[发明专利]鉴定鸭血糯的特异INDEL分子标记组合、其开发方法、相关试剂盒和应用

权利要求书

1.鉴定鸭血糯的特异INDEL分子标记组合，其特征在于，包括24对引物对，24对所述引物对的核苷酸序列分别如SEQ ID NO:1～SEQ ID NO:48所示。

2.一种如权利要求1所述的鉴定鸭血糯的特异INDEL分子标记组合的开发方法，其特征在于，包括以下步骤：

(1)采用全基因组重测序方式对包括鸭血糯在内的多个水稻品种进行重测序，寻找所述鸭血糯的基因组特异性序列缺失多态性位点；

(2)基于所述基因组特异性序列缺失多态性位点，参考水稻日本晴基因组序列，分别在水稻的12条染色体上各选择若干个所述基因组特异性序列缺失多态性位点，根据选择的每个所述基因组特异性序列缺失多态性位点分别设计一对引物对；

(3)用所述引物对对包括所述鸭血糯在内的两个以上糯稻品种进行PCR检测，验证能够特异性区分所述鸭血糯和其它所述糯稻品种的所述引物对，将能够特异性区分所述鸭血糯和其它所述糯稻品种的所述引物对作为所述的鉴定鸭血糯的特异INDEL分子标记组合。

3.如权利要求2所述的鉴定鸭血糯的特异INDEL分子标记组合的开发方法，其特征在于，在所述步骤(1)中，所述水稻品种的数目为114份，114份所述水稻品种的名称如表1所示。

4.如权利要求2所述的鉴定鸭血糯的特异INDEL分子标记组合的开发方法，其特征在于，在所述步骤(2)中，在每条所述染色体上各选择两个所述基因组特异性序列缺失多态性位点。

5.如权利要求2所述的鉴定鸭血糯的特异INDEL分子标记组合的开发方法，其特征在于，在所述步骤(3)中，所述糯稻品种的数目为21份，21份所述糯稻品种分别为鸭血糯、薄稻(糯)、白壳糯1、红壳糯1、花壳糯、紫壳糯、红芒糯1、香粳糯1、香芝糯、香珠糯2、香糯稻、香饭稻(糯)、金坛糯1、槐花糯、洋糯稻2、细柴糯1、麻筋糯、红麻筋糯、燕子糯、江西糯和苏御糯。

6.一种鸭血糯鉴定试剂盒，其特征在于，包括如权利要求1所述的鉴定鸭血糯的特异INDEL分子标记组合。

7.一种采用如权利要求1所述的鉴定鸭血糯的特异INDEL分子标记组合鉴定鸭血糯的检测方法，其特征在于，包括以下步骤：

1)提取待鉴别水稻品种的基因组DNA；

2)采用如权利要求1所述的鉴定鸭血糯的特异INDEL分子标记组合对所述的待鉴别水稻品种的基因组DNA和作为对照的鸭血糯的基因组DNA进行PCR扩增，获得扩增产物；

3)对所述扩增产物进行凝胶电泳，如果所述的待鉴别水稻品种的基因组DNA的所述扩增产物与所述的鸭血糯的基因组DNA的所述扩增产物均相同，则所述的待鉴别水稻品种为鸭血糯。

8.如权利要求7所述的检测方法，其特征在于，所述PCR扩增的退火温度为52℃～55℃，所述PCR扩增的退火时间为15s。

9.如权利要求8所述的检测方法，其特征在于，所述的PCR扩增的退火温度为55℃。

10.如权利要求1所述的鉴定鸭血糯的特异INDEL分子标记组合在鉴定鸭血糯中的应用。