本发明公开了一种基于双指数驱动的电离层三维电子密度重构方法,包括如下步骤:步骤A,多GNSS数据源电离层垂直总电子含量映射:步骤B,最优化电离层Rz指数确定:步骤C,最优化电离层IG指数确定:步骤D,基于双指数驱动的电离层三维电子密度重构。本发明所公开基于双指数驱动的电离层三维电子密度重构方法,采用国际全球卫星导航系统组织(International GNSS Service,IGS)发布的全球GNSS观测数据和COSMIC数据分析和档案中心(COSMIC Data Analysis and Archive Center,CDAAC)发布的GNSS掩星电子密度剖面数据产品作为电离层三维电子密度重构的数据来源,基于最优化的Rz和IG指数对国际参考电离层模型(International Reference Ionosphere,IRI)进行数据驱动更新,实现高精度电离层三维电子密度重构。