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[发明专利]富集材料及制备和生物样品溶液中细胞外囊泡的富集方法-CN202110670403.7有效
发明人：张丽华;李一岚;侯国山;袁辉明;随志刚;杨开广;张玉奎 -专利权人：中国科学院大连化学物理研究所
申请日： 2021-06-17 - 公布日： 2023-09-22 - 主分类号： B01J20/26 文献下载
摘要：本发明涉及一种利用富集材料实现生物样品溶液中细胞外囊泡富集和浓缩的方法。所述的富集材料是由具备超吸附功能的聚合物材料作为内核及具有尺寸筛分功能的多孔结构的透析袋作为外壳组合而成。细胞外囊泡可通过透析袋表面的孔径实现成功的拦截，与其共存的干扰物如蛋白质由于尺寸较小可以成功通过透析袋表面被内部的聚合物材料不可逆的吸附，从而实现干扰物质的成功去除，同时由于聚合物材料的强吸水特性可实现大体积样品的浓缩。此种方式可应用于细胞培养液，尿液，血浆等中的细胞外囊泡的富集。
集材料及制备生物样品溶液细胞外囊泡富集方法

[发明专利]用于评价生物分子交联质谱鉴定随机性的半监督学习方法-CN202010938863.9有效
发明人：张丽华;张玮杰;杨开广;单亦初;刘健慧;张玉奎 -专利权人：中国科学院大连化学物理研究所
申请日： 2020-09-09 - 公布日： 2023-08-25 - 主分类号： G16B5/00 文献下载
摘要：本发明涉及用于评价生物分子交联质谱鉴定随机性的半监督学习方法，该评价方法，以鉴定结果中的生物分子信息、数据库检索得分情况、质谱和色谱信息作为基本特征，使用多种半监督分类模型作为框架，以基本特征或基本特征的映射组合输入框架，可以实现对交联结果中高随机性和低随机性的分类。基于本发明的评价方法，可以为后续的生物分子相互作用网络建立、生物分子结构构建模拟提供高质量的交联信息。
用于评价生物分子交联鉴定随机性监督学习方法

[发明专利]一种海洋样品中海洋微生物的功能信息解析方法-CN202111483431.4在审
发明人：张丽华;王松朵;刘健慧;杨开广;梁振;张玉奎 -专利权人：中国科学院大连化学物理研究所
申请日： 2021-12-07 - 公布日： 2023-06-23 - 主分类号： G16B50/10 文献下载
摘要：本发明涉及一种海洋样品中海洋微生物的功能信息解析方法，基于液质联用获得质谱RAW文件，利用宏基因组测序获得的肽段序列、自定义配置获得的数据库或公共已发表的数据库等多来源数据库结合，作为宏蛋白质组数据搜索数据库。按照物种分类等级将数据库拆分，通过迭代搜索等方法削减分数据库，然后将分数据库合并，利用蛋白质组搜索分析软件进行宏蛋白质组的定性和定量分析，利用功能注释软件基于公共数据库进行功能注释。蛋白质组定量分析软件筛选不同环境差异蛋白，深入挖掘不同环境微生物的群落组成及代谢活动差异。
一种海洋样品微生物功能信息解析方法

[发明专利]一种基于MRM技术对工程菌株MVA途径多靶标蛋白质的检测方法-CN202111450439.0在审
发明人：张丽华;吴玉洁;随志刚;侯瑞;梁玉;杨开广;张玉奎 -专利权人：中国科学院大连化学物理研究所
申请日： 2021-12-01 - 公布日： 2023-06-23 - 主分类号： G01N30/02 文献下载
摘要：本发明涉及一种基于多反应监测技术(MRM)对工程菌株甲羟戊酸(MVA)途径多靶标蛋白质的快速检测方法。首先以所述靶向肽段建立MRM采集方法；所述的靶向肽段标准品配成至少5个以上不同浓度，利用液质联用技术及MRM方法采集数据，以浓度值和峰面积分别为横纵坐标绘制标准曲线；工程菌株样品采用常规蛋白质组学样品预处理流程获得酶解肽段溶液，利用液质联用技术及MRM方法进行质谱数据采集，进而利用外标法进行蛋白定量。本发明在传统外标法定量的基础上，构建基于短色谱柱、微升液相色谱系统、短分离梯度和MRM定量策略的靶标蛋白质检测方法，并将其用于工程菌株MVA途径5个蛋白质的快速定量分析。
一种基于 mrm 技术工程菌株 mva 途径靶标蛋白质检测方法

[发明专利]组织中含邻二羟基官能团化合物的质谱成像检测方法-CN202111450440.3在审
发明人：张丽华;刘丹;刘欣欣;张晓哲;赵楠;杨开广;张玉奎 -专利权人：中国科学院大连化学物理研究所
申请日： 2021-12-01 - 公布日： 2023-06-23 - 主分类号： G01N27/64 文献下载
摘要：本发明提供一种组织中含邻二羟基官能团化合物的质谱成像检测方法及其应用，属于质谱检测技术领域。所述方法至少包括：将氧化试剂溶液、衍生化试剂溶液喷涂到制备的组织切片表面，置于含饱和有机溶剂气体的密闭环境中进行孵育，反应结束后得到邻二羟基官能团化合物的衍生化产物；将衍生化后的组织切片进行基质喷涂，然后进行MALDI质谱成像分析。本发明能够有效提高组织中含邻二羟基官能团化合物的检测灵敏度，实现生物组织中含邻二羟基官能团化合物，如内源代谢物和外源药物的可视化分析，因此具有良好的实际推广应用价值。
组织中含邻二羟基官能团化合物成像检测方法

[发明专利]一种用于生物样本的高能量紫外交联仪-CN201911229070.3有效
发明人：张丽华;戴忠鹏;赵群;陈宇文;杨开广;张玉奎 -专利权人：中国科学院大连化学物理研究所
申请日： 2019-12-04 - 公布日： 2023-06-20 - 主分类号： G01N33/68 文献下载
摘要：本发明涉及一种用于生物样本的高能量紫外交联仪，该仪器包括：(1)365nm LED光源；(2)生物样本冷却系统；(3)生物样本高度调整平台。所述LED光源配制了相应的散热系统，其发射的紫外光束经过平凸透镜聚集，高能量照射于生物样本。生物样本置于生物样本冷却系统平台，以减小因强紫外光照射产生热量造成对交联体系的影响。生物样本高度调整平台可以根据交联反应所需能量，调整反应体系与光源的距离。本发明的优点是高能、低热，LED光源提供高能量密度紫外光束以保证交联反应效果的同时，生物样本冷却系统通过降低交联体系温度以保证生物样品的生理条件和维持其生理活性，为开展光交联活体实验提供了重要的仪器支撑。
一种用于生物样本高能量紫外交联

[发明专利]一种光活化试剂及其制备方法以及在线粒体蛋白质组标记与鉴定中的应用-CN202111531702.9在审
发明人：张丽华;王鹤;江波;杨开广;张玉奎 -专利权人：中国科学院大连化学物理研究所
申请日： 2021-12-14 - 公布日： 2023-06-16 - 主分类号： C07F9/6561 文献下载
摘要：本申请公开了一种光活化试剂及其制备方法与应用。所述光活化试具有如式I所示的结构式：X‑Y‑Z式I；其中，X为线粒体靶向基团；Y为连接臂；Z为光敏基团；所述线粒体靶向基团通过连接臂与光敏基团连接。本申请所提供的光活化试剂，对线粒体蛋白质组靶向性强，生物兼容性好，利用线粒体膜内外的高电势差实现在线粒体内的富集，并可在可见光照射下产生单线态氧，避免了试剂到达靶细胞器之前的非特异性反应。
一种活化试剂及其制备方法以及线粒体蛋白质标记鉴定中的应用

[发明专利]一种磷酸富集型化学交联剂及其制备方法和应用-CN202111461214.5在审
发明人：张丽华;高航;赵群;杨开广;张玉奎 -专利权人：中国科学院大连化学物理研究所
申请日： 2021-12-01 - 公布日： 2023-06-13 - 主分类号： C07F9/572 文献下载
摘要：本发明涉及一种磷酸富集型化学交联剂及其制备方法和应用，属于有机合成技术领域。本交联剂具有以下功能特点：1)具有磷酸富集单元，实现交联肽高通量、高灵敏度鉴定；2)具有琥珀酰亚胺酯结构单元，反应条件温和高效；3)具有光反应活性基团，实现蛋白质的动态结构及相互作用信息的快速捕获；4)分子中含有磷酸基及磺酸钠单元，一方面提高了交联剂的亲水性，另一方面抑制交联剂的透膜性；5)分子骨架结构引入聚乙二醇(PEG)链，改善交联剂的亲水性。本发明交联剂应用于细胞质膜蛋白质组学领域，为实现细胞质膜蛋白质复合体的规模化分析、细胞质膜蛋白质的三维空间结构解析、细胞质膜蛋白质相互作用解析提供重要的技术支撑。
一种磷酸富集化学交联剂及其制备方法应用

[发明专利]基于Top-down策略的膜蛋白质变体鉴定方法-CN202111451096.X在审
发明人：张丽华;孙悦;梁玉;王超;杨开广;赵宝锋;梁振;张玉奎 -专利权人：中国科学院大连化学物理研究所
申请日： 2021-12-01 - 公布日： 2023-06-13 - 主分类号： G01N30/02 文献下载
摘要：本发明涉及一种基于Top‑down策略的膜蛋白质变体鉴定方法。在该方法中，将细胞或组织样品裂解后通过超高速离心法得到包含膜蛋白的疏水性组分。将所得疏水性组分利用凝胶洗脱液相组分截留电泳技术进行基于分子量的分级，再通过有机溶液沉淀法得到膜蛋白沉淀。将所得膜蛋白沉淀溶解后利用有机硅杂化整体柱实现完整膜蛋白的高效分离，再用orbitrap高分辨质谱进行Top‑down蛋白质组学鉴定。该方法针对完整膜蛋白溶解难、分离难、鉴定难的问题，建立了稳健的膜蛋白质组top‑down鉴定流程。
基于 top down 策略膜蛋白质变鉴定方法

[发明专利]基于海藻糖的质谱可碎裂型化学交联剂及制备和应用-CN202111452346.1在审
发明人：张丽华;陈静;赵群;高航;杨开广;张玉奎 -专利权人：中国科学院大连化学物理研究所
申请日： 2021-12-01 - 公布日： 2023-06-02 - 主分类号： C07H13/00 文献下载
摘要：本发明涉及一种以海藻糖为骨架结构的化学交联剂的制备方法及其在蛋白质组领域的质谱分析方法。本发明交联剂具有以下特点：1)以海藻糖为基础骨架，提高交联剂的水溶性及生物兼容性，降低对生物体的扰动，有利于保持蛋白质的空间构型；2)具有糖苷键质谱碎裂位点，且其质谱碎裂能量与肽键质谱碎裂能量具有选择性差异，可以实现高选择性碎裂，进而大大降低质谱复杂度及搜索空间，提高搜索效率，实现交联肽高通量、高灵敏度分析。本发明海藻糖交联剂应用于蛋白质组学领域，为实现复杂样品中蛋白复合体的规模化分析、蛋白质的空间结构解析及蛋白质‑蛋白质相互作用网络提供技术支撑。
基于海藻质谱可碎裂化学交联剂制备应用

[发明专利]一种用于递送交联剂至细胞内线粒体的纳米脂质体类转运载体及其制备和应用-CN202111451100.2在审
发明人：张丽华;陈玉宛;周雯;李欣蔚;赵群;赵宝锋;杨开广;梁振;张玉奎 -专利权人：中国科学院大连化学物理研究所
申请日： 2021-12-01 - 公布日： 2023-06-02 - 主分类号： G01N27/62 文献下载
摘要：本发明涉及一种用于递送交联剂至细胞内线粒体的纳米脂质体类转运载体及其制备和应用。在该方法中，设计制备具有细胞内靶向运载功能的纳米脂质体类转运载体，使其与细胞共同孵育后经细胞内吞，到达线粒体，并且原位释放化学交联剂，原位捕获线粒体或其他膜结构层面的蛋白质复合物信息。随后，利用基于离子液体的蛋白质提取方法，或十二烷基硫酸钠(SDS)表面活性剂的蛋白质提取方法，提取蛋白质及其复合物，经过样品预处理后，在全细胞蛋白质组层面对线粒体的蛋白质复合物或细胞膜及线粒体膜结构中的蛋白进行原位分析。这一方法对于解析线粒体以及到达线粒体所途经的膜结构的蛋白质复合物时空动态变化规律、追踪线粒体参与细胞功能、理解生命过程、揭示疾病机制、筛选生物标志物以及寻找药物靶标具有重大意义。
一种用于递送交联剂细胞内线粒体纳米脂质体转运载体及其制备应用

[发明专利]肝癌药物的辅助治疗药物及应用和治疗肝癌药物混合物-CN202111393516.3在审
发明人：张丽华;张堃;王子璇;褚宏伟;马宝福;潘慧;赵宝锋;梁振;杨开广;张玉奎 -专利权人：中国科学院大连化学物理研究所
申请日： 2021-11-23 - 公布日： 2023-05-23 - 主分类号： A61K45/00 文献下载
摘要：目前大部分肿瘤的治疗方案都是手术切除辅助化疗，化疗耐药性现已成为影响肿瘤患者预后的重要因素。本发明提供了一种通过抑制FADS2从而增强肝癌细胞药物敏感性的肝癌治疗新方法。本发明发现肝癌耐药细胞中FADS2表达量上调，生存分析显示FADS2的高表达与肝癌不良预后有关，抑制FADS2可以显著增强肝癌细胞药物敏感性，从而达到治疗肝癌的目的。本发明的研究成果不仅为肝癌临床治疗提供理论基础，并能够为肝癌药物的开发提供新的药物靶点。
肝癌药物辅助治疗应用混合物

[发明专利]一种功能二维材料及其制备和质膜蛋白质组的富集方法-CN202111395690.1在审
发明人：张丽华;蒋倩倩;宋丽;江波;王鹤;杨开广;张玉奎 -专利权人：中国科学院大连化学物理研究所
申请日： 2021-11-23 - 公布日： 2023-05-23 - 主分类号： B01J20/22 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于功能二维材料的新型质膜蛋白富集方法。该方法利用细胞表面净负电荷和磷脂双分子结构的特性，通过功能二维材料实现细胞表面的功能化，进而实现质膜的分离纯化及质膜蛋白的选择性富集。功能二维材料具有生物相容性好，延展性强，活性金属离子位点多的优点，能均匀分散至细胞表面，与磷脂双分子层间同时存在疏水、静电和配位的相互作用，从而确保了质膜的高效富集。进一步结合高分辨高灵敏的液质联用系统，实现深度覆盖的质膜蛋白组定性定量分析。
一种功能二维材料及其制备质膜蛋白质富集方法

[发明专利]一种基于a1离子的深度覆盖蛋白质组学定量方法-CN202111395694.X在审
发明人：张丽华;王芷婷;刘健慧;杨开广;梁振;张玉奎 -专利权人：中国科学院大连化学物理研究所
申请日： 2021-11-23 - 公布日： 2023-05-23 - 主分类号： G01N30/02 文献下载
摘要：本发明涉及一种基于a1离子的深度覆盖蛋白质组学定量方法。该方法首先对生物样品使用蛋白质组预处理获得酶解肽段，然后使用二甲基试剂对肽段进行标记并进行二维或二维以上分离，进而使用多质量范围及优化的质谱参数进行数据采集，提取高质量范围的谱图信息并借助搜索引擎进行定性分析，提取低质量范围的a1离子强度进行定量分析。该方法避免了检测器采集过程中对高质量端离子的歧视效应以及高丰度a1离子对低丰度离子的信号掩盖，进而提升了覆盖深度。本发明能够高灵敏度、高覆盖度、高准确度、动态范围宽的实现蛋白质组样品的深度覆盖定量分析，从而广泛应用于生物样品在不同生长条件、疾病状态下的蛋白质表达、以及蛋白质的亚细胞定位和动态相互作用网络研究等，以深入了解复杂的蛋白质特性和行为。
一种基于 a1 离子深度覆盖蛋白质定量方法

[发明专利]一种SARS-CoV-2 S1蛋白的检测方法-CN202111395695.4在审
发明人：张丽华;周雯;随志刚;刘健慧;贺映云;袁辉明;赵宝锋;杨开广;张玉奎 -专利权人：中国科学院大连化学物理研究所
申请日： 2021-11-23 - 公布日： 2023-05-23 - 主分类号： G01N30/02 文献下载
摘要：本发明涉及一种SARS‑CoV‑2S1蛋白的检测方法。在该方法中，将SARS‑CoV‑2S1蛋白用溶液酶解的预处理方式获得S1肽段，利用C18色谱柱实现样品分离，再用orbitrap高分辨质谱进行数据采集。先在质谱的数据依赖性模式(DDA)下进行S1肽段样品的数据采集，挑选出6‑10条高强度、肽段匹配谱图数(PSM)较多的特异性肽段，构建出平行反应监测模式(PRM)的肽段库；最后根据构建的PRM肽段库进行SARS‑CoV‑2S1蛋白的鉴定。该技术能够实现SARS‑CoV‑2S1蛋白的高灵敏度、高精确度检测，有望成为核酸检测在人体微量病毒检测和货物表面微量病毒检测中的重要补充方法，在遏制SARS COV‑2的传播中发挥重要作用。
一种 sars cov s1 蛋白检测方法

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