本发明涉及一种与番木瓜果肉维生素C含量相关的单倍型分子标记及应用,属于生物技术领域,解决了现有与果肉维生素C含量指标相关的番木瓜选育时间长、选育成本高的问题。包括分子标记SNP1和分子标记SNP2;所述分子标记SNP1位于Chr09染色体第2001190位碱基,命名为Cpa09g002680:2846,所述分子标记SNP1位于SEQ ID NO.1所示核苷酸序列的第145位;所述分子标记SNP2位于Chr09染色体第2001473位碱基,命名为Cpa09g002680:3129,所述分子标记SNP2位于SEQ IDNO.4所示核苷酸序列的第128位。提高了番木瓜育种选择效率,降低成本。