[发明专利]预测鳞状细胞肺癌的方法

说明书

相关专利申请的交叉引用

本专利申请要求于2007年十月30日提交的共同待审的美国临时专利申请系列号60/983,756的优先权和利益，将该专利申请以引用的方式全文并入本文。

对序列表、表格或程序表单的引用

本专利申请引用了下面列出的“序列表”，该序列表以电子文档提供，文档名为“Sequence listing.txt”(6kb，2008年十月29日创建)，将其以引用的方式全部并入本文。

技术领域

在一个实施例中，本发明涉及一种方法，该方法通过观测选择的微RNA(miRNA)序列产生的调控改变来提供对鳞状细胞肺癌的预后。通过观测特定序列的上调或下调，可确定癌细胞的存在以及癌的预后这两种情况。

发明背景

肺癌是世界范围内癌相关死亡的最通常原因，而非小细胞肺癌(NSCLC)为支气管肺癌的最常见类型。NSCLC是80％的美国全部肺癌死亡的原因并且主要由腺癌和鳞状上皮细胞癌(SSC)以及大细胞癌组成，大细胞癌较少。尽管可进行有可能治愈的外科手术，但大约40％的患者会在5年内复发。最近，NSCLC的基因组分布分析使得能对患有该疾病的患者进行预后。这种基因组分类器(genomic classifier)可包含最多数百种用于鉴别患有早期NSCLC的患者的基因，这些患者可能会受益于外科手术切除加上化学疗法。

发明内容

在本发明的一种形式中，本发明包括用于检测细胞样品中鳞状细胞肺癌的存在的方法。申请者已发现了某些miRNA，其在鳞状细胞肺癌中相对于野生型细胞受到差异调控。通过测定这类miRNA的调控改变程度，可确定组织样品是否包括鳞状细胞肺癌细胞。

在另一种形式中，本发明为预测鳞状细胞肺癌的预后的方法。申请者已发现了某些其他miRNA，其使得能对患有鳞状细胞肺癌的患者对预后进行预测。通过监测这些miRNA，可提供更准确的预后。

附图说明

本发明参照附图进行公开，其中：

图1A是将所关注的miRNA序列的数目与预测预后相关的坐标图。

图1B是针对miR-146b表达的两种差异水平的存活百分比与时间相关的坐标图。

对应参考符号表明贯穿若干视图的对应部分。本文列出的例子示出了本发明的几个实施例，但是不应该理解为以任何方式限制本发明的范围。

具体实施方式

定义

短语“调控改变”指细胞组分(例如miRNA)相对于野生型细胞中相同细胞组分丰度的丰度改变。短语“下调”指所考虑的细胞组分丰度的下降，而短语“上调”指组分丰度增加。

根据差异miRNA调控鉴别鳞状细胞肺癌

将鳞状细胞肺癌组织与野生型组织比较并鉴定了十五种差异表达的miRNA(表1)。组织样品包括细胞系和临床样品两者。根据常规技术从细胞样品提取总RNA。例如，可将mirVana分离试剂盒(Ambion)用于速冻样品而将RecoverAll^TM总核酸分离试剂盒用于福尔马林固定石蜡包埋的(FFPE)样品(Ambion)。也可以使用其他常规的RNA提取方法。一旦提取总RNA后，可通过凝胶电泳分离小的(少于四十个核苷酸的)RNA。对样品进行分析以确定特定miRNA序列的种类和丰度。可将任何合适的技术用来确定种类和丰度，例如但不限于市售的miRNA试剂盒，例如mirVana Bioarray(Ambion)。在鳞状细胞肺癌细胞中鉴定了十五种表达相对于野生型样品显著改变的miRNA。表1中示出了这些序列。

表1.在正常肺和肺鳞状细胞癌之间差异表达的miRNA。

LN＝肺正常信号强度(log2)；LC＝肺癌信号强度(log2)

改变倍数＝2^(LC-LN)

在本发明的一个实施例中，对样品进行分析以确定表1的特定miRNA序列的丰度。样品可以是组织样品，例如在外科手术操作期间获得的样品。或者，样品可从例如血样或从类似来源以非侵入性方式获得。确定样品中特定miRNA的丰度并观测相对于一般样品的调控改变。由于已知miRNA保持在细胞外，所以游离的miRNA可提供鳞状细胞肺癌的筛选方法。该筛选方法可用非侵入性采样技术来进行，例如简单的血试验。以这种方式，可对高风险群体中的患者进行常规的检测以帮助鉴别早期的癌发展。