[发明专利]一组鸭茅cpSSR标记引物及其应用

说明书

本发明公开了一组鸭茅cpSSR标记引物及其应用。该标记引物包括4对多态性引物，其核苷酸序列分别如SEQ ID NO.1和2、SEQ ID NO.3和4、SEQ ID NO.5和6、SEQ ID NO.7和8所示。本发明提供的标记引物填补了鸭茅cpSSR标记信息的空白，能够应用在鸭茅亚种群体结构和物种鉴定上，为鸭茅亚种的区分鉴定提供便利，为鸭茅的遗传多样性评价、种质鉴定及分子标记辅助育种等研究奠定了基础。

技术领域

本发明涉及植物生物技术领域，具体涉及一组鸭茅cpSSR标记引物及其应用。

背景技术

鸭茅(Dactylis glomerata L.)又名果园草(Orchardgrass)，属禾本科早熟禾亚科鸭茅属，具有叶多高产、耐阴性强、适口性好、营养价值高等优点，表现出良好的饲用价值和生态价值。作为一种高度变异的牧草，该属包含许多亚种，依据倍性水平可以把鸭茅属主要分为三大类：二倍体(2n＝2x＝14)，四倍体(2n＝2x＝28)和六倍体(2n＝2x＝42)。由于鸭茅亚种种类繁多，缺乏分类学上的诊断特征且亚种间高度的形态相似性，使得该属的分类变得困难。虽然以往的研究试图在细胞学和遗传学水平上对鸭茅属进行分类，但仍然缺乏对其亚种分类的统一标准，该属的分类识别与鉴定一直是植物分类学家面临的重大挑战与难题。因此，精准、快速、高效地识别鸭茅亚种，不仅是植物分类学家的迫切需要，而且对更好地开发和利用鸭茅资源，为进一步研究该属的分类具有重要意义。

叶绿体微卫星技术是近年来发展起来的一种新型高效的分子标记技术，既具有叶绿体基因组分子量小、多拷贝、结构简单、母性遗传等特点，又具有微卫星共显性、高多态性、操作简单、分布广泛等优点。由于具有SSR(微卫星序列)标记的优点又兼顾到叶绿体基因组的特点，所以cpSSR(叶绿体微卫星序列)可用于鉴定种以及亲缘关系很近的种，描述区域及个体水平的遗传差异。然而，目前有关鸭茅分子鉴定技术的研究，一般采用鸭茅的核基因组信息，但是采用叶绿体SSR标记鉴定鸭茅亚种的方法还未见报道，严重限制了鸭茅属分子鉴定技术的进一步发展。因此，基于鸭茅的叶绿体基因组数据，鉴定并开发SSR标记，筛选能够用于鸭茅属分子鉴定用的叶绿体SSR标记，对于推动鸭茅亚种的分类鉴定十分必要；基于cpSSR分子标记构建鸭茅指纹图谱，为品种保护提供参考。

发明内容

本发明的目的是提供一组用于区分鸭茅亚种的鸭茅cpSSR标记引物，可以填补鸭茅cpSSR标记信息的空白，还能用于鉴定鸭茅亚种群体结构和物种。

为了达到上述目的，本发明提供了一组鸭茅cpSSR标记引物，包含4对多态性标记引物，其引物的核苷酸序列如下所示：

cpSSR1正向引物如SEQ ID NO.1所示；

cpSSR1反向引物如SEQ ID NO.2所示；

cpSSR2正向引物如SEQ ID NO.3所示；

cpSSR2反向引物如SEQ ID NO.4所示；

cpSSR3正向引物如SEQ ID NO.5所示；

cpSSR3反向引物如SEQ ID NO.6所示；

cpSSR4正向引物如SEQ ID NO.7所示；

cpSSR4反向引物如SEQ ID NO.8所示。

本发明还提供了一种含有上述鸭茅cpSSR标记引物的试剂盒。

本发明还提供了一种上述鸭茅cpSSR标记引物的制备方法，包含如下步骤：

1)提取鸭茅的叶绿体DNA；

2)对步骤1)中得到的叶绿体DNA进行高通量Illumina测序；

3)使用fastp软件对步骤2)中测序所得的原始数据进行过滤；