本发明公开了一种与小麦叶片黄化紧密连锁的Indel分子标记及其应用，属于植物基因工程和植物遗传育种技术领域。所述与小麦叶片黄化紧密连锁的Indel分子标记位于小麦2D染色体，其核酸序列如SEQ ID NO.1所示。采用本发明的分子标记可以以苗期的小麦DNA为模版进行扩增，根据扩增片段的大小，来鉴定或辅助鉴定小麦基因组中是否含有导致叶片黄化的基因或是否具有叶片黄化性状。如此，可以提前排除小麦叶片黄化的小麦的品种，有利于培育高产优质的小麦品种，提高育种效率。
本发明公开了一种与小麦苗期种子根数目QTL紧密连锁的分子标记及其应用，包括：提取待测小麦幼嫩叶片的DNA；以上述DNA为模板，采用SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3构成的引物对进行PCR扩增；所得扩增产物在10.0%的非变性聚丙烯酰胺凝胶上进行电泳分离；检测电泳条带是否包含198bp的扩增产物，由此鉴定或辅助鉴定小麦苗期的种子根数目。基于本发明开发的新靶点和新的技术思路，能够用来检测小麦品种/系中是否含有增加种子根数目的QTL位点，以及用于小麦优良根系构型的育种和选育。
