[发明专利]一种校正海洋微生物样本核酸提取损失的方法

权利要求书

1.一种校正海洋微生物样本核酸提取损失的方法，其特征在于：包括以下步骤：

(1)利用淡水藻类的基因组DNA作为标准品；

(2)在淡水藻类的rDNA上设计一对特异性引物和一条探针；

(3)计算所设计的引物与探针的扩增效率；

(4)计算该标准品与海洋微生物共提取过程中的基因组DNA提取效率，从而通过基因组DNA提取效率，校正该微生物样本在核酸提取过程中的基因组DNA的损失；

核酸损失率＝1–提取效率

其中，E为所设计的引物与探针的扩增效率；Ct₁为淡水藻类基因组DNA在海洋微生物样本提取前的扩增Ct值；Ct₂为淡水藻类基因组DNA在与微生物样本共提取后的扩增Ct值；V₁为微生物样本提取前所加入的淡水藻类基因组DNA溶液的体积；V₂为淡水藻类基因组DNA在与微生物样本共提取后的溶液体积。

2.根据权利要求1所述的校正海洋微生物样本核酸提取损失的方法，其特征在于：所述淡水藻类为雨生红球藻。

3.根据权利要求1所述的校正海洋微生物样本核酸提取损失的方法，其特征在于：所述特异性引物为HPf1及HPr1，其核苷酸序列分别为5'-ATGGACAACTCTCAACAACGGATA-3'；5'-TTCGAAGCCGATTCTCGTACAG-3'。

4.根据权利要求1所述的校正海洋微生物样本核酸提取损失的方法，其特征在于：所述探针为HPp1，其核苷酸序列为5'-VIC-CAGCGAAATGCGAAAC-MGB-3'。

5.根据权利要求1所述的校正海洋微生物样本核酸提取损失的方法，其特征在于：在步骤(3)，通过对已知质量的2倍系列稀释的淡水藻类基因组DNA进行qPCR扩增，构建Ct值与DNA质量之间的稀释曲线，即可计算出所设计的引物与探针的扩增效率。

6.根据权利要求1至5任一项所述的校正海洋微生物样本核酸提取损失的方法，其特征在于：在步骤(4)，在海洋微生物核酸提取前，首先加入一定体积的淡水藻类基因组DNA，然后与海洋微生物样本一起制备基因组DNA；然后，分别使用目标海洋微生物、淡水藻类的引物和探针对提取后的核酸样本进行qPCR扩增。