本发明提供了与大豆株高性状相关的SNP分子标记及其应用，属于大豆分子育种技术领域。本发明以339个中国江淮地区的大豆自交系为材料，利用SNP标记对上述材料的株高性状进行全基因组关联分析。发现1个新的SNP分子标记与大豆株高显著相关。所述SNP分子标记为qPh08‑1S，位于第8号染色体上第15,013,896bp碱基处。用于检测上述SNP分子标记的引物序列如SEQ ID NO.1‑2所示。利用本发明中的SNP分子标记，可以节省育种时间，减少环境对大豆株高性状鉴定的影响，加快大豆株高性状的选择和改良。
本发明涉及大豆品种GmSWEET39基因单倍型的分子标记方法，用分子标记Indel‑Chr.15‑3875550引物：SEQ ID NO.1/SEQ ID NO.2或者用分子标记Indel‑Chr.15‑3884603引物：SEQ ID NO.3/SWQ ID NO.4扩增大豆或育种材料DNA，如果用分子标记Indel‑Chr.15‑3875550引物能够扩增出537p的扩增片段，或用分子标记Indel‑Chr.15‑3884603引物能够扩增出523bp的扩增片段，则标志着大豆品种中含有GmSWEET39基因野生单倍型，及具有提高籽粒蛋白质含量、降低油脂含量和百粒重的等位变异的存在。本发明所述方法可预测大豆籽粒蛋白质含量，提高育种中高蛋白大豆品系的选择效率。
