[发明专利]一种用于检测玉米茎腐病抗性基因ZmCCT的分子标记及其应用

说明书

本发明公开了一种用于检测玉米茎腐病抗性基因ZmCCT的分子标记及其应用，所述分子标记连锁位置为玉米参考基因组Maize B73genome sequences AGPv4第10号染色体第94435769bp‑94440892bp位的插入或缺失。本发明利用与玉米茎腐病抗性连锁的特异性分子标记，并结合KASP检测技术，无需琼脂糖凝胶电泳，可快速、准确、高效、高通量的鉴定玉米茎腐病抗性材料，加快玉米茎腐病抗性新品种的选育进程。

技术领域

本发明属于农业分子生物学领域，具体涉及一种用于检测玉米茎腐病抗性基因ZmCCT的分子标记及其应用。

背景技术

玉米茎腐病是由多种病原菌引起的一类病害，严重影响玉米的生产。全球有多达20种真菌或细菌可侵染玉米诱发茎腐病，分为5种类型，包括腐霉菌、赤霉菌、镰刀菌、炭疽菌和细菌。玉米茎腐病主要以腐霉菌和镰刀菌为主，其中镰刀菌是茎腐病的主要病原菌，而镰刀菌中以禾谷镰刀菌、层出镰刀菌和轮枝镰刀菌危害最为严重。病原菌主要侵染玉米根系及茎基部，造成茎基部腐烂，影响玉米的正常生长，最终导致产量降低。茎腐病发展迅速，危害严重，玉米一旦感染，轻者产量降低10％-30％，严重时可达50％以上。目前，生产上常用化学药剂进行茎腐病的防治，农药的大量使用不仅污染环境，还会造成病原菌的抗药性，增加茎腐病的防治难度。

相比化学药剂防治，培育玉米抗茎腐病品种具有安全、环保等特点，在茎腐病防治方面具有突出优势。近年来，相关技术已克隆或定位出多个与茎腐病抗性相关的基因，为玉米抗茎腐病品种的选育提供了理论基础。玉米茎腐病的抗性鉴定需要人为接种病菌，易受环境影响，测定数据可能出现偏差。目前，可用于玉米茎腐病抗性品种选育的分子标记较少，并且这些分子标记需要繁琐的凝胶电泳检测，自动化程度低通量小，大大限制了玉米茎腐病抗性品种的选育进程。因此，开发玉米茎腐病抗性连锁KASP分子标记，可快速高通量的筛选抗病材料，加快新品种的选育进程，对减少玉米茎腐病带来的产量损失具有重要意义。

发明内容

本发明旨在至少解决上述现有技术中存在的技术问题之一。为此，本发明提出一种用于检测玉米茎腐病抗性基因ZmCCT的分子标记。

本发明还提出用于检测上述分子标记的引物组。

本发明还提出一种试剂盒。

本发明还提出一种基因芯片。

本发明还提出上述分子标记、引物组、试剂盒和/或基因芯片的应用。

本发明还提出上述分子标记的检测方法。

根据本发明的第一方面实施方式的一种用于检测玉米茎腐病抗性基因ZmCCT的分子标记，所述分子标记连锁位置为玉米参考基因组Maize B73genome sequences AGPv4第10号染色体第94435769bp-94440892bp位的插入或缺失。

在本发明的一些实施方式中，所述分子标记的序列如SEQ ID NO.4所示。

根据本发明第二方面实施方式的用于扩增上述分子标记的引物组，所述引物组包括特异性引物和通用引物，其中，所述特异性引物序列包括Primer X和Primer Y。

在本发明的一些实施方式中，所述特异性引物包括如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列。

在本发明的一些实施方式中，所述分子标记还包括核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示的通用引物序列。

在本发明的一些实施方式中，所述特异性引物分别连接FAM和HEX荧光接头序列。

根据本发明第三方面实施方式，提供了一种试剂盒，所述试剂盒包括上述引物组。

根据本发明第四方面实施方式，提供了一种基因芯片，所述基因芯片包括上述引物组。