本发明涉及黄曲霉毒素污染风险的分子预警方法及其应用。测定农产品样品中黄曲霉毒素预警分子浓度:当测定的黄曲霉毒素预警分子浓度小于0.1μg/g时,黄曲霉毒素污染水平在1.0μg/kg以下,为低风险;当测定的黄曲霉毒素预警分子浓度大于1.0μg/g时,黄曲霉毒素污染水平在10.0μg/kg以上,为高风险;当测定的黄曲霉毒素预警分子浓度在0.1μg/g~1.0μg/g时,为中风险,所述的黄曲霉毒素预警分子为AFT‑YJFZP008肽,氨基酸序列如SEQ ID NO.1所示其用于预警农产品受黄曲霉毒素污染的风险,速度快,及时性和实用性强,容易推广应用。