[发明专利]高粱SbDW3基因的SNP分子标记及应用

说明书

本发明公开了高粱SbDW3基因的SNP分子标记及应用。本发明涉及分子生物技术领域中一种与高粱耐盐碱性状地上部分干重相关的分子标记及其应用，具体涉及高粱SbDW3基因的SNP分子标记及其应用。通过检测SNP1和SNP2这两个SNP的多态性或基因型或检测高粱单倍体发现，含有单倍型SbDW3‑Hap2的高粱品种地上部分干重高于其他单倍型。81.11％的单倍型SbDW3‑Hap2(TT)所对应的纯合基因型高粱中地上部分干重均高于0.12kg。表明SbDW3‑Hap2单倍型分子标记可用于高粱分子标记辅助选择育种，显著提高高粱高地上部分干重品种的选择效率。

技术领域

本发明涉及分子生物技术领域中一种与高粱地上部分干重相关的分子标记及其应用，具体涉及高粱SbDW3基因的SNP分子标记及其应用。

背景技术

分子标记辅助选择技术(Marker-assisted Selection，MAS)是分子生物学和常规育种相结合的新型育种模式，其中KASP(Kompetitive Allele-Specific PCR，竞争性等位基因特异性PCR)通过荧光探针特异性识别基因位点达到基因分型的效果，可用于检测SNP位点和InDel位点。与SSR、RFLP、InDel等分子标记相比，KASP标记具有检测快速，成本低，易于规模化应用等特点，从而弥补传统育种中出现的诸多弊端，是解决植物品种选育难这一问题的有效途径。其中，利用高通量分子检测平台进行分子标记辅助选择则是增加育种准确度与提高育种效率的有效手段。

高粱(Sorghum bicolor)又叫蜀黍，为禾本科高粱属一年生草本植物，是世界五大谷物作物之一，属于C4作物，广泛种植于干旱、半干旱热带、亚热带和温带地区。全球范围内，高粱被用于动物饲料、饲料以及糖浆和生物乙醇等高价值产品。由于具有耐旱、耐涝和耐盐碱等特性，它在限制其他谷物种植的环境条件下成为高产作物，同时也是食物、饲料和酿造原料的重要来源，有望成为一种有前途的生物能源作物。研究调控地上部分干重的基因，获得与地上部分干重基因紧密连锁的KASP分子标记，对高粱地上部分干重主效基因位点进行定位和检测，有效调控高粱的地上部分干重类型，选育预期地上部分干重类型的高粱新品种，对提高高粱产量具有极其重大的意义。

发明内容

本发明所要解决的技术问题是如何鉴定或辅助鉴定高粱的地上部分干重性状和/或如何进行高粱育种。

为解决上述技术问题，本发明首先提供了检测高粱地上部分干重分子标记的物质在检测或辅助检测高粱地上部分干重性状中的应用，所述应用为下述P1或P2：

所述P1为检测SNP1和SNP2这两个SNP的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定高粱地上部分干重中的应用。所述SNP1是高粱基因组的一个SNP，为序列表中SEQ ID No.1的第1020位核苷酸，其为T或A，SNP1位点由T突变为A，致使第26位氨基酸由谷氨酰胺(Q)突变为组氨酸(H)；所述SNP2是高粱基因组的一个SNP，为序列表中SEQ ID No.1的第1021位核苷酸，其为T或A，SNP2位点由T突变为A，致使第26位氨基酸由谷氨酰胺(Q)突变为组氨酸(H)。

所述P2为检测单倍型的物质在鉴定或辅助鉴定高粱地上部分干重中的应用，所述单倍型是高粱一条染色体上所述SNP1和所述SNP2这两个SNP的多态性组合。

上述SNP1、SNP2三个单核苷酸多态性位点位于高粱基因组(BTx623(v3.1)高粱基因组序列信息)第1号染色体上的SbDW3基因中，所述SbDW3基因位于高粱第1号染色体第11339409-11340551位，与高粱地上部分干重相关，其核苷酸序列为序列表中SEQ ID No.1所示DNA分子。

为了解决上述技术问题，本发明还提供了一种应用，所述应用为Q1和Q2：