[发明专利]全基因组范围内基因组DNA修饰定量测序方法

摘要

本发明属于第二代基因测序技术领域，具体为一种全基因组范围内基因组DNA修饰(如5-羟甲基胞嘧啶即5hmC，5-甲基化胞嘧啶即5mC，5-羧基胞嘧啶即5caC、5-甲酰胞嘧啶即5fC等)定量测序方法。本发明是采用标签法，对多个待测样品分别加上特异性的序列标签（即Barcode），然后将这些样品混合在一起进行相应修饰的DNA片段免疫沉淀，从而实现全基因组范围内基因组DNA修饰的定量测序。具体步骤包括：基因组DNA的抽提、Barcode样品制备、相应修饰的DNA片段免疫沉淀实验及特异性产物PCR扩增、illuminaGA‖平台测序。本发明可以在全基因组范围内同时对多个样本中的相应修饰的DNA进行定量比较，精确定位不同区域、不同修饰的DNA的含量差别。

主权项

一种全基因组范围内基因组DNA修饰定量测序方法，其特征在于采用标签法，对多个待测样品分别加上特异性的序列标签，即Barcode；然后将这些样品混合在一起进行羟甲基化DNA片段免疫沉淀，从而实现全基因组范围内基因组DNA修饰的定量测序；所述DNA修饰为5‑羟甲基胞嘧啶即5hmC修饰，5‑甲基化胞嘧啶即5mC修饰，5‑羧基胞嘧啶即5caC修饰，或5‑甲酰胞嘧啶即5fC修饰；其中所用的接头及特异性的序列标签如下所示：ESC Barcode: CCAG*接头序列：5'ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTCCAG*T 3'3'GAGCCGTAAGGACGACTTGGCGAGAAGGCTAGAGGTC*5'NPC Barcode: TAGC*接头序列：5'ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT TAGC* T3'3'GAGCCGTAAGGACGACTTGGCGAGAAGGCTAGAATCG*5'MEF Barcode: GCTA*接头序列：5'ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT GCTA*T3'3'GAGCCGTAAGGACGACTTGGCGAGAAGGCTAGACGAT*5' 。