本发明公开了一种检测BCR‑ABL1融合基因突变的引物、方法及系统,所述引物包括核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示的正向引物、核苷酸序列如SEQ IDNO.2所示的正向引物、以及核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示的反向引物。本发明的方法可以实现一次检测和识别ALL和CML中可能存在BCR‑ABL1融合基因常见亚型以及罕见型,且能具体分型,具有极高的敏感性和特异性,本发明的方法操作简单方便、通量高、成本低,适用于血液肿瘤大规模诊断与筛查,为疾病诊断分型、后续治疗、预后评估和微小残留监测提供重要参考信息。