[发明专利]一种棕点石斑鱼微卫星标记及其引物

说明书

本发明公开了一种棕点石斑鱼微卫星标记及其引物。本发明利用棕点石斑鱼基因组数据，多重筛选和验证，获得8个SSR标记，其核苷酸序列分别如SEQ ID NO.1～8所示。本发明所述SSR标记，该标记具有多态性好、杂合度高的特点；其检测引物具有扩增稳定、重复性好的特点。本发明的SSR标记引物与方法可用于棕点石斑鱼人工养殖群体、增殖放流群体、野生群体的种群遗传多样性分析，在棕点石斑鱼人工养殖和增殖放流方面具有应用前景。

技术领域

本发明涉及生物技术领域，尤其涉及一种棕点石斑鱼微卫星标记及其引物。

背景技术

棕点石斑鱼(Epinephelus fuscoguttatus)，俗名“老虎斑”，隶属鲈形目(Perciformes)、鮨科(Serranidae)、石斑鱼属(Epinephelus)。栖息深度1-60米，体长可达120厘米，属于暖水性近岸及珊瑚礁鱼类，生活在水质清澈的珊瑚礁、潟湖，肉食性，以鱼类、头足类、甲壳类为食。棕点石斑鱼具有富含营养、肉质鲜美、低脂肪、高蛋白等特点，是高档筵席必备之上等食用鱼。其价格昂贵，具有很高的经济价值，是我国沿海地区重要的养殖鱼类，并其在中国和东南亚国家得到了广泛养殖。除此以外，棕点石斑鱼自然数量稀少，近些年来高强度的捕捞压力已经使其资源处于枯竭状态，需要将人工增殖培育的棕点石斑鱼幼苗投放到放流海域，以恢复或增加天然种群数量。人工增养殖虽然经济效益巨大，通过增殖放流可以显著提高放流海域的生物量和种群规模，但存在遗传多样性不断下降，种质资源严重退化的问题。因此，亟需通过分子生物学等技术，对棕点石斑鱼养殖群体、放流群体和自然群体等的种群遗传多样性进行评估。

遗传分子标记中，现今使用较频繁的是序列分子标记、简单序列重复(SSR)和单核苷酸多态性(SNP)三种标记，每种分子标记都有各自的优缺点。SSR(Simple SequenceRepeats)标记是近年来发展起来的一种以特异引物PCR为基础的分子标记技术，也称为微卫星DNA(Microsatellite DNA)，是一类由几个核苷酸(一般为1～6个)为重复单位组成的长达几十个核苷酸的串联重复序列。微卫星在染色体上呈随机分布，以多拷贝方式均匀分布在真核生物的基因组中，其多态性是由重复次数不同及重复程度的不完全造成。对于已知的一条微卫星DNA序列，由于其重复序列区具有相当高的突变率(每世代10²-10⁶次的突变)，从而产生了高水平的等位基因多态性，而位于重复区两端的侧翼区序列则相对保守。因此，利用侧翼区序列就可以设计出特异引物对该位点进行扩增，从而用于相关的多态性研究。

SSR分子标记的开发方法包括：基因组酶切杂交法、随机扩增杂交法、锚定PCR扩增法、富集文库分离法、基于AFLP的SSR快速分离法和基于转录组测序的EST-SSR法。目前使用最广泛的是高通量、操作简便的EST-SSR法。然而，由于EST-SSR法所获得的SSR标签位于转录区域，是基因组上SSR密度较低的区域，且可能与性状关联发生正选择，并不能完全准确反映中性的种群基因流动情况。本发明的目的在于开发一套基于基因组的SSR标记技术，可用于棕点石斑鱼人工养殖群体、增殖放流群体、野生群体的种群遗传多样性分析，在棕点石斑鱼人工养殖和增殖放流方面具有应用价值。

发明内容

有鉴于此，本发明提供了一种棕点石斑鱼微卫星标记及其引物。该标记多态性强、杂合度高，可用于棕点石斑鱼人工养殖群体、增殖放流群体、野生群体的种群遗传多样性分析。

本发明的第一个目的在于提供一种高效评估棕点石斑鱼种群遗传多样性的SSR标记，包括如下分子标记中的至少一种：EFDSSR-01、EFDSSR-02、EFDSSR-03、EFDSSR-04、EFDSSR-05、EFDSSR-06、EFDSSR-07、EFDSSR-08；

其中，所述EFDSSR-01～EFDSSR-08的核苷酸序列依次如SEQ ID NO.1～8所示。

实验表明，本发明提供的以上标记多态性强、杂合度高。