[发明专利]一种与水稻氮肥利用效率基因OsNPF3.1的功能分子标记与应用

说明书

本发明涉及分子标记技术领域，本发明公开了一种与水稻氮肥利用效率基因OsNPF3.1的功能分子标记及其应用，该标记位于水稻OsNPF3.1基因第6号染色体的第8741040核酸位点，该位点的碱基为G或A，对应位于核酸序列表SEQ ID NO.1的第51位核酸位点。且公开了该分子标记在选育或辅助选育与水稻氮素利用效率相关的水稻品种或品系的用途，具体是选育或辅助选育水稻氮肥利用率高/低的水稻中的应用。通过验证研究发现OsNPF3.1supgt;Chr6/supgt;subgt;_/subgt;supgt;8741040/supgt;检测结果可靠性高。

【技术领域】

本发明涉及生物技术领域，具体涉及一种与水稻氮素利用效率相关的与水稻氮肥利用效率基因OsNPF3.1的功能分子标记与应用。

【背景技术】

氮是植物需求量最大的矿质元素，也是植物生长发育的关键限制因子。在水稻生产实践中，大量施用氮肥一直是实现其高产的重要措施之一。然而，过量施氮不仅增加了生产成本，而且造成农业生态环境严重破坏。研究表明，培育氮肥高效利用水稻新品种是降低生产成本、减少环境污染、大幅增加生态效益的有效途径。大量分子育种实践表明，分析水稻重要农艺性状基因的基因结构变异，开发目标基因功能标记，可实现基因的直接选择和有效聚合，大幅度提高育种效率，缩短育种时间。

常用的分子标记如RFLP，RAPD，CAPS，dCAPS，AFLP,SSR,ISSR,STS,SRAP，IRAP和InDel等，可用于目标基因的连锁分析、检测，但是这些标记检测耗时长、操作繁琐、效率低、自动化程度低并且使用有毒物质等缺点，不适用于大规模的基因型分析。

单核苷酸多态性SNP，是指在基因组水平上引起的单个碱基的变异，其在群体中的发生频率不小于1％。SNP可以发生在基因组的任何位置，作为新一代分子标记，具有数量多、分布均匀、多态性丰富、精度高等优点。

PARMS技术，即五引物扩增受阻突变体系，是最新开发出的基于荧光检测的SNP基因分型方法，该技术利用五条引物(一对通用荧光引物、一对等位基因特异引物和一条反向共用引物)对SNP或短Indel位点进行等位基因特异性扩增，通过荧光扫描进行基因分型，具有操作简便、耗时短、成本低的优势。基于PARMS技术开发的荧光分子标记，检测样品只通过一次PCR扩增，不需要电泳检测，而直接在原板上用荧光扫描仪获取扩增数据，经过软件分析，快速获得相应基因型结果。

【发明内容】

本发明的发明目的在于：针对上述存在的问题，提供与与水稻氮肥利用效率基因OsNPF3.1的功能分子标记其作为分子标记的应用，并将该分子标记应用于筛选出氮肥利用效率高/低的水稻，为选育具有优良性状的水稻品种提供技术支撑。

为了实现上述目的，本发明采用的技术方案如下：

与水稻氮肥利用效率基因OsNPF3.1的功能分子标记，所述与水稻氮肥利用效率基因OsNPF3.1的功能分子标记如下：

标记为：位于水稻第6号染色体的第8741040核酸位点，该位点的碱基为G或A，对应位于核酸序列表SEQ ID NO.1的第51位核酸位点。

本发明还提供一种应用如上所述的与水稻氮肥利用效率基因OsNPF3.1的功能分子标记在选育或辅助选育与水稻氮素利用效率相关的水稻品种或品系的用途，具体是选育或辅助选育水稻氮肥利用率高/低的水稻。

本发明还提供一种应用如上所述的与水稻氮肥利用效率基因OsNPF3.1的功能分子标记选育或辅助选育与水稻氮素利用效率相关的水稻品种或品系的方法，具体步骤为：提取水稻基因组DNA，检测水稻的第6号染色体的第8741040位核苷酸，检测出第8741040位核苷酸的序列为G或A，确定待测水稻的基因型是AA、AG或GG型，根据需要选择AA型基因的水稻进行下一步选种和/或育种。

进一步说明，所述AA型基因的水稻氮素利用效率高于AG或GG型基因水稻。