[发明专利]构建乳腺癌新辅助化疗疗效分类模型的方法在审
| 申请号： | 201910841963.7 | 申请日： | 2019-09-06 |
| 公开（公告）号： | CN110570951A | 公开（公告）日： | 2019-12-13 |
| 发明（设计）人： | 胥顺;李坤;杨学习 | 申请（专利权）人： | 广州市雄基生物信息技术有限公司 |
| 主分类号： | G16H70/00 | 分类号： | G16H70/00;G16H70/40;G16B20/00;G16B25/20;G06K9/62 |
| 代理公司： | 44205 广州嘉权专利商标事务所有限公司 | 代理人： | 许飞 |
| 地址： | 510663 广东省广州市*** | 国省代码： | 广东;44 |
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| 摘要： | 本发明公开了构建乳腺癌新辅助化疗疗效分类模型的方法，通过获取已知疗效病人的血浆cfDNA测序数据并进行TSSs区域覆盖度分析，确定覆盖度差异后进行聚类分析，得到分类模型。本发明方法构建的模型，可以实现对乳腺癌患者新辅助化疗进行疗效预测，确定乳腺癌的治疗策略，指导乳腺癌新辅助化疗。本发明的模型，所需要的数据来源于外周血，属于无创检测范畴，克服了现有乳腺癌新辅助化疗疗效预测的材料需要有创性穿刺取样所导致的临床体验不佳、无法解决肿瘤异质性、穿刺禁忌证、造成肿瘤传播转移风险等缺点。 | ||
| 搜索关键词： | 乳腺癌 新辅助化疗 分类模型 疗效预测 穿刺 构建 肿瘤异质性 测序数据 聚类分析 区域覆盖 无创检测 治疗策略 肿瘤传播 覆盖度 外周血 取样 有创 血浆 分析 | ||
【主权项】：
1.一种构建乳腺癌新辅助化疗疗效分类模型的方法，包括如下步骤：/ncfDNA的reads的获取：/n获取已知化疗结果的不同乳腺癌分型病人的血浆cfDNA测序数据，获得cfDNA的reads数据；/nTSSs区域覆盖度分析：/n提取基因转录起始位点TSSs上下游区域的基因组位置信息，定义为原始启动子区域；/n将cfDNA的reads比对到人类参考基因组hg19上，去除比对数据中的重复序列，统计出所有蛋白编码基因的原始启动子区域的reads数后，对TSSs区域覆盖度进行标准化处理；/n覆盖度差异分析：/n利用Kruskal-Wallis非参数单因子方差分析方法，筛选出各组中TSSs区域覆盖度存在差异的基因启动子区域，对原始P值进行校正，筛选出FDR值小于0.1的基因启动子区域，最后确定差异TSSs区域；/n聚类分析：/n对TSSs区域覆盖度的数据进行样本间的标准化，采用等级聚类法根据样本间启动子覆盖度的相关性进行聚类分析；根据原始启动子区域的覆盖度差异和所述病人的已知疗效情况，将样本类型聚类为pCR组和npCR组或PR组和SD组，得到乳腺癌新辅助化疗疗效分类模型。/n
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