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[发明专利]用于肿瘤检测的基因选择方法-CN201110319228.3无效
发明人：孙鑫;刘衍珩;朱建启;李飞鹏 -专利权人：吉林大学
申请日： 2011-10-20 - 公布日： 2013-04-24 - 主分类号： G06F19/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种用于肿瘤检测的基因选择方法，按下列步骤进行：预处理模块对初始输入样本进行预处理，生成候选基因集合；基因权值评估模块对候选基因集合中的每个基因赋予相同的权值，进入基因选择流程；基因选择模块计算每个基因的优先级，选择具有最高优先级的基因作为最新选择基因，并将其加入最优基因集合；相关性分析模块根据最新选择基因计算候选基因集合中的每个基因的权值的调整系数；基因权值评估模块根据调整系数对基因的权值进行调整，并继续进行基因选择流程；选择结束后，输出最优基因集合给分类器。本发明能够挑选出与肿瘤相关的最优基因集合用于诊断，更符合实际情况，满足高精度的肿瘤诊断的需求。
用于肿瘤检测基因选择方法

[发明专利]基于多标签特征选择的基因分类方法、系统及设备-CN202310810555.1在审
发明人：吴全旺;李秀先;张智勇;曾洁;周鹏 -专利权人：重庆大学;招商局检测车辆技术研究院有限公司
申请日： 2023-07-04 - 公布日： 2023-09-19 - 主分类号： G16B40/20 文献下载
摘要：本发明提供了基于多标签特征选择的基因分类方法、系统及设备，方法包括：获取基因表达数据集，利用基于缺失基因数据的多标签特征选择模型对基因表达数据集进行特征选择，得到基因表达数据集的特征子集；利用基因表达数据集的特征子集，对基因分类模型进行训练，得到训练好的基因分类模型；基于待分类基因数据的特征子集，利用训练好的基因分类模型对待分类基因进行分类，得到待分类基因数据的标签。本发明采用基于多标签特征选择的基因分类方法，基于缺失数据完成多标签基因数据的特征选择，考虑基因标签和特征之间的所有依赖关系，并基于特征选择后的特征子集来完成基因分类，从而从根源上解决了现有的多标签基因分类准确性低的问题
基于标签特征选择基因分类方法系统设备

[发明专利]一种无选择标记的多基因复合性状基因工程猪的制备方法-CN201510697023.7在审
发明人：唐中林;李奎;周荣;刘志国;李素霞;杨亚岚 -专利权人：中国农业科学院北京畜牧兽医研究所
申请日： 2015-10-22 - 公布日： 2015-12-30 - 主分类号： C12N15/873 文献下载
摘要：本发明涉及转基因猪领域，特别涉及一种无选择标记的多基因复合性状基因工程猪的制备方法，包括以下步骤：以携带有无选择标记的sFat-1-2A-Fad-2基因片段的成纤维细胞作为供体，去核的成熟的猪卵母细胞作为受体，采用体细胞核移植的方法获得含有无选择标记的多基因复合性状基因的重构胚胎；进行体外培养后，移植到代孕的猪体内，猪分娩后，即得到无选择标记的多基因复合性状基因工程猪。该方法是将无选择标记的基因采取体细胞核移植的方法制备sFat1-2A-Fad2转基因猪，获得富含n-3不饱和脂肪的转基因猪，从而加快猪的肉质改良速度；并且转入的基因不带有选择标记基因，避免了选择标记基因带来的潜在危害
一种选择标记多基因复合性状基因工程制备方法

[发明专利]一种自动删除选择标记的转基因方法-CN202110499325.9在审
发明人：张越;李杨;李阳 -专利权人：武汉伯远生物科技有限公司
申请日： 2021-05-08 - 公布日： 2021-07-27 - 主分类号： C12N15/82 文献下载
摘要：本发明属于分子生物学技术领域，具体公开了一种自动删除选择标记的转基因方法。构建包含选择标记的自动删除选择标记的转基因载体，转化至植物中获得愈伤组织；所述选择标记基因可以正常表达，加入细胞分裂素后，诱导选择标记基因自动删除；所述自动删除选择标记的转基因载体的DNA序列按照“载体骨架‑‑‑loxP‑‑‑Arr5‑‑‑Cre‑‑‑选择标记‑‑‑loxP‑‑‑载体骨架”排列。本发明的转基因载体包含Cre/loxP重组系统，且选择标记、Arr5启动子基因和Cre基因位于两个loxP位点之间，Arr5启动子可启动Cre重组酶表达，进而诱导loxP重组反应以将两个loxP位点间的DNA序列删除，由此实现选择标记基因的删除，为转基因植物的安全性提供一条可能的技术途径。
一种自动删除选择标记转基因方法

[发明专利]一种基因组选择方法及其在同源多倍体物种的育种中的应用-CN202211494144.8在审
发明人：宋海亮;东天;胡红霞 -专利权人：北京市农林科学院
申请日： 2022-11-25 - 公布日： 2023-03-03 - 主分类号： G16B5/00 文献下载
摘要：本发明涉及生物信息学技术领域，尤其涉及一种基因组选择方法及其在同源多倍体的育种中的应用。包括：构建加性基因组亲缘关系矩阵；基于所述加性基因组亲缘关系矩阵构建基因组选择模型；根据所述基因组选择模型对物种个体的育种值进行估计；所述同源多倍体加性基因组亲缘关系矩阵中所用的基因型矩阵为多倍体基因型矩阵；所述多倍体基因型矩阵中基因型的值通过任意一种等位基因的拷贝数确定。本发明针对同源多倍体特征的物种，基于同源多倍体基因组亲缘关系矩阵，提出了一种基因组选择方法，可以准确地预测出同源多倍体物种个体基因组育种值，提升基因组选择准确性，在基因组选择育种的领域具有重要意义。
一种基因组选择方法及其同源多倍体物种育种中的应用

[发明专利]具有经修饰的转基因基因座的转基因作物植物的基因组编辑-CN202180057942.1在审
发明人：迈克尔·安德烈亚斯·考克;迈克尔·李·努奇奥;弗雷德里克·范·埃克斯;亚历山德拉·埃拉塔;丹尼尔·罗德里格斯·莱尔;约书亚·L·普莱斯 -专利权人：伊纳瑞农业技术有限公司
申请日： 2021-07-26 - 公布日： 2023-06-30 - 主分类号： A01H1/04 文献下载
摘要：提供了从转基因植物的转基因基因座选择性切除可选择标记基因和/或非必需DNA以及使用基因组编辑技术产生靶向遗传改变的方法。还提供了包含缺少该可选择标记和/或非必需DNA的转基因基因座的转基因植物，并且披露了此类方法和植物用于促进植物育种的用途。
具有修饰转基因基因作物植物基因组编辑

[发明专利]联合mRNA和microRNA表达谱芯片的肿瘤特征基因选择方法-CN201510627272.9在审
发明人：李小波 -专利权人：丽水学院
申请日： 2015-09-28 - 公布日： 2016-01-13 - 主分类号： G06F19/18 文献下载
摘要：本发明公开了一种联合mRNA和microRNA表达谱芯片的肿瘤特征基因选择方法，按照以下步骤具体实施：步骤1、通过mRNA和microRNA表达谱芯片检测到大量基因的表达值，采用过滤式特征基因选择方法对所有基因的相关性进行排序，去除大量的低相关度基因，留下少量与肿瘤分类密切相关的基因；步骤2、将采用过滤式特征基因选择方法获取的mRNA和microRNA特征基因进行合并，形成基因池U；步骤3、通过遗传算法，对基因池进一步选择基因，消除冗余基因，搜索获得一个最优特征的最优基因集S。
联合 mrna microrna 表达芯片肿瘤特征基因选择方法

[发明专利]一种无选择标记的植物转基因方法-CN00123382.3无效
发明人：安利佳;张苓花;袁晓东;王运吉 -专利权人：大连理工大学;大连轻工业学院
申请日： 2000-12-08 - 公布日： 2002-07-03 - 主分类号： C12N15/29 文献下载
摘要：本发明是一种无选择标记的植物转基因方法,所构建的转化DNA片段中没有选择标记基因,通过设置在转化DNA片段两端的植物核DNA的保守序列与植物核DNA之间的同源交换重组实现基因转化。这种方法能够提高转化效率转化受体植株中没有选择标记基因,解除了选择标记基因对转基因植物和转基因食品的影响。本发明适合于可通过花粉管通道介导转化的植物,对转化的外源基因也没有特别的限制。
一种选择标记植物转基因方法

[发明专利]一种去除转基因植物中选择标记的方法及其专用载体-CN200510115092.9无效
发明人：陈蕾;徐建勇 -专利权人：北京北方杰士生物科技有限责任公司
申请日： 2005-11-28 - 公布日： 2006-06-28 - 主分类号： C12N15/65 文献下载
摘要：本发明公开了一种去除转基因植物选择标记的方法及其专用载体。本发明去除转基因植物选择标记的载体含有选择标记基因，其中该选择标记基因的两侧分别连接有一段相同的同向重复序列。本发明利用同源重组的原理去除转基因植物选择标记，不仅周期短，而且能在树木等无法进行有性繁殖的植物中应用。
一种去除转基因植物选择标记方法及其专用载体

[发明专利]基因组改造方法及基因组改造试剂盒-CN202180026858.3在审
发明人：相泽康则;大野知幸 -专利权人：株式会社标志融合;国立大学法人东京工业大学
申请日： 2021-04-05 - 公布日： 2022-12-30 - 主分类号： C12N15/09 文献下载
摘要：本发明提供能够高效地改造2个以上等位基因、并且能够改造较大的区域的基因组改造方法及上述基因组改造试剂盒。一种改造染色体基因组的2个以上等位基因的基因组改造方法，其包括：(a)将下述(i)和(ii)导入包含上述染色体的细胞的步骤，(i)基因组改造系统，其包含以上述染色体基因组的靶区域为靶标的序列特异性核酸切割分子或编码上述序列特异性核酸切割分子的多核苷酸，(ii)具有相互不同的选择标记基因的2种以上选择标记用供体DNA(上述选择标记用供体DNA的种类数大于等于作为基因组改造对象的上述等位基因的数量)；以及(b)基于上述2种以上选择标记用供体DNA所具有的全部选择标记基因选择出上述细胞的步骤
基因组改造方法试剂盒

[发明专利]一种转座因子载体及获得其无选择标记转基因后代的方法-CN202011464276.7在审
发明人：瞿绍洪;李莘;潘龙玉;毕冬玲;李利华;田旭丹;王岚岚;龙文莉;许赵蒙;刘中来;赵建华;邹小维;高晓庆;杨海河;曲海艳 -专利权人：浙江省农业科学院
申请日： 2020-12-14 - 公布日： 2021-03-12 - 主分类号： C12N15/82 文献下载
摘要：本发明涉及一种转座因子载体及获得其无选择标记转基因后代的方法，该载体通过以下步骤构建：1)将绿色荧光蛋白基因(GFP)、红色荧光蛋白基因(mCherry)潮霉素抗性选择标记基因(HPT)、来源于玉米的Ac转座酶基因(AcTPase)和Ds转座因子串联组装在一起，构建转座因子载体pBDL11，其中Ds因子不带有任何选择标记，并且预先在其内部设计一个AscI单酶切位点；2)构建一个在多克隆位点两侧均含有AscI酶切位点的中间载体pBDL11，以组装任意目的基因，然后将目的基因切下并克隆到Ds因子内部。本发明把基于GFP、mCherry双荧光标记的负选择技术与基于PCR的正选择技术相结合，在转基因后代依次淘汰含有T‑DNA的个体和选择含有目的基因的无选择标记个体，从而提高转基因后代的筛选效率。
一种因子载体获得选择标记转基因后代方法

[发明专利]一种转座因子载体及其转基因后代的筛选方法-CN201310286311.4无效
发明人：瞿绍洪;赵建华;李军;周洁;汪得凯;陶跃之 -专利权人：浙江省农业科学院
申请日： 2013-07-09 - 公布日： 2013-10-16 - 主分类号： C12N15/84 文献下载
摘要：本发明涉及一种产生无选择标记转基因植物的转座因子载体及其转基因后代的筛选方法，该载体通过以下步骤构建：1）将绿色荧光蛋白基因(GFP)、潮霉素抗性选择标记基因(HPT)、来源于玉米的Ac转座酶基因（AcTPase）和Ds转座因子串联组装在一起，构建转座因子载体pLJ26，其中Ds因子不带有任何选择标记，并且预先在其内部设计一个AscI单酶切位点；2）构建一个在多克隆位点两侧均含有AscI酶切位点的中间载体pLJ16，以组装任意目的基因，然后将目的基因切下并克隆到Ds因子内部。本发明把基于GFP荧光标记的负选择技术与基于PCR的正选择技术相结合，在转基因后代依次淘汰含有T-DNA的个体和选择含有目的基因的无选择标记个体，从而提高转基因后代的筛选效率。
一种因子载体及其转基因后代筛选方法

[发明专利]一种基于snakemake流程的正选择基因的检测方法和系统-CN202110223562.2有效
发明人：安冬;肖云平;史贤俊;林博;刘钰钏;顾胤聪;鲍志贵;范旭蕾 -专利权人：上海欧易生物医学科技有限公司
申请日： 2021-03-01 - 公布日： 2022-08-23 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于snakemake流程的正选择基因的检测方法，能够高效快速鉴定目标物种受正选择基因，为解析物种环境适应性的分子机制、物种演化提供分子依据。本发明还公开了一种实现上述方法的检测系统，所述检测系统具体包括：序列提取模块、基因家族聚类模块、多序列比对模块、基因树构建模块、基因树标记模块、正选择筛选模块。本发明基于snakemake流程的正选择基因的检测方法和检测系统可以高效鉴定目标物种在进化过程中受正选择的基因，对于研究物种对环境适应等演化机制的研究有重要意义。本发明还提出了一种基于snakemake流程的正选择基因的检测系统。
一种基于 snakemake 流程选择基因检测方法系统

[发明专利]一种基于多层感知机的颅内动脉瘤破裂关键基因筛选方法-CN202211131995.6有效
发明人：王培培;叶明全;黎青青;梅雅欣;周运锋;袁金龙 -专利权人：皖南医学院
申请日： 2022-09-16 - 公布日： 2023-05-09 - 主分类号： G16B40/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于多层感知机的颅内动脉瘤破裂关键基因筛选方法，包括以下步骤：步骤S1、利用基于快速关联的过滤算法对颅内动脉瘤破裂的原始基因数据集进行初次特征选择得到候选基因子集和非候选基因子集，基于候选基因子集的模型分类准确度和基因重要性在非候选基因子集中向候选基因子集中进行关键基因的补充；步骤S2、利用基于多层感知机分类器封装式特征选择方法，引入粒子群搜索策略及建立动态适应度函数进行二次特征选择得到最优基因子集。本发明基于多层感知机的过滤‑封装式组合基因选择方法，由于采用快速关联的过滤算法过滤式基因选择法，能够快速去除冗余基因，可以显著降低后续基因子集筛选的计算复杂度。
一种基于多层感知动脉瘤破裂关键基因筛选方法

[发明专利]一种基于人工智能的颅内动脉瘤破裂风险基因筛选方法-CN202310261070.1在审
发明人：叶明全;熊月玲;王培培;黎青青;卢小杰;王家琦;黄道斌 -专利权人：皖南医学院
申请日： 2023-03-17 - 公布日： 2023-07-04 - 主分类号： G16B40/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于人工智能的颅内动脉瘤破裂风险基因筛选方法，包括以下步骤：对颅内动脉瘤原始数据集进行数据预处理；对标准化数据集进行初步特征选择得到候选基因子集；对候选基因子集进行二次特征选择得到最优风险基因子集；构建多个分类模型，并基于最优风险基因子集进行评估。本发明初步特征选择有效剔除相关度低和冗余性高的非候选基因，获得候选基因子集，为后续的基因寻优降低计算复杂度；采用二次特征选择对候选基因子集再次寻优，选择对预测颅内动脉瘤破裂状态数据贡献度高于一定标准的基因，分类性能、分类准确率更高，分类评估过程采用不同的评价标准对关键基因进行评估，从而验证特征选择方法的有效性。
一种基于人工智能动脉瘤破裂风险基因筛选方法

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