本发明提供了一种黄芩黄酮甲氧基转移酶基因及其重组载体和应用。该黄芩黄酮甲氧基转移酶基因包括SbFOMT3、SbFOMT5和SbFOMT6基因中的至少一种；SbFOMT3基因的序列SEQ ID No.1所示，SbFOMT5基因的序列如SEQ ID No.3所示，SbFOMT6基因的序列如SEQ ID No.5所示。本发明首次从唇形科黄芩属药用植物黄芩中克隆到编码参与千层纸素、7‑甲氧基黄芩素及具有相似结构的黄酮甲基化合成途径的SbFOMT3、SbFOMT5和SbFOMT6的三条基因，其为来源于黄芩的黄酮7位，6位氧甲基转移酶的基因序列，其所编码的酶能够参与千层纸素、7‑甲氧基黄芩素的生物合成并催化具有相似结构黄酮类物质的氧位甲基化反应，在PFOMT的协同作用下能够合成黄芩黄酮I和韧黄芩素I，为生产有效的活性物质提供基础。
本发明公开了一种黄芩花青素转录调控因子，其包括SbMYB75基因和SbDEL基因中的至少一种，其中，所述SbMYB75基因序列如SEQ ID No.1所示，所述SbDEL基因序列如SEQ ID No.3所示，并提供了扩增上述基因的引物组合物，以及由该基因编码的蛋白，以及由上述基因构建的重组载体、重组微生物、宿主细胞、转基因细胞系或转基因植物组织及其应用。本发明利用黄芩花青素转录因子SbMYB75和SbDEL及其构建的重组载体来提高转基因细胞系的花青素产量。本发明首次从黄芩中克隆到花青素转录因子SbMYB75和SbDEL及其编码的蛋白，并通过基因工程和细胞工程得到高花青素含量的转基因细胞系，为工业上提高花青素产量打下了坚实的基础。
本发明提供了一种黄芩黄酮苯丙素和类黄酮O‑甲基转移酶基因，其包括SbPFOMT1，SbPFOMT2，SbPFOMT5基因中的至少一种，SbPFOMT1基因序列如SEQ ID No.1所示，SbPFOMT2基因序列如SEQ ID No.3所示，SbPFOMT5基因序列如SEQ ID No.5所示，并提供了扩增上述基因的引物组合物，由该基因编码的蛋白，以及上述基因构建的重组载体、重组微生物、宿主细胞、转基因细胞系、转基因植物组织或转基因植物及其应用。本发明解析汉黄芩素及相似黄酮类的甲基化的过程，首次获得三条黄酮苯丙素和类黄酮O‑甲基转移酶基因SbPFOMT1，SbPFOMT2，SbPFOMT5并进行克隆，同时在外源植物以及微生物体内验证上述基因编码的酶的功能，为大规模生产汉黄芩素及相似黄酮类甲基化提供理论基础，也为工业生产其他相关的黄酮类化合物奠定了坚实的基础。
