[发明专利]一种构建异化砷还原酶蛋白数据库的方法在审
| 申请号： | 201910527109.3 | 申请日： | 2019-06-18 |
| 公开（公告）号： | CN110310708A | 公开（公告）日： | 2019-10-08 |
| 发明（设计）人： | 胡敏;刘传平;李芳柏 | 申请（专利权）人： | 广东省生态环境技术研究所 |
| 主分类号： | G16B50/00 | 分类号： | G16B50/00;G16B20/00 |
| 代理公司： | 广州市华学知识产权代理有限公司 44245 | 代理人： | 郭炜绵 |
| 地址： | 510316 广*** | 国省代码： | 广东;44 |
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| 摘要： | 本发明公开了一种构建异化砷还原酶蛋白数据库的方法，该方法包括以下步骤：在蛋白数据库Uniprot检索异化砷还原酶蛋白序列，获取原始序列，搜索原始序列的功能结构域并获取对应的蛋白序列；进行多序列比对，构建相关功能结构域的隐马尔科夫模型；检索Genebank，获得具有该功能结构域的蛋白序列；去除高度同源和不符合要求的蛋白序列，对筛选得到的蛋白序列添加物种注释信息，整合所有蛋白序列，完成异化砷还原酶蛋白数据库的构建。利用本发明提供的方法，可以完成异化砷还原酶蛋白序列数据库的构建，不仅为了解自然异化砷还原微生物多样性提供基础数据，同时可为异化砷还原基因的引物设计、数据分析和序列的物种注释提供数据支撑。 | ||
| 搜索关键词： | 还原酶蛋白 蛋白序列 构建 功能结构域 数据库 原始序列 检索 隐马尔科夫模型 物种 蛋白数据库 多序列比对 还原微生物 序列数据库 还原基因 基础数据 数据分析 数据支撑 引物设计 注释提供 注释信息 整合 去除 同源 搜索 多样性 筛选 | ||
【主权项】：
1.一种构建异化砷还原酶蛋白数据库的方法，其特征在于包括以下步骤：(1)在蛋白数据库Uniprot检索异化砷还原酶蛋白序列；将检索获得的全部蛋白序列进行长度分布统计，删除长度偏移平均长度±20％的序列；(2)选择注释为砷还原酶或者相关蛋白、无重复的蛋白序列作为原始序列，搜索原始序列的功能结构域，并获取功能结构域对应的蛋白序列；(3)将功能结构域的蛋白序列进行多序列比对；以对齐的结构域蛋白序列为种子，构建相关功能结构域的隐马尔科夫模型；(4)检索Genebank蛋白数据库，获得具有该功能结构域的蛋白序列；去除高度同源和不符合要求的蛋白序列，保留的序列要同时符合以下标准：a)注释信息包含异化砷还原酶蛋白名字；b)注释信息不存在部分蛋白、推测蛋白和假定蛋白；c)E值小于1e‑10；d)比对长度大于序列的30％；e)比对得分大于60；(5)对筛选得到的蛋白序列添加物种注释信息，并计算序列的长度、对应酶蛋白的分子量大小及等电点；整合所有蛋白序列，完成异化砷还原酶蛋白数据库的构建。
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