[发明专利]与水稻白叶枯病抗性相关的SNP分子标记的应用及其引物组合物

说明书

本发明公开了一种鉴定或辅助鉴定水稻白叶枯病抗性相关的SNP分子标记应用及其引物组合物。该方法包括检测待测水稻基因组中SNP位点的多态性或基因型(等位基因)，根据所述基因型鉴定或辅助鉴定水稻白叶枯病抗性，所述SNP位点为水稻5号染色体上的一个位点，其核苷酸种类为A或G，为序列表中序列4的第30位核苷酸。该方法可用于预测水稻对白叶枯病的抗性和进行水稻育种。可将检测所述SNP位点多态性和基因型的物质与其他物质(如检测其他与水稻抗白叶枯相关的分子标记的单核苷酸多态性或基因型的物质)联合在一起制备鉴定水稻抗白叶枯品种产品。

技术领域

本发明属于基因生物技术领域，具体涉及一种与水稻白叶枯病抗性相关的SNP分子标记的应用及其引物组合物。

背景技术

由Xanthomonas oryzae pv.oryzae(Xoo)引起的水稻白叶枯病是全球稻作栽培中一种重要的细菌性病害。长期以来，选育和种植抗病品种在防治白叶枯病害中起到了重要作用。开发检测水稻白叶枯病抗性的分子标记，对于筛选抗白叶枯病的水稻种质资源以及在育种过程中快速鉴定抗白叶枯病植株的研究中具有重要的应用价值。

KASP(Kompetitive Allele-Specific PCR，竞争性等位基因特异性PCR)通过荧光探针特异性识别基因位点达到基因分型的效果，可用于检测SNP位点和InDel位点。与SSR、RFLP、InDel等分子标记相比，KASP标记具有检测快速，成本低，易于规模化应用等特点。KASP标记不需要根据DNA片段大小进行分型，能够摆脱传统凝胶电泳检测方法的步骤相对繁琐，低通量的缺点，适用于高通量分子检测平台。因此，鉴定与水稻白叶枯病抗性相关的功能SNP位点，开发适合于高通量分子检测平台的水稻白叶枯病抗性KASP分子标记对于提高我国水稻的育种效率和育种水平具有重要应用价值。

发明内容

本发明所要解决的问题是如何鉴定或辅助鉴定水稻白叶枯病抗性。

为了解决以上技术问题，本发明首先提供了检测水稻基因组中SNP的多态性或基因型的物质在如下任一中的应用，

(1)鉴定或辅助鉴定水稻白叶枯病抗性；

(2)筛选或选育抗白叶枯病的水稻单株或株系或品系或品种；

(3)筛选或选育感白叶枯病的水稻单株或株系或品系或品种；

(4)水稻育种；

(5)制备鉴定或辅助鉴定水稻白叶枯病抗性的产品；

(6)制备筛选或选育抗白叶枯病的水稻单株或株系或品系或品种的产品；

(7)制备筛选或选育感白叶枯病的水稻单株或株系或品系或品种的产品；

(8)制备水稻育种的产品；

所述SNP位点为水稻5号染色体上的一个位点，其核苷酸种类为A或G，为序列表中序列4的第30位核苷酸。

以日本晴基因组序列为参考基因组，所述SNP位点为水稻5号染色体15471465bp处(具体为序列表中序列4第30位)。

本发明还提供了鉴定或辅助鉴定水稻白叶枯病抗性的方法，包括检测待测水稻基因组中所述SNP位点的基因型，根据所述基因型鉴定或辅助鉴定水稻白叶枯病抗性，所述基因型为AA、AG或GG，所述GG是所述SNP位点为G的纯合型，所述AA是所述SNP位点为A的纯合型，所述AG是所述SNP位点为A和G的杂合型。

可选地，根据上述方法，所述鉴定或辅助鉴定水稻白叶枯病抗性为如下任一种方式：

(1)所述SNP位点的基因型为AA或AG的待测水稻为或候选为抗白叶枯病的水稻，

(2)所述SNP位点的基因型为GG的待测水稻为或候选为感白叶枯病的水稻；