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[发明专利]用于使用基因表达谱诊断肺癌的组合物和方法-CN201780045321.5在审
发明人： M.肖;L.C.肖;A.V.科森科夫 -专利权人：威斯塔解剖学和生物学研究所
申请日： 2017-06-21 - 公布日： 2019-05-03 - 主分类号： C12Q1/6886 文献下载
摘要：提供了用于通过使用来自受试者的血液的10种或更多种选定基因，例如基因表达谱来诊断哺乳动物受试者的肺癌的方法和组合物，所述基因表达谱为疾病所特有。所述基因表达谱包括本文表I或表II的10种或更多种基因。
基因表达谱肺癌诊断哺乳动物基因血液疾病

[发明专利]用于快速转录组表达定量的数据处理方法、装置及存储介质-CN202011009255.6在审
发明人：易会广 -专利权人：易会广
申请日： 2020-09-23 - 公布日： 2020-12-29 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：一种用于快速转录组表达定量的数据处理方法、装置及存储介质，应用于数据处理领域。该方法包括：获取参考转录组序列，将参考转录组序列分解为预设长度的第一子序列，并根据该第一子序列构建参考矩阵；获取转录组的测序数据，将测序数据分解为该预设长度的第二子序列，并根据该第二子序列构建目标向量；利用该参考矩阵、该目标向量以及预设的线性方程组，得到该转录组的表达量并输出。该方法不仅可应用于以短读长、高通量为特点的测序数据，还可应用于以长读长为特点的测序数据，并具有转录组表达定量速度快、准确度高的优点。
用于快速转录表达定量数据处理方法装置存储介质

[发明专利]一种评估多能干细胞质量的方法-CN202110830156.2在审
发明人：王淋立;卢宇鹏;陈月花;李强;杨建国;李乾坤 -专利权人：未来智人再生医学研究院（广州）有限公司;王淋立
申请日： 2021-07-22 - 公布日： 2021-11-16 - 主分类号： G16B20/20 文献下载
摘要：本发明公开了一种评估多能干细胞质量的方法，所述方法包括以下步骤：对待测细胞进行序列测定，得到转录组表达谱系数据和全基因组序列数据；基于转录组表达谱系数据，进行基因的表达量的统计，得到细胞的质量分数1；基于全基因组测序数据本发明方法通过综合多方面来评估细胞质量，且本发明采用测序的手段减少了大量实验流程，仅从转录组测序和全基因组测序的层面评估多能干细胞的质量，快速缩短了时间，得到的数据结果通过统计处理可靠准确。
一种评估多能干细胞质量方法

[发明专利]以菌液为模板的抗体构建测序方法-CN202310051886.1在审
发明人：张杰;张旭;陈宇宁;周博岩;张晶;朱小冬;任为 -专利权人：义翘神州（泰州）科技有限公司
申请日： 2023-02-02 - 公布日： 2023-06-09 - 主分类号： C12N15/13 文献下载
摘要：本发明公开了一种以菌液为模板的抗体构建测序方法，将已知氨基酸序列的抗体分析后转变成核苷酸序列，将抗体的核苷酸序列连接到表达载体中；将表达载体转化到表达宿主菌中，挑取单株菌落于液体培养基中，置于恒温摇床中扩繁2h以上；以扩繁后的菌液为模板，加入Taq酶、上游引物和下游引物、Buffer进行PCR扩增反应，磁珠对PCR扩增反应产物进行纯化，洗脱磁珠上吸附的PCR扩增反应产物；提取核酸；对核酸进行测序，获得抗体基因的序列本发明以构建的菌液为模板，只需要经过几个小时的短暂培养，然后采用优化的PCR反应体系，通过Taq酶进行扩增，扩增产物可以直接作为测序模板，从而大大缩减了此类型的样品测序时间。
模板抗体构建方法

[发明专利]通过单细胞转录组测序进行细胞质量控制的方法-CN201710091004.9有效
发明人：田埂;郎继东;张丽娜 -专利权人：元码基因科技(北京)股份有限公司
申请日： 2017-02-20 - 公布日： 2019-11-26 - 主分类号： C12Q1/6869 文献下载
摘要：本发明提供通过单细胞转录组测序进行细胞质量控制的方法。其包括单细胞分离步骤，以获得总的单细胞数；对每个单细胞进行转录组扩增的步骤，确认能够进行扩增但不足以达到对测序结果进行分析的单细胞数；测序及分析步骤，其中包括对测序结果进行主成分分析和聚类分析，并与标准单细胞数据库进行比较，计算偏离总趋势的单细胞数；筛选步骤，其中包括基于单细胞分型的筛选和基于表达基因类型的筛选，基于单细胞分型的筛选包括筛选活力水平大于75％的细胞，基于表达基因类型的筛选包括根据基因功能将表达基因分类为良性基因群
通过单细胞转录组测序进行细胞质量控制方法

[发明专利]一种基于多组比较的单细胞表达模式差异评估方法-CN202310083585.7在审
发明人：陈哲名 -专利权人：杭州联川生物技术股份有限公司
申请日： 2023-02-08 - 公布日： 2023-06-23 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于多组比较的单细胞表达模式差异评估方法，涉及生物信息分析技术领域。包括以下步骤：S101，合并多个组别的单细胞转录组表达谱；S102，对合并后的单细胞转录组表达谱中的所有细胞进行分群；S103，对各细胞群进行细胞类型的鉴定；S104，筛选出同时存在于两个或两个以上组别的细胞类型，提取该细胞类型的共存表达谱；S105，根据所述共存表达谱计算出对应细胞类型的差异富集得分；S106，将所述细胞类型按照差异富集得分从大到小进行排名。本法买那个能够评估多组比较下单细胞表达谱差异大小与差异富集程度的确切指标，为科学选择后续研究方向提供依据。
一种基于比较单细胞表达模式差异评估方法

[发明专利]CD90posi细胞CircRNA的临床液体诊断方法-CN202010222695.3在审
发明人：刘建平;苏正;张克幍 -专利权人：中山大学孙逸仙纪念医院
申请日： 2020-03-26 - 公布日： 2020-07-28 - 主分类号： C12Q1/6886 文献下载
摘要：本发明提供一种CD90posi细胞CircRNA的临床液体诊断方法，包括：通过对肝癌细胞中CD90posi亚群总RNA构建CircRNA文库，进行CircRNA的高通量测序或分离肝癌患者肿瘤组织CD90posi细胞总RNA，进行CircRNA高通量测序。根据测序情况，对结果进行生物信息学分析，采集差异表达的分子，进行基因GO、Pathway富集等生信分析，筛选出差异表达的候选CircRNA并做细胞学验证，对候选CircRNA在病人血清中的表达与CD90posi
cd90posi 细胞 circrna 临床液体诊断方法

[发明专利]一种基于CD90posi细胞检测肿瘤的试剂盒-CN202010443528.1在审
发明人：刘建平;苏正;张克幍 -专利权人：中山大学孙逸仙纪念医院
申请日： 2020-05-22 - 公布日： 2020-08-18 - 主分类号： C12Q1/6886 文献下载
摘要：本发明提供一种基于CD90posi细胞检测肿瘤的试剂盒，包括：通过对肝癌细胞中CD90posi亚群总RNA构建CircRNA文库，进行CircRNA的高通量测序或分离肝癌患者肿瘤组织CD90posi细胞总RNA，进行CircRNA高通量测序。根据测序情况，对结果进行生物信息学分析，采集差异表达的分子，进行基因GO、Pathway富集等生信分析，筛选出差异表达的候选CircRNA并做细胞学验证，对候选CircRNA在病人血清中的表达与CD90posi
一种基于 cd90posi 细胞检测肿瘤试剂盒

[发明专利]一种m6A高通量测序数据的分析方法和系统-CN202211534711.8在审
发明人：沈励泽;陈丽;黎倩 -专利权人：杭州联川生物技术股份有限公司
申请日： 2022-11-29 - 公布日： 2023-03-10 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种m6A高通量测序数据生物信息分析方法，属于生物信息学技术领域。所述分析方法包括原始数据产出统计与预处理、数据污染过滤、测序数据与基因组比对、全基因组层面Peak Calling与注释、样本间差异Peak分析、基因序列motif分析、基因与lncRNA表达丰度分析、差异基因表达谱分析、差异lncRNA表达谱分析。利用本发明提供的分析方法，可以获得全面详实分析数据，能利用高通量测序手段从全基因组层面挖动物、植物以及临床样本的m6A甲基化修饰信息，为后续的科学研究提供帮助。
一种 m6a 通量序数分析方法系统

[发明专利]基于RT-WES的转录组测序方法-CN201810606040.9在审
发明人：王冠;王晨;魏金旺;张敖;戴春;许强 -专利权人：领星生物科技（上海）有限公司;上海领安生物科技有限公司;启东领星医学检验所有限公司
申请日： 2018-06-13 - 公布日： 2018-11-16 - 主分类号： C12Q1/6869 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于RT‑WES的转录组测序方法，步骤包括：1)提取样本总RNA；2)以总RNA为模板合成cDNA；3)构建cDNA片段化文库；4)对所述片段化文库进行全外显子捕获，富集功能基因的转录组片段；5)对所述转录组片段测序并分析测序数据。本发明采用反转录‑全外显子组测序技术，通过cDNA合成过程，先将RNA转化成DNA，再通过全外显子捕获来富集外显子信息，获得rRNA和基因组DNA干扰少、功能基因表达富集高、背景低的转录组测序数据，如此降低了对RNA的质量和起始量的要求，免去了去除rRNA干扰的步骤，为突变基因转录本表达变化分析提供了更为精准高效的途径。
转录组富集外显子捕获测序数据功能基因外显子测序文库总RNA为模板基因组DNA 表达变化测序技术片段测序突变基因反转录片段化起始量转录本总RNA 构建去除样本分析合成转化

[发明专利]用于预测晚期食管癌患者抗EGFR靶向治疗疗效的生物标志物及疗效预测试剂盒-CN202111089720.6在审
发明人：鲁智豪;张恒辉;沈琳;陈欢;李健;毛蓓蓓;张小田;洪媛媛;彭智;胡莹 -专利权人：北京肿瘤医院（北京大学肿瘤医院）;无锡臻和生物科技有限公司
申请日： 2021-09-16 - 公布日： 2022-01-28 - 主分类号： C12Q1/6886 文献下载
摘要：RNA，将待检测样本RNA打断，进行反转录，得到cDNA；基于cDNA通过末端修复、接头连接和文库富集方法构建基因文库；通过捕获探针与目标区域特异性杂交从构建的基因文库中捕获并富集目标基因；利用高通量测序仪测序，获得RNA靶向测序数据；采用RPKM方法定量评估RNA靶向测序数据中基因ALK、NTRK2及NTRK3的表达量；基于评估得到的表达量取平均数得到生物标志物。具备检测灵敏度高、测序费用低、节省探针等优点，更适用于临床试剂盒开发。
用于预测晚期食管癌患者 egfr 靶向治疗疗效生物标志试剂盒

[发明专利]一种基于深度学习模型的肿瘤新抗原预测方法及新生抗原预测系统-CN202011080399.0在审
发明人：李锐;雷俊卿;虞韩川枝;秦汉楠;苏小平;李伟迎 -专利权人：格源致善（上海）生物科技有限公司
申请日： 2020-10-10 - 公布日： 2022-04-12 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：本发明属于生物医药领域，公开了一种新生抗原预测方法，包括：采集待预测新生抗原的样本，提取样本的基因组DNA和RNA，进行全外显子测序和转录组测序，根据样本的全外显子测序数据进行HLA分型分析，根据转录组测序数据进行RNA表达水平检测；将全外显子测序数据与人类参考基因组进行比对、拼接，分析肿瘤‑正常成对样本的体细胞突变，获得突变肽链序列及其旁侧序列；将HLA分型、突变肽链序列及其旁侧序列、基因表达水平值输入深度学习模型
一种基于深度学习模型肿瘤抗原预测方法新生系统

[发明专利]绵羊FGF5基因的克隆及其慢病表达毒载体的构建-CN201010580043.3有效
发明人：刘明军;贺三刚;李文蓉;张雪梅;张宁 -专利权人：新疆维吾尔自治区畜牧科学院中国-澳大利亚绵羊育种研究中心
申请日： 2010-12-09 - 公布日： 2011-09-14 - 主分类号： C12N15/12 文献下载
摘要：本发明的绵羊FGF5基因的克隆和慢病毒表达载体的构建，确定绵羊Noggin基因编码区的全序列；将目的基因定向克隆于pLEX慢病毒表达载体中，获得FGF5和FGF5S基因慢病毒载体，生产重组病毒，感染293T细胞，验证重组蛋白的表达；其中扩增外显子1的引物；扩增5-RACE引物；扩增外显子3的引物；扩增3-RACE的引物；以外显子3测序结果设计3-RACE引物：其中以5-RACE和3-RACE测序结果设计扩增FGF5全长的引物：扩增FGF5的全长cDNA序列，测序确定FGF5和FGF5S的全长序列；克隆与测序：将绵羊FGF5基因的扩增产物进行回收纯化后，利用T4DNA连接酶将其与连接PMD-18T载体，转化E.coli DH5α；利用氨苄青霉素平板筛选，并以PCR法和限制性酶切法鉴定，阳性克隆测序由上海生物工程公司完成。
绵羊 fgf5 基因克隆及其表达载体构建

[发明专利]基于固定化酶微反应器的DNA测序技术-CN201110461578.3无效
发明人：汪海林;赵超;尹俊发;尹瑞川;章大鹏 -专利权人：中国科学院生态环境研究中心
申请日： 2011-12-31 - 公布日： 2013-07-03 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：本发明基于固定化酶微反应器的DNA测序技术。本发明将固定化酶微反应器合成技术与质谱检测相结合，应用于DNA测序分析。此种固定化酶微反应器，具有均一的孔隙结构和优良的通透性；反应器可以重复使用多次，且酶活保持情况良好；在反应器制作过程中加入碱性柠檬酸盐，可以有效抑制金属离子的产生，使得谱图清晰、基线平稳，保证了DNA测序过程中每个核苷酸组分的定性鉴定本发明可以用于DNA或RNA的测序，也可以用于环境污染物与DNA形成的DNA加合物结合位点的检测，对于进一步研究DNA加合物形成的序列特异性分析，阐明化学毒物导致肿瘤作用机制具有重要的意义。
基于固定化酶微反应器 dna 技术

[发明专利]牛RORα基因的克隆、真核表达载体的构建及其应用-CN202211031385.9在审
发明人：陈华涛;秦新喜;刘薇;靳亚平;王逢博;杨王浩;赵泓淙;张粉丽 -专利权人：西北农林科技大学
申请日： 2022-08-26 - 公布日： 2023-05-12 - 主分类号： C12N15/12 文献下载
摘要：本发明公开了牛RORα基因的克隆、真核表达载体的构建及其应用，属于基因的克隆、真核表达载体的构建技术领域，本发明提供的牛RORα基因的克隆、真核表达载体的构建及其应用，成功构建了牛RORα基因的真核表达载体，补充了牛RORα基因分子水平研究的空白，目前关于RORα基因功能的研究主要以小鼠和人类的基因和细胞为模型，我们成功构建了牛RORα基因的研究模型，确认了NCBI数据库中牛RORα基因预测序列(XM_024997674)的正确性，RORα真核表达载体经过酶切与测序双重鉴定，质量可靠。
ror 基因克隆表达载体构建及其应用