 - 公布日： 2022-09-16 - 主分类号： C12Q1/6806 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于均分组合编码微球的空间转录组测序文库构建方法，包括如下步骤：基于均分组合理念的DNA编码微球的设计与制备；基于SCDB微球的转录组测序文库构建(SCDB‑seq)的设计；基于SCDB‑seq的空间转录组测序的设计与实现。本方法可以以单细胞分辨率(～10μm)对新鲜冰冻样本切片和福尔马林固定石蜡包埋样本切片上的微区进行可选择性的、高多路复用性的中通量(50～1000样本)空间转录组测序文库构建，能够可以选择性地获得组织切片中多个特定微区样本的基因表达谱；本方法实验操作量和试剂成本仅为已有同类方法的～1％和～13％，展现出良好的人力和试剂成本控制。
一种基于均分组合编码空间转录序文构建方法

[发明专利]一种基于阻抗检测的数字PCR芯片及其检测方法-CN202111361961.1在审
发明人：赵祥伟;谢鑫;葛芹玉;朱纪军 -专利权人：东南大学
申请日： 2021-11-17 - 公布日： 2022-02-18 - 主分类号： C12Q1/686 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于阻抗检测的数字PCR芯片及其检测方法，该芯片包括基底、微孔阵列和电极。检测过程中，芯片的每个微孔内最多有一个微球，微球表面固定有扩增引物，DNA模板分子掉入微孔中，保证平均每个微孔中不足一个DNA分子。然后在每个微孔内进行PCR反应，通过PCR反应前后的微孔内的阻抗变化获得判断微孔内的阳性和阴性反应，通过计数阳性和阴性反应的微孔数目，根据泊松分布原理计算DNA模板分子的浓度。本发明采用芯片和电信号获取反应结果，与光学检测方法相比，减小了检测设备体积，降低了成本，提高了检测效率，在体外诊断等领域具有广泛的应用前景。
一种基于阻抗检测数字 pcr 芯片及其方法

[发明专利]一种空间转录组位置信息编码芯片及其制备方法和应用-CN202111132170.1在审
发明人： 葛芹玉;贾二腾;刘芝余;赵祥伟;白云飞 -专利权人：东南大学
申请日： 2021-09-26 - 公布日： 2022-01-14 - 主分类号： C40B40/06 文献下载
摘要：本发明公开了一种空间转录组位置信息编码芯片及其制备方法和应用，所述空间转录组位置信息编码芯片包括化学基团修饰的基片以及与化学基团相连接的至少两轮编码引物形成的引物阵列芯片。本发明的空间转录组位置信息编码芯片能够实现组织切片的全覆盖位置标记、提高空间分辨率以及降低科研成本。
一种空间转录位置信息编码芯片及其制备方法应用

[发明专利]一种超微量全长RNA测序文库的构建方法-CN202110936057.2在审
发明人： 葛芹玉;施华娟;贾二腾;赵祥伟;刘芝余;白云飞 -专利权人：东南大学
申请日： 2021-08-16 - 公布日： 2021-12-14 - 主分类号： C12Q1/6806 文献下载
摘要：本发明公开超微量的全长总RNA测序文库的构建方法，包括以下步骤：1）对获得细胞或者亚细胞样本中的超微量的总RNA，进行cDNA文库的构建，获得包含rRNA序列信息的cDNA文库；2）对获得的cDNA文库进行无偏性扩增；3）根据相应物种的rRNA序列，设计sgRNA序列组合；4）将sgRNA序列组合配置的溶液与步骤扩增产生的cDNA文库进行混合，获得不包含rRNA信息的cDNA文库。本发明能够实现超微量的总RNA及全长建库，同时又能够在cDNA合成之后使用CRISPR/Cas9高效切割PCR扩增产生的含有rRNA的cDNA文库，从而避免RNA的降解；适用于超低起始量的转录组建库，且花费较低。
一种微量全长 rna 序文构建方法

[发明专利]一种基于空间限位效应的核酸均匀扩增方法-CN202110936047.9在审
发明人： 葛芹玉;周莹;贾二腾;刘芝余;赵祥伟;白云飞 -专利权人：东南大学
申请日： 2021-08-16 - 公布日： 2021-12-03 - 主分类号： C12Q1/6848 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于空间限位效应的核酸均匀扩增方法，所述扩增方法是在核酸扩增方法的扩增体系中加入低熔点琼脂糖凝胶。本发明通过在反应体系中加入低熔点琼脂糖就可以实现提高反应效率和均一性的结果，方法简单而且成本较低，不需要昂贵的设备或者非常难的技术操作，在各个实验室都易实现且应用广泛。
一种基于空间限位效应核酸均匀扩增方法

[发明专利]一种数字PCR检测装置与检测方法-CN201910165741.8有效
发明人：赵祥伟;葛芹玉;朱纪军 -专利权人：东南大学
申请日： 2019-03-05 - 公布日： 2021-11-26 - 主分类号： C12M1/34 文献下载
摘要：本发明公开了一种数字PCR检测装置与检测方法，所述检测装置包括检测腔、图像传感器、PCB板和耦合器；检测腔位于图像传感器的表面；图像传感器和PCB板相连，检测腔上有分别用于数字PCR微液滴导入和导出的入口和出口。所述检测方法具体为：将数字PCR体系封装成为微液滴阵列，进行扩增反应；反应完成后，将微液滴阵列注入检测腔；待微液滴充满检测腔并成单层排列的时候，激发光源通过耦合器导入平面波导板，发出的荧光通过滤色片，被图像传感器收集成像；在平面波导板上方对照明；计算机比对分析两次图像，得到模板DNA的数量。本发明采用无透镜成像设计，检测装置的体积大大缩小，方便室外或者便携式应用。
一种数字 pcr 检测装置方法

[发明专利]一种用于组织切片的微区样本采集装置-CN202110599638.1在审
发明人：赵祥伟;王英;葛芹玉 -专利权人：东南大学
申请日： 2021-05-31 - 公布日： 2021-09-07 - 主分类号： G01N1/28 文献下载
摘要：本发明公开了一种用于组织切片的微区样本采集装置，包括承载平台、采样装置、倒置显微成像模块和侧方显微成像模块，承载平台上方设有采样装置，下方设有倒置显微成像模块，侧面设有侧方显微成像模块，承载平台包括电动平台，电动平台上放置有组织切片和样本收集容器，组织切片贴附在涂有缓冲层的载玻片上，借助倒置显微成像模块对组织切片全面扫描，选定感兴趣的细胞区域，并将该位点移动到采样微针正下方；利用电动微操系统控制微针下降，在侧方显微成像模块中实时观察微针尖端与组织切片的接触情况，直到采样微针扎入缓冲层并确保切断此位点的微区域。本发明可以实现组织切片原位获取微区样本，能够获得高质量的RNA、DNA和蛋白质进行下游分析。
一种用于组织切片样本采集装置

[发明专利]一种基于瞬态编码的空间转录组测序解码方法-CN202110549592.2在审
发明人：赵祥伟;赵越;葛芹玉;叶凯强 -专利权人：东南大学
申请日： 2021-05-19 - 公布日： 2021-08-17 - 主分类号： G16B20/30 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于瞬态编码的空间转录组测序解码方法，包括如下步骤：基于寡核苷酸链编码的空间信息编码微球的设计；瞬态编码引物的设计与使用；组织切片处理及信使RNA的捕获；建库测序及分析定位。本方法可以获得高分辨的空间转录组测序，极限情况下可以达到亚细胞分辨率(5μm)，从而可以准确获取组织切片中特定位点上的基因表达情况；本方法成本低廉，规避了成本高昂的光学空间位置信息解码，使得本方法可以以近乎单细胞转录组测序的成本进行空间转录组测序。
一种基于瞬态编码空间转录组测序解码方法

[发明专利]用于光热PCR的基底及制备方法和使用方法-CN202011367024.2在审
发明人：赵祥伟;康思雨;费瑞华;葛芹玉 -专利权人：东南大学
申请日： 2020-11-27 - 公布日： 2021-03-26 - 主分类号： C12M1/38 文献下载
摘要：本发明公开了用于光热PCR的基底及制备方法和使用方法。基底包括多孔纳米材料薄膜和包被于其表面的金属涂层，金属涂层为连续金属薄膜或纳米金属粒子构成的致密或稀疏涂层。多孔纳米材料薄膜表面镀上金属涂层后，多孔纳米材料薄膜的孔隙为PCR反应提供空间，当被光源照射时，通过光热效应将光能转化为热能提供给PCR，控制光照强度和时间调节溶液温度实现PCR的热循环。该基底具有反应速率快、稳定性高、兼容性好、体积小、成本低等特性。
用于光热 pcr 基底制备方法使用方法

[发明专利]一种用于恶性淋巴瘤液体活检的基因组合与方法-CN202011134852.1在审
发明人：葛峥;訾杰;葛芹玉;侯越 -专利权人：东南大学
申请日： 2020-10-21 - 公布日： 2021-01-15 - 主分类号： C12Q1/6886 文献下载
摘要：本发明公开一种用于恶性淋巴瘤液体活检的基因组合与方法，淋巴瘤液体活检技术是通过血液样本检测循环肿瘤DNA(circulating tumor DNA，ctDNA)的一种无创手段。本发明提供包括93个恶性淋巴瘤相关的基因组合，以及它们在高通量测序检测恶性淋巴瘤中的应用。本方法所需ctDNA量低，一次采血即可满足需求，临床可操作性强，可快速检测恶性淋巴瘤相关分子学异常；本发明具有取材方便，特异性强，灵敏性高，特别是淋巴结病理取材困难或无法取材时突显优势；本方法基于基因突变对淋巴瘤进行分子亚型分型、基因分型预后分层、动态检测微小残留病灶、耐药和复发等，有助于推动恶性淋巴瘤个体化精准治疗的发展。
一种用于恶性淋巴瘤液体活检基因组合方法

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