[发明专利]猪肌内脂肪含量性状相关的ADIG基因单倍型变异遗传标记及应用

说明书

本发明公开一种猪肌内脂肪含量性状相关的ADIG基因单倍型变异遗传标记，利用现有的PCR和测序技术，在ADIG基因第四外显子上251bp处存在一个GA碱基突变(即等位基因突变)，在426bp处存在一个GA碱基突变(即等位基因突变)，两个突变紧密连锁，且发现此多态位点与猪肌内脂肪含量性状显著相关，为猪肌内脂肪含量性状的遗传标记辅助育种提供了一个新的单倍型遗传标记，对猪生长性状和肉质性状的研究有一定帮助。

技术领域

本发明属于家畜遗传标记筛选技术领域，具体涉及一种猪ADIG基因第四外显子变异作为肌内脂肪含量性状的遗传标记及应用。

背景技术

猪肉消费长期占我国肉类消费的60％左右，是城乡居民不可或缺的“肉盘子”产品。当前，随着社会经济发展和人民生活水平的不断提高，猪肉消费已由满足量的需求逐步转为量与质并举的多元化、优质化转变。因此，猪肉品质遗传改良已越来越被重视。肌内脂肪含量(Intramuscular Fat,IMF) 是影响肉品质性状的一项重要指标，它与猪肉的嫩度、风味、多汁性存在显著相关(Lu et al.2008)。然而，猪肉质性状较难活体测量，很难用常规育种技术进行遗传改良，因此寻找控制猪肉质性状(尤其是IMF)的关键分子遗传标记，应用于该性状的分子辅助育种，对提高猪肉品质性能具有重要意义。

脂肪生成素(Adipogenin,ADIG)是一种在脂肪组织中分泌的核蛋白因子，其在调控脂肪生理功能方面起着重要作用。它仅在脂肪细胞中表达，而不在基质血管细胞群中表达(Kim et al.,2005)。Liu等(2017)通过对牛肌卫星细胞的诱导分化发现，ADIG基因过表达可以促进肌卫星细胞转分化并增加其脂肪的积累。Zhang等(2021)在对云岭牛背最长肌的转录组分析中也发现，ADIG基因在脂肪细胞质膜中特异性表达，可以调节脂肪组织的分化与增殖。ADIG基因在体外的过表达会促进脂肪堆积，相反，敲减ADIG 基因则会抑制脂肪生成。然而，还未见有关猪ADIG基因对脂肪细胞的影响报道。

申请人前期利用RNA-seq技术对比分析了猪高低IMF极端个体背最长肌组织基因表达差异情况，发现ADIG基因在高低IMF个体背肌组织中显著差异表达。因此，申请人扩增了猪ADIG基因的部分核苷酸序列，利用该序列进行了遗传变异位点的筛选鉴定及与IMF性状的关联分析研究，以期获得与猪IMF性状相关的新分子育种标记。

发明内容

本发明的目的在于扩增猪ADIG基因的部分核苷酸序列，以寻找该序列突变位点多态性，获得一种与猪肌内脂肪含量性状相关的遗传标记，并利用该遗传标记辅助选择目标性状的猪，提高育种效率。

本发明通过以下技术方案实现：

第一方面，本发明获得了一种猪肌内脂肪含量性状相关基因ADIG的单倍型遗传标记，它是含猪ADIG基因第四外显子的DNA片段，其核苷酸序列如序列表SEQ ID NO：1(长度为685bp)和SEQ ID NO：2(长度为 685bp)所示。在SEQ ID NO：1和第SEQ ID NO：2第251碱基处存在一个GA碱基突变(如图3所示)，在该序列第426碱基处存在一个GA碱基突变(如图4所示)。

第二方面，本发明还提供了一种用于获得上述遗传标记的引物对，该引物对为：

正向引物：5’-CCCCTTTCATCTCACAAC-3’(SEQ ID NO：3)

负向引物：5’-ACAATCTACCCAGGCTCT-3’(SEQ ID NO：4)。

第三方面，本发明还提供了一种上述遗传标记的获得方法，以硒都黑猪基因组DNA混合池为模板，采用以下引物对：

正向引物：5’-CCCCTTTCATCTCACAAC-3’(SEQ ID NO：3)

负向引物：5’-ACAATCTACCCAGGCTCT-3’(SEQ ID NO：4)