[发明专利]Docker技术在高通量测序数据分析中的应用在审
| 申请号： | 201710722110.2 | 申请日： | 2017-08-22 |
| 公开（公告）号： | CN107590365A | 公开（公告）日： | 2018-01-16 |
| 发明（设计）人： | 袁晓辉 | 申请（专利权）人： | 武汉古奥基因科技有限公司 |
| 主分类号： | G06F19/28 | 分类号： | G06F19/28 |
| 代理公司： | 武汉蓝宝石专利代理事务所(特殊普通合伙)42242 | 代理人： | 常海涛 |
| 地址： | 430000 湖北省武汉市*** | 国省代码： | 湖北;42 |
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| 摘要： | 本发明公开了Docker技术在高通量测序数据分析中的应用，属于生物计算学及分子生物学领域。使用Docker先构建基础镜像，再将分析所需软件、语言在交互模式下保存到镜像中；搭建分析流程后，再生成生物云计算平台镜像；将其保存为tar压缩包上传并导入到需要进行分析的服务器目录，再将需要分析的数据信息及数据注释文件挂载到镜像中，调用配置好的分析流程即可对数据进行分析。本发明将Docker技术应用于高通量测序数据分析，可以解决现有生物大数据分析中存在的软件安装、配置、迁移及所依赖的计算机资源差异等局限性问题，使得研究人员能够高效的对生物测序大数据进行挖掘分析，减少了对分析手段本身处理的时间。 | ||
| 搜索关键词： | docker 技术 通量 序数 分析 中的 应用 | ||
【主权项】：
Docker技术在高通量测序数据分析中的应用。
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- 高通量Miseq测序数据自动化过滤方法-201611005004.4
- 刘书云;叶伟星;姜丽荣;孙子奎 - 上海派森诺生物科技股份有限公司
- 2016-11-15 - 2017-05-10 - G06F19/28
- 本发明公开的高通量Miseq测序数据自动化过滤方法，具体包括如下步骤1)输入要进行分析的项目信息步骤；2)高通量测序数据与项目信息的匹配步骤；3)对相应项目的数据进行预处理步骤；4)对数据进行初步统计步骤。本发明的有益效果在于基于Linux shell的Illumina Miseq数据自动化过滤流程，可进行批量数据过滤，提高数据处理效率和服务器使用效率，同时降低人为错误，便于判断样品数据量是否满足分析要求。
- 专利分类
G06 计算；推算；计数
G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学，即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真，例如：概率模型或动态模型，遗传基因管理网络，蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的，例如：进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的，例如：结构排序，结构或功能关系，蛋白质折叠，结构域拓扑，用结构数据的药靶，涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的，例如：基因型–表型关联，不均衡连接，种群遗传学，结合位置鉴定，变异发生，基因型或染色体组的注释，蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用
G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学，即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真，例如：概率模型或动态模型，遗传基因管理网络，蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的，例如：进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的，例如：结构排序，结构或功能关系，蛋白质折叠，结构域拓扑，用结构数据的药靶，涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的，例如：基因型–表型关联，不均衡连接，种群遗传学，结合位置鉴定，变异发生，基因型或染色体组的注释，蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用
