本发明公开一种磷酸转移酶突变体及其应用。本发明提供的磷酸转移酶突变体的氨基酸序列如SEQ ID No.2、SEQ ID No.4或SEQ ID No.6所示,编码磷酸转移酶突变体的核苷酸序列如SEQ ID No.1、SEQ ID No.3或SEQ ID No.5所示。本发明还提供使用重组微生物发酵生产5’‑核苷酸、制备高酶活性的磷酸转移酶的方法。本发明制备得到的高酶活性磷酸转移酶可以用于生产高纯度呈味核苷酸二钠产品5’‑肌苷酸二钠和5’‑鸟苷酸二钠,其纯度可达到97.5%以上,达到食品级要求,同时收率也有显著提升,达到125%以上,在工业化生产中可大幅降低生产成本。