[发明专利]基于菘蓝全基因组开发的SSR引物组及其应用

说明书

本发明公开了一种基于菘蓝全基因组开发的SSR引物组及其应用。本发明属于生物检测领域，具体涉及一种基于菘蓝全基因组开发的SSR引物组及其应用。本发明提供的菘蓝的SSR分子标记引物组合物，包括8对引物中的至少1对，8对引物名称为SSRSL01、SSRSL02、SSRSL03、SSRSL04、SSRSL05、SSRSL06、SSRSL07和SSRSL08，8对引物的核苷酸序列如SEQ ID No.1‑SEQ ID No.16所示。本研究利用SSR标记检测了不同菘蓝品种的遗传多样性，可以有效区分菘蓝不同栽培类型的差距，实验结果精确、可靠，可用于菘蓝栽培类型的鉴定、遗传多样性分析及良种选育等方面。

技术领域

本发明属于生物检测领域，具体涉及一种基于菘蓝全基因组开发的SSR引物组及其应用。

背景技术

简单重复序列(Simple Sequence Repeat,SSR)，其特征是一个串联重复的短(核苷酸数目为1-6)DNA序列，其广泛分布于真核生物整个基因组中。由于6种核苷酸以不同顺序及次数组成重复基序，因此其具有重复性、多态性、丰富性、共显性等特点，成为遗传分析中一种常见的分子标记技术，在植物的品种鉴定、遗传图谱构建等方面有广泛应用。

菘蓝(Isatis indigotica Fort.)是十字花科菘蓝属，二年生草本植物。《中国药典》规定菘蓝为药材板蓝根和大青叶的基原植物。板蓝根性苦寒，具有清热解毒，凉血利咽等功效。药理研究表明，其具有抗菌、抗病毒、抗炎、免疫增强、抗肿瘤等多种药理活性。特别是抗病毒方面，其对于对于临床病毒性流感、腮腺炎、病毒性肝炎等多种疾病，运用十分广泛。《中国植物志》记载菘蓝原产我国，目前全国各地均有栽培。

开发一套高效的SSR分子标记引物组，可用于菘蓝栽培类型的鉴定、遗传多样性分析及良种选育等方面。

发明内容

本发明所要解决的主要问题是如何鉴定菘蓝栽培类型及进行遗传多样性分析及良种选育。

为了解决上述技术问题，本发明提供了一种基于菘蓝全基因组序列开发的SSR分子标记引物组。

本发明提供的基于菘蓝全基因组序列开发的SSR分子标记引物组包括8对引物中的至少1对，所述8对引物名称为SSRSL01、SSRSL02、SSRSL03、SSRSL04、SSRSL05、SSRSL06、SSRSL07和SSRSL08，所述8对引物的核苷酸序列如SEQ ID No.1-SEQ IDNo.16所示。

所述组合物为基于菘蓝全基因组序列开发的SSR分子标记组合物。

本发明还提供了一种试剂盒，所述试剂盒包含上文所述的SSR分子标记引物合物。

本发明还提供了一种DNA芯片，所述DNA芯片包含上文所述的SSR分子标记引物合物。

本发明还提供了上文所述SSR分子标记引物合物，和/或，所述试剂盒，和/或，所述DNA芯片在下述任一种中的应用：

A1)在菘蓝遗传多样性分析中的应用；

A2)在菘蓝品种多样性分析中的应用；

A3)在菘蓝亲缘关系分析中的应用；

A4)在菘蓝品种鉴定中的应用；

A5)在构建菘蓝遗传图谱或DNA指纹图谱中的应用；

A6)在菘蓝种质资源改良中的应用；

A7)在菘蓝基因定位或功能基因挖掘中的应用；

A8)在菘蓝分子标记辅助育种中的应用。

本发明还提供了一种上文所述SSR分子标记引物组的筛选方法，所述方法包括如下步骤：

B1)对菘蓝种质资源材料进行基因组测序；