本发明公开了鉴定3种益母草属植物的分子标记、引物及其应用,属于植物分子鉴定技术领域。本发明分子标记包括分子标记1和/或分子标记2;分子标记1包括SEQ ID NO:1所示核苷酸序列,分别包括6个SNP位点;分子标记2包括SEQ ID NO:2所示核苷酸序列,其中包括10个SNP位点和2个InDel位点。分子标记引物包括分子标记引物3、4、5、6;其中分子标记引物3包括SEQ ID NO:3所示核苷酸序列,分子标记引物4包括SEQ ID NO:4所示核苷酸序列,分子标记引物5包括SEQ ID NO:5所示核苷酸序列,分子标记引物6包括SEQ ID NO:6所示核苷酸序列。利用本发明分子标记能够有效鉴定益母草、欧益母草和细叶益母草,进而避免三者混淆,保证用药的安全性、有效性。