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[发明专利]用于序列和图数据结构的大规模并行处理数据库-CN202111250156.1在审
发明人： C·D·里克特;K·J·玛施霍夫;S·R·萨库玛 -专利权人：慧与发展有限责任合伙企业
申请日： 2021-10-26 - 公布日： 2022-06-14 - 主分类号： G16C20/90 文献下载
摘要：本公开的实施例涉及用于序列和图数据结构的大规模并行处理数据库。本文中所公开的系统和方法可以包括一种并行处理图数据库解决方案，以用于蛋白质序列分析，以确定给定病症的可行治疗剂，并且可以包括：确定给定病症的蛋白质序列；使用序列数据库以将给定病症的序列的查询序列与序列数据库中其他已知蛋白质的序列进行比较；基于比较，使用序列数据库来确定查询序列与序列数据库中其他已知蛋白质的序列的相似性；以及基于序列的相似性，查询图数据库，以标识能够对给定病症具有抑制效果的潜在治疗剂。
用于序列数据结构大规模并行处理数据库

[发明专利]蛋白质组数据库及其应用-CN201510448466.2有效
发明人：谢振华 -专利权人：清华大学深圳研究生院
申请日： 2015-07-27 - 公布日： 2018-03-02 - 主分类号： G06F19/28 文献下载
摘要：本发明公开了一种构建蛋白质组数据库的方法，该方法包括步骤接收多个蛋白序列；消除每个蛋白序列的起始氨基酸，获得相应的截断序列；建立数据表，以获得蛋白质组数据库，数据表包含多个记录，一个所述记录与一个所述截断序列对应，数据表包含多个字段，字段包括以下序列参数中的至少两种氨基酸丰度、序列长度、序列分子量、序列疏水性和序列等电点。本发明还公开一种蛋白质组数据库、蛋白质组数据库在蛋白质分组、检索和/或定位中的用途、一种定位蛋白的方法和系统。本发明的方法和/或蛋白质组数据库建立了蛋白的坐标系统，利于简单高效利用蛋白质大数据。
蛋白质数据库及其应用

[发明专利]蛋白质序列数据库并行搜索鉴定方法与装置-CN201910604573.8在审
发明人：李肯立;李闯;唐卓;陈建国;刘勇刚;李克勤;廖湘科 -专利权人：湖南大学
申请日： 2019-07-05 - 公布日： 2019-09-24 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：本申请涉及一种蛋白质序列数据库并行搜索鉴定方法、装置、计算机设备和存储介质，其中，方法包括：预处理待鉴定的实验质谱数据集和蛋白质序列数据库，对蛋白序列数据库中每条蛋白序列进行模拟酶切，获取理论质谱数据集；分别提取实验质谱数据集对应的每个实验质谱图的质谱峰，生成搜索查询集合，并根据搜索查询集合在蛋白质序列库中搜索理论质谱数据集，获取候选肽段序列集合；根据每个实验质谱图及其对应的候选肽段序列集合，生成候选肽段并打分；整合打分结果，并进行肽段到蛋白质的推断，得蛋白质鉴定结果，采用并行处理的方式显著提高蛋白质序列数据库搜索鉴定效率。
实验质谱数据集蛋白质序列数据库候选肽并行搜索理论质谱搜索查询序列集合集合搜索预处理蛋白序列数据库蛋白质鉴定蛋白质序列计算机设备序列数据库并行处理存储介质蛋白序列模拟酶切种蛋白质质谱峰整合肽段推断蛋白质申请

[发明专利]一种构建抗生素抗性基因数据库的方法-CN201810195831.7有效
发明人：邓晔;魏子艳 -专利权人：中国科学院生态环境研究中心;中国科学院大学
申请日： 2018-03-09 - 公布日： 2023-07-21 - 主分类号： G16B50/10 文献下载
摘要：本发明公开了生物技术领域的一种构建抗生素抗性基因数据库的生物信息学方法，该方法包括在基因数据库(GenBank)搜索抗性基因的蛋白序列；选择高度精确的序列作为初始序列；采用ClustalW方法比对；构建隐马尔可夫模型并搜索GenBank蛋白数据库，得到全部包含蛋白保守位点的序列；根据序列的E值和GenBank数据库中序列的注释信息，去除高度同源和不符合要求的序列；删除重复序列后添加物种注释信息；整合所有蛋白序列，完成数据库的构建该方法能够综合衡量序列的注释信息和比对相似性，提高序列收集的速度和准确性。利用本发明提供的方法，可以完成抗生素抗性基因数据库的构建，为研究抗性基因的引物设计、数据分析和序列注释提供基础数据。
一种构建抗生素抗性基因数据库方法

[发明专利]一种构建异化砷还原酶蛋白数据库的方法-CN201910527109.3在审
发明人：胡敏;刘传平;李芳柏 -专利权人：广东省生态环境技术研究所
申请日： 2019-06-18 - 公布日： 2019-10-08 - 主分类号： G16B50/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种构建异化砷还原酶蛋白数据库的方法，该方法包括以下步骤：在蛋白数据库Uniprot检索异化砷还原酶蛋白序列，获取原始序列，搜索原始序列的功能结构域并获取对应的蛋白序列；进行多序列比对，构建相关功能结构域的隐马尔科夫模型；检索Genebank，获得具有该功能结构域的蛋白序列；去除高度同源和不符合要求的蛋白序列，对筛选得到的蛋白序列添加物种注释信息，整合所有蛋白序列，完成异化砷还原酶蛋白数据库的构建。利用本发明提供的方法，可以完成异化砷还原酶蛋白序列数据库的构建，不仅为了解自然异化砷还原微生物多样性提供基础数据，同时可为异化砷还原基因的引物设计、数据分析和序列的物种注释提供数据支撑。
还原酶蛋白蛋白序列构建功能结构域数据库原始序列检索隐马尔科夫模型物种蛋白数据库多序列比对还原微生物序列数据库还原基因基础数据数据分析数据支撑引物设计注释提供注释信息整合去除同源搜索多样性筛选

[发明专利]一种基于压缩和聚类的批量蛋白质同源性搜索方法-CN201610309077.6有效
发明人：葛宏伟;余景洪 -专利权人：大连理工大学
申请日： 2016-05-11 - 公布日： 2018-06-08 - 主分类号： G06F19/24 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于压缩和聚类的批量蛋白质同源性搜索方法，属于计算机应用技术与生物技术的交叉领域。该方法充分利用了蛋白质数据库序列和查询序列中存在的序列相似信息，首先对查询序列和蛋白质数据库通过冗余分析和冗余移除过程进行压缩操作；进而对压缩后的蛋白质数据库进行相似子序列聚类，然后在聚类数据库基础上利用映射原理进行查找以发现潜在的结果，并根据找到的潜在结果集建立可执行数据库；最后在可执行数据库上进行同源性搜索，以获得最终的同源性序列。本发明的方法通过在构建的可执行数据库上进行同源性搜索，大大减少了重复序列比对和无间隙扩展的时间。
蛋白质数据库搜索可执行聚类蛋白质同源性数据库查询序列同源性压缩计算机应用技术聚类数据库同源性序列冗余分析压缩操作映射原理重复序列冗余结果集潜在的无间隙子序列比对构建移除生物技术查找发现

[发明专利]一种构建铬还原酶蛋白数据库的方法-CN201910760276.2在审
发明人：胡敏;刘传平;李芳柏 -专利权人：广东省生态环境技术研究所
申请日： 2019-08-16 - 公布日： 2019-12-24 - 主分类号： G16B50/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种构建铬还原酶蛋白数据库的方法，属于生物技术领域。该方法包括在多个蛋白数据库中搜索铬还原酶蛋白的序列；去除高度同源的序列；删除物种重复序列后利用NCBI的prot.accession2taxid文件添加物种信息；序列用ClustalW方法比对后删除氨基酸组成差异较大的非铬还原酶蛋白序列，整合筛选后高质量的蛋白序列，完成数据库构建。该方法能够综合衡量序列的注释信息和比对的相似性，提高序列收集的速度和准确性。利用本发明提供的方法可完成铬还原酶蛋白数据库的构建，不仅为研究铬还原基因的引物设计、数据分析和序列注释提供基础数据，同时为了解环境铬还原菌的多样性及物种组成提供了必要的数据支持。
铬还原酶蛋白比对构建删除数据库生物技术领域氨基酸组成蛋白数据库还原酶蛋白数据库构建蛋白序列基础数据数据分析数据支持文件添加物种信息物种组成序列注释引物设计重复序列注释信息非铬去除整合同源搜索多样性筛选物种基因衡量研究

[发明专利]一种突变蛋白的检测方法及装置-CN201710429915.8有效
发明人：张耀洲;冯建华;吴玉乾;张树军;李冬梅;焦春彬;陈玉皎;胖铁良;王文雅 -专利权人：天津市湖滨盘古基因科学发展有限公司
申请日： 2017-06-09 - 公布日： 2018-05-29 - 主分类号： G06F19/18 文献下载
摘要：本发明提供了一种突变蛋白的检测方法及装置，方法包括：获取样品对应的转录组数据；将所述转录组数据与线粒体数据库进行比对，根据与线粒体数据库的比对结果输出非线粒体序列；将非线粒体序列中的核苷酸序列转化成氨基酸序列，并将转化后的氨基酸序列与蛋白数据库进行比对，并在与蛋白数据库的比对结果中提取同源率在第一设定范围内、且氨基酸长度在第二设定范围内的氨基酸序列；将提取的同源率在第一设定范围内、且氨基酸长度在第二设定范围内的氨基酸序列与NCBI进行比对，根据与NCBI的比对结果确定发生了突变的蛋白。本方案可以检测出样品中发生了突变的蛋白。
氨基酸序列比对结果比对蛋白数据库线粒体序列突变蛋白线粒体转录组氨基酸同源检测突变数据库蛋白核苷酸序列转化输出转化

[发明专利]用于预测蛋白质的至少一个适应度值的方法和电子系统、相关计算机程序产品-CN202210595983.2在审
发明人： N·冯塔因;F·卡德特 -专利权人：皮阿赛勒公司
申请日： 2016-04-14 - 公布日： 2022-08-09 - 主分类号： G16B20/50 文献下载
摘要：将用于预测蛋白质的至少一个适应度值的方法在计算机上执行，并且所述方法包括以下步骤：根据蛋白质数据库将所述蛋白质的氨基酸序列编码(100)成数值序列，所述数值序列包含序列中每个氨基酸的值；根据数值序列计算(110)蛋白质谱；以及对于每个适应度：将计算的蛋白质谱与预定数据库的蛋白质谱值进行比较(130)，所述数据库包含针对所述适应度的不同值的蛋白质谱值，根据比较步骤预测(130)所述适应度的值。
用于预测蛋白质至少一个适应方法电子系统相关计算机程序产品

[发明专利]用于预测蛋白质的至少一个适应度值的方法和电子系统-CN201680027558.6有效
发明人： N·冯塔因;F·卡德特 -专利权人：皮阿赛勒公司
申请日： 2016-04-14 - 公布日： 2022-12-09 - 主分类号： G16B40/00 文献下载
摘要：将用于预测蛋白质的至少一个适应度值的方法在计算机上执行，并且所述方法包括以下步骤：根据蛋白质数据库将所述蛋白质的氨基酸序列编码(100)成数值序列，所述数值序列包含序列中每个氨基酸的值；根据数值序列计算(110)蛋白质谱；以及对于每个适应度：将计算的蛋白质谱与预定数据库的蛋白质谱值进行比较(130)，所述数据库包含针对所述适应度的不同值的蛋白质谱值，根据比较步骤预测(130)所述适应度的值。
用于预测蛋白质至少一个适应方法电子系统

[发明专利]一种蛋白质复合体结构预测方法-CN202310945078.X在审
发明人：郑伟;张阳 -专利权人：郑伟
申请日： 2023-07-31 - 公布日： 2023-09-19 - 主分类号： G16B35/00 文献下载
摘要：本申请涉及人工智能及生物技术领域，尤其涉及一种蛋白质复合体结构预测方法。该方法包括：构建宏基因组序列数据库，所述宏基因组序列数据库包括第三方数据库和自主构建数据库；基于所述宏基因组序列数据库，构建蛋白质单体MSA；对所述蛋白质单体MSA进行配对，将配对MSA进行排序并连接，以构建蛋白质复合体MSA；基于Mscore评价得到目标数量的蛋白质复合体MSA，并将所述目标数量的蛋白质复合体MSA输入DMFold‑Multimer算法中，以生成对应的蛋白质复合体结构模型；根据预测的TM‑score打分标准对所述蛋白质复合体结构模型进行排序，选取打分最高的蛋白质复合体结构模型作为目标模型集。
一种蛋白质复合体结构预测方法

[发明专利]一种为基因数据库确定最佳序列比对阈值的方法-CN202011117987.7有效
发明人：刘思彤;潘珏君;陈倩 -专利权人：北京大学
申请日： 2020-10-19 - 公布日： 2022-06-10 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：一种为基因数据库确定最佳序列比对阈值的方法，包括：1)获取蛋白质序列；2)从蛋白质序列中移除被包括在基因数据库中的序列，创建假基因数据集；3)将基因数据库中的蛋白质序列划分子类，作为真基因数据集；4)合并假基因数据集与真基因数据集，针对任意一条蛋白质序列，模拟高通量测序所产生的特定长度的DNA序列，得到模拟数据集；5)进行序列比对，对比对阈值进行取值；6)判定序列比对结果，计算真阳性、错配、假阳性、假阴性、真阴性的数量；7)计算灵敏度、准确度和马修斯相关系数；8)以相似度为X轴，E值为Y轴，灵敏度、准确度或马修斯相关系数为Z轴，绘制三维曲面图；9)在三维曲面图确定基因数据库的最佳序列比对阈值。
一种基因数据库确定最佳序列阈值方法

[发明专利]稳定的配对E值-CN201380014871.2在审
发明人： R·A·赫尔曼;P·桑 -专利权人：陶氏益农公司
申请日： 2013-01-17 - 公布日： 2014-11-26 - 主分类号： G06F19/22 文献下载
摘要：本发明涉及用于获得稳定并且不依赖蛋白或核酸序列数据库大小的生物信息学配对E值的系统和方法。提供了示例性实施方案，为多蛋白数据中含有的每一个蛋白限定至少一个数据库，并在查询(query)蛋白与每一个单蛋白数据库中的每一个蛋白质之间生成E值，从而为每一个查询-数据库蛋白比较提供一个稳定的配对E值
稳定配对

[发明专利]一种海洋样品中海洋微生物的功能信息解析方法-CN202111483431.4在审
发明人：张丽华;王松朵;刘健慧;杨开广;梁振;张玉奎 -专利权人：中国科学院大连化学物理研究所
申请日： 2021-12-07 - 公布日： 2023-06-23 - 主分类号： G16B50/10 文献下载
摘要：本发明涉及一种海洋样品中海洋微生物的功能信息解析方法，基于液质联用获得质谱RAW文件，利用宏基因组测序获得的肽段序列、自定义配置获得的数据库或公共已发表的数据库等多来源数据库结合，作为宏蛋白质组数据搜索数据库按照物种分类等级将数据库拆分，通过迭代搜索等方法削减分数据库，然后将分数据库合并，利用蛋白质组搜索分析软件进行宏蛋白质组的定性和定量分析，利用功能注释软件基于公共数据库进行功能注释。蛋白质组定量分析软件筛选不同环境差异蛋白，深入挖掘不同环境微生物的群落组成及代谢活动差异。
一种海洋样品微生物功能信息解析方法

[发明专利]一种基于迭代搜索策略的蛋白质溶剂可及性预测方法-CN202011030157.0有效
发明人：胡俊;樊学强;董世建;白岩松;张贵军 -专利权人：浙江工业大学
申请日： 2020-09-27 - 公布日： 2021-12-17 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：一种基于迭代搜索策略的蛋白质溶剂可及性预测方法，首先，根据输入的待测定溶剂可及性的蛋白质序列信息，使用HHBlits工具生成对应的多序列联配信息，进而生成对应的位置特异性频率矩阵，同时，对PDB数据库中每条蛋白质序列也进行上述操作；其次，计算输入的蛋白质序列的位置特异性频率矩阵和PDB数据库中每条蛋白质的位置特异性频率矩阵的相似度；然后，从PDB数据库中获取与输入蛋白质相似度最高的多条蛋白质序列及结构信息，并将其作为模板蛋白质；再次，使用DSSP工具计算每条模板蛋白质的溶剂可及性信息；最后，根据模板蛋白质的溶剂可及性信息，预测输入蛋白质序列的溶剂可及性。
一种基于搜索策略蛋白质溶剂预测方法

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