本发明公开了一种脂肪酶、工程菌及其制备方法。所述脂肪酶,其基因序列为由SEQ ID No.1所示的基因序列,或其同源的功能相同的基因序列。所述工程菌其宿主菌为毕赤酵母,在His位点处插入有所述的脂肪酶的基因序列。工程菌的制备方法为:(1)构建脂肪酶基因表达载体;(2)构建分子伴侣组合基因表达载体;(3)制备脂肪酶表达转基因工程菌;(4)制备脂肪酶高表达工程菌。利用所述工程菌制备脂肪酶的步骤为:A、活化获取种子液;B发酵罐发酵;C离心,收集上清液。所述脂肪酶,在工程菌中异源表达量,具有外泌性,单位酶活高,生产方便,具有良好的经济效益。