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[发明专利]试剂盒和设备-CN202080097435.6在审
发明人： 卡梅伦·亚历山大·弗雷林;马格达莱纳·斯托拉雷克-雅努什凯维奇;巴纳比·威廉·巴姆福思 -专利权人：生物保真有限公司
申请日： 2020-12-23 - 公布日： 2022-10-04 - 主分类号： C12Q1/6844 文献下载
摘要：本文提供了可以用于改进的多核苷酸检测的试剂盒和设备。
试剂盒设备

[发明专利]单核苷酸分析方法及相关探针-CN201880069247.5在审
发明人：巴纳比·巴姆福思;卡梅伦·亚历山大·弗雷林 -专利权人：贝斯4创新公司
申请日： 2018-10-23 - 公布日： 2020-06-09 - 主分类号： C12Q1/6823 文献下载
摘要：检测分析物中给定的核苷三磷酸分子的核碱基是否包括给定化学或结构修饰的方法，其特征在于以下步骤：(1)在聚合酶存在下，使所述分析物与包含以下组分的生物探针反应：(a)一对单链第一寡核苷酸，其各自包含核酸外切酶封闭位点；位于所述10封闭位点的3'侧的至少一个限制性核酸内切酶识别位点；位于所述识别位点内的单个核苷酸捕获位点以及分别位于所述识别位点3’侧的第一和第二荧光团，所述第一和第二荧光团被布置为基本上不可检测的，和(b)至少一个第二和任选地至少一个第三单链寡核苷酸，其各自与所述第一寡核苷酸分开并且能够与所述对中的一个、另一个或两个15第一寡核苷酸的捕获位点的3’和5’侧的互补侧翼区域杂交，以产生由(b1)和(b2)组成的使用的探针双链体，其中，(b1)是所述对中的一个或另一个第一寡核苷酸，(b2)是包含所述第二寡核苷酸、源自所述核苷三磷酸分子的一个或其他个修饰的或未修饰的核苷酸以及任选地所述第三寡核苷酸的组分，其中每个双链体包含四个可能的(b1)/(b2)双链体排列中的一个；(2)将20步骤(1)中产生的所述双链体与限制性核酸内切酶系统反应，所述限制性核酸内切酶系统包含至少一种适合于选择性地在所述识别位点切割所述(b1)链的限制性核酸内切酶，以根据原始的核苷三磷酸分子中是否存在所述修饰而产生(i)仅带有第一荧光团的可核酸外切消化的第一寡核苷酸元件或(ii)仅带有25第二荧光团的可核酸外切消化的第一寡核苷酸元件或(iii)分别带有第一和第二荧光团的可核酸外切消化的第一寡核苷酸元件的混合物；(3)从所述(b2)组分和所述对中的又一个第一寡核苷酸产生又一个使用的探针双链体，然后迭代步骤(2)和(3)；(4)在30步骤(2)和(3)中的任何一个或两个之后，用具有5’‑3’核酸外切活性的酶消化所述第一寡核苷酸元件，以产生可检测状态的荧光团；以及(5)检测在步骤(4)中释放的所述荧光团，并从观察到的荧光信号的性质推断所述原始的单核苷三磷酸分子是否被修饰。
核苷酸分析方法相关探针

[发明专利]研究诸如核酸之类的分子的方法-CN201880042093.0在审
发明人： 卡梅伦·亚历山大·弗雷林;佩德罗·昆哈;托马斯·亨利·艾萨克 -专利权人：贝斯4创新公司
申请日： 2018-06-21 - 公布日： 2020-02-11 - 主分类号： B01L3/00 文献下载
摘要：提供了一种操控不溶混的载体介质中的反应介质的微滴的方法，其中，为了实现化学转化的目的，目标分子被结合到固体支持物，其特征在于以下步骤：(a)在引起微滴和固体支持物结合的条件下使微滴与固体支持物接触；(b)让所述反应介质与所述目标分子反应和(c)之后施加力，以诱导所述反应介质从所述固体支持物脱离并在载体流体中重新形成微滴。在一个实施方案中，固体支持物是颗粒、珠子或类似物。
固体支持物微滴目标分子结合的条件化学转化载体介质载体流体类似物施加力珠子不溶操控诱导脱离

[发明专利]单核苷酸检测方法及相关探针-CN201880032020.3在审
发明人：巴纳比·巴姆福思;卡梅伦·亚历山大·弗雷林;马克·德特莱夫森 -专利权人：贝斯4创新公司
申请日： 2018-05-15 - 公布日： 2019-12-27 - 主分类号： C12Q1/6869 文献下载
摘要：对核酸进行测序的方法，其特征在于以下步骤：(1)通过核酸的渐进酶促消化产生单核苷三磷酸流；(2)通过在聚合酶存在下使至少一个单核苷三磷酸与相应的生物探针反应来产生至少一个寡核苷酸使用的探针，所述相应的生物探针包含(a)第一单链寡核苷酸，其包括核酸外切酶封闭位点，位于所述封闭位点5'侧并包括用于捕获该单核苷三磷酸的单核苷酸捕获位点的限制性核酸内切酶识别位点，和位于所述识别位点5'侧并被布置为使荧光团被猝灭的至少一个荧光团区域，和(b)第二和任选的第三单链寡核苷酸，它们分别与第一寡核苷酸分离，并能够与位于捕获位点3'和5'侧翼的第一寡核苷酸上的互补区域杂交；(3)用限制性核酸内切酶在识别位点切割所述经使用的探针的第一寡核苷酸链，以产生带有荧光团的第一寡核苷酸组分；(4)用具有3'‑5'核酸外切活性的酶消化该第一寡核苷酸组分，以产生可检测状态的荧光团，以及(5)检测步骤(4)中释放的荧光团。还提供了与具有5'‑3'核酸外切活性的酶一起使用的相应方法，以及新的生物探针和由其得到的试剂盒。
寡核苷酸荧光团核酸位点生物探针单核苷识别位磷酸捕获限制性核酸内切酶单链寡核苷酸探针外切侧翼寡核苷酸链核酸外切酶可检测状态单核苷酸互补区域聚合酶酶消化试剂盒封闭测序渐进酶促猝灭切割杂交消化释放检测

[发明专利]单核苷酸检测方法-CN201580034262.2有效
发明人：巴纳比·巴姆福思;卡梅伦·亚历山大·弗雷林 -专利权人：贝斯4创新公司
申请日： 2015-07-22 - 公布日： 2019-07-09 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：单核苷酸检测方法，本发明提供一种对核酸(诸如DNA或RNA)测序的方法。其特征在于以下步骤：(1)通过核酸的逐步焦磷酸解产生单三磷酸核苷流；(2)通过在存在聚合酶和连接酶的条件下使至少一个所述单三磷酸核苷与相应的探针系统反应产生至少一种基本上双链的寡核苷酸使用的探针，所述相应的探针系统包含：(a)第一单链寡核苷酸，其用处于不可检测状态的特征性可检测元件标记，和(b)第二和第三单链寡核苷酸，其能够杂交于第一寡核苷酸上的互补区；(3)用具有双链核酸外切活性的酶消化所述使用的探针，产生处于可检测状态的可检测元件和单链的第四寡核苷酸，所述第四寡核苷酸至少部分是与第一寡核苷酸互补的序列；(4)使第四寡核苷酸与另一个第一寡核苷酸反应，以产生与所述使用的探针相对应的基本上双链的寡核苷酸产物；(5)循环重复步骤(3)和(4)，并且(6)检测在步骤(3)的每次重复中释放的特征性可检测元件。适当地，所述可检测元件是荧光团。本发明的方法由单三磷酸核苷产生比之前记载的更强的荧光信号。还公开了适当的探针系统。
核苷酸检测方法

[发明专利]单核苷酸检测方法及相关的探针-CN201780056674.5在审
发明人：巴纳比·巴姆福思;卡梅伦·亚历山大·弗雷林 -专利权人：贝斯4创新公司
申请日： 2017-09-20 - 公布日： 2019-05-21 - 主分类号： C12Q1/6818 文献下载
摘要：提供了一种核酸测序的方法。所述方法的特征在于以下步骤：(1)通过逐步酶消化核酸生成单核苷三磷酸流；(2)通过在聚合酶和连接酶存在下，使至少一个单核苷三磷酸与相应的初级探针反应，产生至少一个基本上双链的初级寡核苷酸占用探针，所述初级探针包含(a)第一单链寡核苷酸，其包含第一限制性核酸内切酶切口位点、用于捕获所述单核苷三磷酸的单核苷酸捕获位点和并置于所述捕获位点任一侧的寡核苷酸侧翼区，和(b)能够与第一寡核苷酸侧翼区杂交的第二和第三单链寡核苷酸；(3)用第一切口限制性核酸内切酶在第一切口位点切割占用初级探针的第一寡核苷酸链，以产生分离的第一寡核苷酸组分；(4)将步骤(3)中产生的第一寡核苷酸组分与占用探针的互补链分离；(5)通过在连接酶存在下使至少一个分离的第一寡核苷酸组分与相应的二级探针反应产生至少一个基本上双链的二级占用探针，所述二级探针包含(c)包含第二限制性核酸内切酶切口位点并带有基本上不可检测状态的荧光团的互补第四寡核苷酸，和任选的(d)至少部分与第四寡核苷酸互补的单链第五寡核苷酸；(6)用第二切口限制性核酸内切酶切割占用二级探针的第四寡核苷酸链，以产生分离的第四寡核苷酸组分，其中至少一些具有可检测状态的荧光团和至少部分为第四寡核苷酸的互补序列的单链第六寡核苷酸；和(7)检测步骤(6)中释放的荧光团。
寡核苷酸探针限制性核酸内切酶位点占用单核苷荧光团磷酸捕获单链寡核苷酸寡核苷酸链单核苷酸探针反应侧翼区连接酶单链双链切割可检测状态不可检测核酸测序互补序列互补链聚合酶酶消化核酸检测杂交释放

[发明专利]单核苷酸检测方法及相关探针-CN201780052454.5在审
发明人：巴纳比·巴姆福思;卡梅伦·亚历山大·弗雷林 -专利权人：贝斯4创新公司
申请日： 2017-09-04 - 公布日： 2019-05-21 - 主分类号： C12Q1/6869 文献下载
摘要：提供测序核酸如DNA或RNA的方法。其特征在于以下步骤：(1)通过核酸的逐步酶促消化生成单核苷三磷酸的流；(2)通过在聚合酶和连接酶存在下使至少一个单核苷三磷酸与相应生物探针反应产生至少一个基本双链的寡核苷酸占用探针，所述生物探针含(a)第一单链寡核苷酸，其包括限制性核酸内切酶切口位点、用于捕获单核苷三磷酸的单核苷酸捕获位点和并置于切口位点任一侧的分别带有至少一个荧光团和至少一个猝灭剂以使荧光团猝灭的寡核苷酸区域，和(b)能够与捕获位点任一侧的第一寡核苷酸上的互补区杂交的第二和第三单链寡核苷酸；(3)用切口限制性核酸内切酶在切口位点切割占用探针的第一寡核苷酸链以产生分别带有荧光团和猝灭剂的分离的第一寡核苷酸组分；(4)将步骤(3)中生成的第一寡核苷酸组分与占用探针的互补链分离，和(5)检测带有荧光团的分离的寡核苷酸组分上的荧光团。该方法适于在微滴中进行。还描述了与该方法一起使用的新生物探针和探针系统。
寡核苷酸荧光团探针位点捕获限制性核酸内切酶单链寡核苷酸单核苷酸生物探针单核苷猝灭剂占用磷酸核酸寡核苷酸链核苷三磷酸探针系统互补链互补区聚合酶连接酶新生物检测测序酶促双链微滴猝灭切割杂交消化

[发明专利]单核苷酸检测方法及相关的探针-CN201780054299.0在审
发明人：巴纳比·巴姆福思;卡梅伦·亚历山大·弗雷林 -专利权人：贝斯4创新公司
申请日： 2017-09-06 - 公布日： 2019-05-21 - 主分类号： C12Q1/6869 文献下载
摘要：提供一种核酸测序的方法。其特征在于以下步骤：(1)通过逐步酶消化核酸生成单核苷三磷酸流；(2)通过在聚合酶和连接酶存在下，使至少一个单核苷三磷酸与相应的初级探针反应，产生至少一个基本上双链的初级寡核苷酸占用探针，所述初级探针包含(a)第一单链寡核苷酸，其包含限制性核酸内切酶切口位点、用于捕获单核苷三磷酸的单核苷酸捕获位点和并置于所述捕获位点任一侧的寡核苷酸侧翼区，和(b)能够与第一寡核苷酸侧翼区杂交的第二和第三单链寡核苷酸；(3)用切口限制性核酸内切酶在切口位点切割占用的初级探针的第一寡核苷酸链，以产生分离的第一寡核苷酸组分；(4)将步骤(3)产生的第一寡核苷酸组分与占用探针的互补链分离；(5)通过在连接酶存在下使至少一个分离的第一寡核苷酸组分与相应的二级探针反应产生至少一个基本上双链的二级占用探针，所述二级探针包含(c)带有基本上不可检测状态的荧光团的互补第四寡核苷酸，和任选的(d)与第四寡核苷酸至少部分互补的第五寡核苷酸；(6)用具有双链核酸外切活性的酶消化占用的二级探针以产生可检测状态的荧光团和至少部分为第四寡核苷酸的互补序列的单链第六寡核苷酸；和(7)检测步骤(6)中释放的荧光团。该方法在微滴中有利地进行。还描述了由初级和二级探针组成的相应生物探针系统。
寡核苷酸探针位点占用单核苷荧光团磷酸限制性核酸内切酶捕获单链寡核苷酸单核苷酸探针反应侧翼区连接酶酶消化双链寡核苷酸链可检测状态不可检测核酸测序互补序列生物探针双链核酸互补链聚合酶检测单链核酸外切微滴切割杂交释放

[发明专利]识别堆中的液滴的方法和相关联的测序仪-CN201780043784.8在审
发明人： 卡梅伦·亚历山大·弗雷林;托马斯·亨利·艾萨克 -专利权人：贝斯4创新公司
申请日： 2017-07-14 - 公布日： 2019-03-15 - 主分类号： B01J19/00 文献下载
摘要：公开一种识别液滴流中的各个液滴的内容物的方法，每个液滴包含处于初始未发荧光状态的荧光团，其特征在于，包括以下步骤：将液滴逐个引入到至少一个开放式管中以在其中产生液滴堆；激活液滴内的荧光团以使它们发荧光；从管中依次释放液滴堆中的每个液滴，并在每个液滴出现时沿着管的主轴检测与每个液滴相关联的荧光。还公开一种适于对生物聚合物测序的方法，其特征在于，包括以下步骤：(1)逐步将生物聚合物消化成其构成单体的有序流；(2)将单体的流转化为含单体的水性液滴的对应流，每个液滴另外包含探针，所述探针能够(a)捕获单体以及(b)此后被消化以释放捕获的单体的未猝灭的荧光团特征；(3)将步骤(2)中产生的液滴的流引入到至少一个开放式管的入口端中，以在其中产生液滴堆；以及(4)从管的出口端依次释放每个液滴并在每个液滴出现时检测每个液滴中的荧光团。该方法可以用于对诸如核酸或蛋白质的生物聚合物测序的对应装置中。
液滴荧光团生物聚合物开放式管荧光测序探针捕获关联消化对应装置水性液滴荧光状态释放测序仪出口端激活液内容物入口端释放液液滴流液滴相检测引入核酸流转猝灭蛋白质

[发明专利]液滴储存方法-CN201480033462.1有效
发明人： 卡梅伦·亚历山大·弗雷林 -专利权人：贝斯4创新公司
申请日： 2014-06-13 - 公布日： 2018-12-18 - 主分类号： C12Q1/6869 文献下载
摘要：本发明提供一种储存液滴流的方法，所述液滴的至少一些包含一种或多种单核苷酸和/或寡核苷酸以及液滴流体。其特征在于，在相应的唯一位置将每个液滴依次引入至基板的表面上的步骤，并且其特征还在于通过下列过程制备所述液滴流：所述过程包括由分析物通过逐步焦磷酸解或核酸外切生成有序的核苷酸流并且液滴将每个核苷酸捕获在相应液滴中的步骤。所述方法可以有利地与微液滴测序仪和分析单元一起使用，其中使用荧光光谱法确定前体多核苷酸分析物中核苷酸的序列。还描述了用于执行所述方法的设备。
储存方法

[发明专利]测序方法-CN201711464744.9在审
发明人： 卡梅伦·亚历山大·弗雷林;巴纳比·巴姆福思;布鲁诺·弗拉维奥·诺盖拉·德·索萨·苏亚雷斯;托马斯·亨利·艾萨克;鲍里斯·布赖纳;亚历山德拉·纳塔莱;米歇尔·阿马西奥 -专利权人：贝斯4创新公司
申请日： 2013-10-04 - 公布日： 2018-06-29 - 主分类号： C12M1/34 文献下载
摘要：本发明公开了用于核酸测序的微流体设备，其特征在于包括：第一区，分析物被包含在其中并且被逐步消化成作为其组成的单核苷酸的流；与第一区连接的一级微流体路径，其适于允许包含一级水性微滴的有序流的载体溶剂通过，一级水性微滴中的至少一些包含单核苷酸中的一种；第二区，其放置在一级微流体路径内，并且包含微滴注射器和/或聚结装置，所述聚结装置用于使来自二级微流体路径的二级水性微滴聚结成所述有序流中的一级水性微滴；存储区，其在第二区的下游与一级微流体路径连接，一级水性微滴被存储在所述存储区中；光源，其用于检测在一级微流体路径下游的一个或多个位置处的微滴，和光检测器，其用于检测来自所述位置处的一级水性小滴的荧光。
微滴微流体单核苷酸聚结装置第一区位置处微流体设备光检测器核酸测序路径连接载体溶剂分析物注射器检测测序小滴荧光光源存储消化

[发明专利]改进的小滴测序装置和方法-CN201680006117.8在审
发明人：巴纳比·巴姆福思;卡梅伦·亚历山大·弗雷林;托马斯·亨利·艾萨克 -专利权人：贝斯4创新公司
申请日： 2016-01-21 - 公布日： 2017-09-26 - 主分类号： B01L3/00 文献下载
摘要：提供用于对多核苷酸分析物进行测序的装置，并且所述装置包括；●第一区域，在其中通过逐步消化与颗粒连接的分析物的分子产生单个核苷酸流，所述颗粒位于所述第一区域中并且暴露于流动的水性介质；●第二区域，在其中从所述水性介质和所述核苷酸流产生相应的水性小滴流，并且其中所述至少一些小滴含有单个核苷酸，和●第三区域，在其中储存和/或询问每个小滴以揭示所述小滴中可能含有的单个核苷酸特有的性质；其特征在于，所述第一区域包括微流体通道，所述水性介质通过所述微流体通道流动，并且位置在其壁中包括中空的基座，能够向所述基座中施加抽吸，并且所述颗粒能够紧密匹配在所述基座中。
改进小滴测序装置方法

[发明专利]单核苷酸检测方法-CN201480020429.5有效
发明人： 卡梅伦·亚历山大·弗雷林;巴纳比·巴姆福思;布鲁诺·弗拉维奥·诺盖拉·德·索萨·苏亚雷斯;托马斯·亨利·艾萨克;鲍里斯·布赖纳;亚历山德拉·纳塔莱;米歇尔·阿马西奥;保罗·迪尔 -专利权人：贝斯4创新公司;医药研究委员会
申请日： 2014-04-09 - 公布日： 2017-07-07 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：本发明提供一种用于确定多核苷酸分析物中核苷酸碱基的序列的方法。其特征在于以下步骤(1)通过焦磷酸解从分析物产生单核苷酸碱基流；(2)通过将各单核苷酸碱基与用处于不可检测状态的可检测元件标记的捕获系统反应产生捕获的分子；(3)从各捕获的分子释放处于可检测状态的可检测元件；以及(4)检测这样释放的可检测元件并且由其确定核苷酸碱基的序列。所述方法可以有利地用于涉及使用微滴的测序仪中。
核苷酸检测方法

[发明专利]单核苷酸检测方法-CN201480020411.5有效
发明人： 卡梅伦·亚历山大·弗雷林;巴纳比·巴姆福思;布鲁诺·弗拉维奥·诺盖拉·德·索萨·苏亚雷斯;托马斯·亨利·艾萨克;鲍里斯·布赖纳;亚历山德拉·纳塔莱;米歇尔·阿马西奥;保罗·迪尔 -专利权人：贝斯4创新公司;医药研究委员会
申请日： 2014-04-09 - 公布日： 2017-03-22 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：本发明提供一种用于确定多核苷酸分析物中核苷酸碱基的序列的方法。其特征在于以下步骤(1)由所述分析物产生单核苷酸碱基流；(2)通过将各单核苷酸碱基与捕获系统反应产生捕获的分子；(3)扩增所述捕获的分子的至少部分，从而产生以所述单核苷酸碱基为特征的多个扩增子；(4)利用具有特征可检测元件的相应探针标记所述扩增子，和(5)检测所述可检测元件的性质特征。
核苷酸检测方法

[发明专利]测序方法-CN201380062971.2在审
发明人： 卡梅伦·亚历山大·弗雷林;巴纳比·巴姆福思;布鲁诺·弗拉维奥·诺盖拉·德·索萨·苏亚雷斯;托马斯·亨利·艾萨克;鲍里斯·布赖纳;亚历山德拉·纳塔莱;米歇尔·阿马西奥 -专利权人：贝斯4创新公司
申请日： 2013-10-04 - 公布日： 2015-09-09 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：本发明公开了用于测序多核苷酸分析物的方法，所述方法包括：a.产生含有单核苷酸的小滴流，其中在所述小滴流中的单核苷酸的顺序与所述分析物中核苷酸的序列对应；b.向每个小滴中引入多个生物探针类型，每个类型包含处于不可检测状态的不同的标记且适于捕获不同的单核苷酸；c.使包含在所述小滴中的单核苷酸与其互补探针结合；d.使所述标记以可检测状态从已经结合单核苷酸的探针释放。所述探针是哑铃形状的探针，其包含荧光供体和猝灭剂标记和单核苷酸缺口。在通过聚合酶和连接酶修复缺口后，通过限制酶切割限制酶识别位点，然后进行外切核酸酶消化，以释放所述标记。
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