本发明公开了一种突变MspA蛋白单体及其表达基因和应用,所述蛋白单体是由野生型MspA蛋白突变所得,所述野生型MspA蛋白包含序列表SEQ ID NO:1中所示氨基酸序列,所述突变发生在所述序列表SEQ ID NO:1中的88位到116位的区域内的一个或多个氨基酸;所述蛋白单体能够形成八聚体的纳米孔。相对于现有技术,本发明所提供的突变MspA蛋白单体,能够形成八聚体纳米通道,可明显地改善野生型MspA蛋白纳米孔在外加高偏置电压下产生的自发阻塞效应,且增大对分析物的捕获率,并且一定程度阻滞分析物通过其孔道,降低过孔速率,增加检测精度。