[发明专利]筛选跨膜靶蛋白适配体的细胞SELEX方法及跨膜靶蛋白适配体及其应用在审
| 申请号： | 201811238739.0 | 申请日： | 2018-10-23 |
| 公开（公告）号： | CN111088323A | 公开（公告）日： | 2020-05-01 |
| 发明（设计）人： | 张保亭;刘振丽;于媛媛;吕诚 | 申请（专利权）人： | 北京和理咨询有限公司 |
| 主分类号： | C12Q1/6811 | 分类号： | C12Q1/6811;A61K31/711;A61P35/00 |
| 代理公司： | 北京英创嘉友知识产权代理事务所(普通合伙) 11447 | 代理人： | 耿超;苏瑞 |
| 地址： | 100006 *** | 国省代码： | 北京;11 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 筛选 跨膜靶 蛋白 适配体 细胞 selex 方法 及其 应用 | ||
【权利要求书】：
1.一种筛选跨膜靶蛋白适配体的GAIN-LOSS细胞SELEX方法，其特征在于，该方法包括以下步骤：
S1.采用具有跨膜靶蛋白的表达的初始细胞系构建所述跨膜靶蛋白过表达的GAIN正选细胞系和所述跨膜靶蛋白敲除的LOSS反选细胞系；
S2.将所述GAIN正选细胞系作为目标靶分子，将所述LOSS反选细胞系作为消减靶分子进行GAIN-LOSS细胞SELEX筛选。
2.根据权利要求1所述的方法，其中，步骤S1中，所述GAIN正选细胞系的所述跨膜靶蛋白的表达量与所述初始细胞系的所述跨膜靶蛋白的表达量的比值为(20～100)：1，所述LOSS反选细胞系的所述跨膜靶蛋白的表达量为0。
3.根据权利要求1所述的方法，其中，步骤S1中，所述GAIN正选细胞系通过将跨膜靶蛋白基因转导到所述初始细胞系进行构建；
所述LOSS反选细胞系通过CRISPR-Cas9基因组编辑将所述初始细胞系的跨膜靶蛋白基因敲除的方式进行构建。
4.根据权利要求1所述的方法，其中，步骤S2中，所述GAIN-LOSS细胞SELEX筛选包括以下步骤：
S201.将所述GAIN正选细胞系与随机ssDNA文库混合进行阳性孵育，去除未与所述GAIN正选细胞系结合的ssDNA，得到正向筛选的适配体文库；
S202.将所述LOSS反选细胞系与所述正向筛选的核酸适体文库混合进行阴性孵育，收集未与所述LOSS反选细胞系结合的ssDNA，得到反向筛选的适配体文库；
S203.PCR扩增所述反向筛选的适配体文库，并制备ssDNA候选物文库；
S204.将所述ssDNA候选物文库代替所述随机ssDNA文库返回步骤S201并循环进行步骤S201至S203的操作。
5.根据权利要求4所述的方法，其中，步骤S201中，所述随机ssDNA文库为：
5'-保守区-(n)x-保守区-3'；
其中保守区为18～21个核苷酸，x为20～70的整数，n各自独立地为A、T、C或G。
6.根据权利要求4所述的方法，其中，步骤S204中，步骤S201至S203的循环次数为4～30轮。
7.根据权利要求4～6中任意一项所述的方法，其中，步骤S201中，所述阳性孵育的条件为：温度为4～37℃，时间为1～2h；
步骤S202中，所述阴性孵育的条件为：温度为4～37℃，时间为1～2h；
随着循环次数的增加，所述阳性孵育的时间逐渐缩短，所述阴性孵育的时间逐渐增长。
8.根据权利要求1所述的方法，其中，该方法还包括：
对GAIN-LOSS细胞SELEX筛选后得到的适配体候选物进行跨膜靶蛋白特异性和/或跨膜靶蛋白亲和力的测定。
9.由权利要求1～8中任意一项所述的方法筛选得到的跨膜靶蛋白适配体。
10.权利要求9所述的跨膜靶蛋白适配体在制备疾病诊断和/或治疗药物中的应用。
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- 王国栋;黄永裕;张丽莉;黄世玉 - 集美大学
- 2021-06-17 - 2022-11-08 - C12Q1/6811
- 本发明公开了一种基于转录组数据高效筛选水产动物阳性SNP的方法。本发明选取目标性状两极群体作为转录组测序样本，依据转录组数据利用生物信息学手段发掘SNP，并以测序深度、等位基因频率差异显著性p值、最小等位基因频率（MAF）和等位基因频率不平衡数AFI为参数进行SNP筛选，建立了一套精确筛选阳性SNP的流程。本发明筛选水产动物阳性SNP的准确率高，成本低、效率高，可为发展单核苷酸多态性标记的发展和水产种质资源的选育提供依据。
- 使用核酸适体用于导向的模板化组装的方法-201780038985.9
- 伊恩·邓恩;马修·劳勒 - 特里比奥迪卡有限责任公司
- 2017-05-22 - 2022-11-08 - C12Q1/6811
- 本公开提供了核酸适体、与单倍体杂交的核酸适体、使用核酸适体以呈现模板序列的方法，其中所述适体结合至特定的细胞靶所特有的靶分子，用于具有所需功能的分子的核酸模板化组装。
- 苹果砧木特异性分子标记位点及其筛选方法和应用-202110536824.0
- 尼秀媚;王彦娟;钟醒宇;薛其勤;李美芹;刘晓明;杨园园 - 山东大丰园农业有限公司;潍坊科技学院
- 2021-05-17 - 2022-11-01 - C12Q1/6811
- 本发明公开了6个矮化品种苹果砧木特异性分子标记位点及其筛选方法和应用，包括下列步骤：（1）取叶片提取基因组DNA；（2）按照简化基因组测序技术Super‑GBS方法构建文库，文库质检合格后上机测序；（3）对测序数据进行过滤后，筛选，验证，获得准确鉴定6种苹果砧木的14096个SNP标记位点；（4）在14096个SNP标记位点当中，根据每个位点能够区分砧木的类别可以组合出几千组能够高效鉴别6种砧木的SNP位点标记群；（5）基于这些位点标记开发出两种简便、快速、准确鉴定6种矮化品种苹果砧木的方法，为确保科研部门、苗木繁育和果园种植企业准确识别、控制苹果砧木品种奠定技术基础。
- 一种用于等位基因多态性分型的引物设计方法及其应用-202210670419.2
- 谭超;杨燕宇;赵建华;罗辉 - 武汉市景肽生物科技有限公司
- 2022-06-14 - 2022-08-30 - C12Q1/6811
- 本发明公开了一种用于等位基因多态性分型的引物设计方法及其应用，属于分子生物学技术领域，所述引物设计方法包括如下步骤：S1、根据待检测目的基因序列，设计特异性引物序列和荧光探针序列；S2、将一段和所述荧光探针序列完全或部分相同、并且和待检测目的基因序列不匹配的tag序列添加到所述特异性引物序列的内部，即可得到用于等位基因多态性分型的引物。本发明将一段和荧光探针序列完全或部分相同、并且和待检测目的基因序列不匹配的tag序列设计在用于等位基因多态性分型的引物(ASP)内部，所述引物不仅能高效完成待检测目的基因的分型鉴定，还够有效改善AS‑PCR反应中所述引物和非匹配基因型模板之间发生的错配情况。
- 基于NGS技术富集多基因茎环探针设计方法及试剂盒-201811048119.0
- 孙虎林 - 上海思路迪生物医学科技有限公司
- 2018-09-07 - 2022-08-19 - C12Q1/6811
- 本发明提供了捕获探针的设计方法，包括：设计基础探针序列；在基础探针序列的5’游离区与3’游离区之间每间隔一定碱基数量插入一定长度的人类基因组无关序列；其中，第一个插入序列与最后一个插入序列互补，并且第一个插入序列与最后一个插入序列不与其它插入序列互补。本发明还提供了捕获探针，包括：5’游离区、3’游离区和位于5’游离区与3’游离区之间的区域，其中，位于5’游离区与3’游离区之间的区域包括多个依次交替排列的间隔区和插入区。本发明还提供了高通量检测人循环肿瘤DNA基因变异的捕获探针组，和包括捕获探针组的试剂盒。本发明的捕获探针和捕获探针组具有捕获特异性好和检测灵敏度高的优点。
- 用于检测融合基因的混合基因、标准质粒、试剂盒及其制备方法-201810555746.7
- 曹金良 - 上海科医联创医学检验所有限公司
- 2018-05-31 - 2022-04-22 - C12Q1/6811
- 本发明涉及一种用于检测融合基因的混合基因，其基因序列如SEQ ID NO:1所示，包括SEQ ID NO:2的BCR‑ABL融合基因、SEQ ID NO:3的AML‑ETO融合基因、SEQ ID NO:4的PML‑RARA融合基因和SEQ ID NO:5的ABL内参基因；还涉及含有混合基因的标准质粒，包括SEQ ID NO:6的PUC57质粒；还涉及一种含有标准质粒的试剂盒；还涉及一种标准质粒的制备方法。其优点在于，能够用于在定量检测人的骨髓或外周血标本中的白血病相关融合基因中BCR‑ABL、RUNX1‑RUNX1T1(AML‑ETO)和PML‑RARA融合基因双标准曲线建立；有效地提高了检测效率及精确度，降低人为操作失误，避免出现多质粒污染；标准质粒的最低检出拷贝数为1*10
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