本发明公开了与蛇瓜果实长度基因紧密连锁的InDel分子标记的应用及其引物组合物。本发明属于生物技术领域,具体涉及与蛇瓜果实长度基因紧密连锁的InDel分子标记的应用及其引物组合物。本发明首先提供了InDel分子标记或检测InDel分子标记的物质的应用,InDel分子标记是一条链的核苷酸序列是SEQ ID No.2的第41‑55位的双链DNA分子;利用此InDel分子标记或检测InDel分子标记的物质可鉴定或辅助鉴定蛇瓜果实长度,也可在蛇瓜育种中应用。该分子标记可作为初步鉴定蛇瓜果实长度的依据,具有操作简单、成本低和耗时短等高效性和适用性,为蛇瓜果实长度长的蛇瓜新品种提供高效选育方法。