本发明公开了一种用于乳腺原位癌的诊断标志物检测试剂盒及其检测方法和应用,所述检测试剂盒包括SNP位点的两对上下游扩增引物及扩增模板提取试剂、DNA聚合酶、dNTPs和缓冲液,第一轮扩增产物长于第二轮扩增产物且包含第二轮扩增产物,第二轮扩增以第一轮扩增产物为模板进行,其中第一轮扩增引物如序列表SEQ ID NO:1~2所示,第二轮扩增引物如序列表SEQ ID NO:3~4所示。本发明采用采用两轮扩增的方法对同一段片段进行重复扩增,高效准确地扩增待扩增片段并进行焦磷酸测序检测CDKN2BAS基因的SNP位点,可以快速的给出结论,便于临床对乳腺原位癌的疗效预判,取样方便并且检测高效快速成本低