本发明公开了与玉米茎粗连锁的分子标记及其应用。本发明公开的与玉米茎粗连锁的分子标记,为序列表中SEQ ID No.3所示的DNA片段或SEQ ID No.4所示的DNA片段,该分子标记可利用由SEQ ID No.1和SEQ ID No.2所示的两条单链DNA组成的引物对检测。实验证明,本发明的与玉米茎粗连锁的分子标记与玉米茎粗相关,利用该分子标记可以成功鉴定玉米的茎粗情况,并具有简便、快速、高效、准确的优点,且重复性好,特异性高,可以用于玉米分子标记辅助育种,选育综合性状优良的玉米新品种,大大节约了育种成本,提高了育种效率。