本发明公开了辣椒子叶颜色分子标记及其在检测辣椒子叶颜色中的应用。本发明公开的辣椒子叶颜色分子标记为辣椒基因组中对应于序列表中SEQ ID No.1的第123位的核苷酸,其为A或G。实验证明,在548株的辣椒群体中,基因组DNA中对应于序列表中SEQ ID No.1的第123位的核苷酸为A的147株纯合辣椒的子叶为紫色,对应于序列表中SEQ ID No.1的第123位的核苷酸为A与G的277株杂合辣椒的子叶为紫色,对应于序列表中SEQ ID No.1的第123位的核苷酸为G的124株纯合辣椒的子叶为绿色。表明,本发明的辣椒子叶颜色分子标记可用于鉴定辣椒子叶颜色,用于辣椒的杂交育种。