本发明公开了一种黑麦6RL染色体臂特异KASP分子标记及其应用,所述KASP分子标记为YTU6RL,其KASP分子标记YTU6RL的引物包括黑麦等位型上游引物YTU6RL‑F、小麦等位型上游引物YTU6RL‑H和共用下游引物YTU6RL‑C;所述黑麦等位型上游引物YTU6RL‑F的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示;所述小麦等位型上游引物YTU6RL‑H的核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示;所述共用下游引物YTU6RL‑C的核苷酸序列如SEQ ID NO:3所示。本发明提供了一个能够精准鉴定黑麦的6RL染色体的KASP分子标记,可高通量检测和追踪小麦背景下是否携带黑麦6RL染色体,加快黑麦6RL染色体上优异基因的育种利用,该标记遗传稳定性好、分辨率高,可有效应用于小麦