[发明专利]与水稻白叶枯病抗性相关的SNP分子标记的应用及其引物组合物

权利要求书

1.检测水稻基因组中SNP位点的多态性或基因型的物质在如下任一中的应用，

(1)鉴定或辅助鉴定水稻白叶枯病抗性；

(2)筛选或选育抗白叶枯病的水稻单株或株系或品系或品种；

(3)筛选或选育感白叶枯病的水稻单株或株系或品系或品种；

(4)水稻育种；

(5)制备鉴定或辅助鉴定水稻白叶枯病抗性的产品；

(6)制备筛选或选育抗白叶枯病的水稻单株或株系或品系或品种的产品；

(7)制备筛选或选育感白叶枯病的水稻单株或株系或品系或品种的产品；

(8)制备水稻育种的产品；

所述SNP位点为水稻5号染色体上的一个位点，其核苷酸种类为A或G，为序列表中序列4的第30位核苷酸。

2.鉴定或辅助鉴定水稻白叶枯病抗性的方法，其特征在于：包括检测待测水稻基因组中SNP位点的基因型，根据所述基因型鉴定或辅助鉴定水稻白叶枯病抗性，所述SNP位点为水稻5号染色体上的一个位点，其核苷酸种类为A或G，为序列表中序列4的第30位核苷酸。

3.根据权利要求1所述的应用或权利要求2所述的方法，其特征在于：所述SNP位点的基因型为AA、AG或GG，所述GG是所述SNP位点为G的纯合型，所述AA是所述SNP位点为A的纯合型，所述AG是所述SNP位点为A和G的杂合型；

所述鉴定或辅助鉴定水稻白叶枯病抗性为如下任一种方式：

1)所述SNP位点的基因型为AA或AG的待测水稻为或候选为抗白叶枯病的水稻，

2)所述SNP位点的基因型为GG的待测水稻为或候选为感白叶枯病的水稻；

3)所述SNP位点的基因型为AA或AG的待测水稻的白叶枯病抗性高于所述SNP位点的基因型为GG的待测水稻，所述SNP位点的基因型为AA的待测水稻的白叶枯病抗性高于所述SNP位点的基因型为AG的待测水稻。

4.权利要求2或3所述的方法在水稻育种中的应用。

5.水稻育种的方法，其特征在于：所述方法为M1或M2：

M1、所述方法包括检测水稻基因组中权利要求1中所述SNP位点的基因型，选择所述SNP位点的基因型为AA或AG的水稻作为亲本进行育种，所述AA是所述SNP位点为A的纯合型，所述AG是所述SNP位点为A和G的杂合型，所述方法的育种的目包括选育具有白叶枯病抗性的水稻；

M2、所述方法包括检测水稻基因组中权利要求1中所述SNP位点的基因型，选择所述SNP位点的基因型为GG的水稻作为亲本进行育种，所述GG是所述SNP位点为G的纯合型，所述方法的育种的目包括选育感白叶枯病的水稻。

6.用于检测水稻基因组中SNP位点的多态性或基因型的产品，其特征在于：所述产品为权利要求1中所述物质，所述产品为任一种：

C1)检测水稻白叶枯病抗性相关的单核苷酸多态性或基因型的产品；

C2)鉴定或辅助鉴定水稻白叶枯病抗性的产品；

C3)用于水稻育种的产品；

C4)筛选或选育抗白叶枯病的水稻单株或株系或品系或品种的产品；

C5)筛选或选育感白叶枯病的水稻单株或株系或品系或品种的产品。

7.根据权利要求1所述的应用或权利要求6所述的产品，其特征在于：所述物质为如下D1)、D2)或D3)：

D1)所述物质为扩增包括所述SNP位点在内的水稻基因组DNA片段的引物组合物；

D2)所述物质为含有D1)所述引物组合物的PCR试剂；

D3)所述物质为含有D1)所述引物组合物或D2)所述PCR试剂的试剂盒。

8.根据权利要求7所述的应用或产品，其特征在于：所述引物组合物由引物A、引物B和引物C组成；

所述引物A为核苷酸序列是序列表中序列1的单链DNA分子或核苷酸序列是序列表中序列1的第22-40位的单链DNA；

所述引物B为核苷酸序列是序列表中序列2的单链DNA分子或核苷酸序列是序列表中序列2的第22-40位的单链DNA；

所述引物C核苷酸序列是序列表中序列3的单链DNA分子。