本发明公开了一种与水稻抗稻瘿蚊基因Gm5连锁的InDel分子标记及其引物和应用。该分子标记为12M22‑5833或12M22‑69，其中12M22‑5833由序列如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示的引物扩增得到；12M22‑5869由序列如SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.4所示的引物扩增得到。本发明所公开与水稻抗稻瘿蚊基因Gm5连锁的InDel分子标记是特异性共显性分子标记，其定位的抗稻瘿蚊主效基因位点位置明确，鉴定方便，可快速筛选抗虫品种或品系，有效提高水稻抗稻瘿蚊选择鉴定效率。
本发明提供了水稻氮肥利用效率基因OsNPF3.1及应用，包括水稻氮肥利用效率基因OsNPF3.1，其核酸序列如SEQ ID NO：1所示。含基因OsNPF3.1的生物材料。基因OsNPF3.1或生物材料在调控植物株高、生育期生长和千粒重中的应用。本发明通过实验鉴定了水稻氮肥利用效率基因OsNPF3.1；OsNPF3.1显著影响水稻株高、生育期和千粒重；OsNPF3.1主要在水稻地上部位表达；OsNPF3.1蛋白位于细胞膜上。
本发明涉及分子标记技术领域，本发明公开了一种与水稻氮肥利用效率基因OsNPF3.1的功能分子标记及其应用，该标记位于水稻OsNPF3.1基因第6号染色体的第8741040核酸位点，该位点的碱基为G或A，对应位于核酸序列表SEQ ID NO.1的第51位核酸位点。且公开了该分子标记在选育或辅助选育与水稻氮素利用效率相关的水稻品种或品系的用途，具体是选育或辅助选育水稻氮肥利用率高/低的水稻中的应用。通过验证研究发现OsNPF3.1Chr6_8741040检测结果可靠性高。
本发明公开了一种与水稻抗褐飞虱主效基因bph41(t)连锁的InDel分子标记及其引物和应用。该分子标记为4M141，其由如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示的引物序列扩增得到。本发明所开发与水稻抗褐飞虱主效基因bph41(t)连锁的分子标记是一对特异性共显性分子标记，其定位的抗褐飞虱主效基因位点位置明确，鉴定方便，可快速筛选抗虫品种或品系，有效提高水稻抗褐飞虱效率。
本发明提供水稻花青素生物合成调控基因OsTTG1及其应用，包括水稻花青素生物合成调控基因OsTTG1，其核酸序列如SEQ ID NO：1所示。含基因OsTTG1的生物材料。基因OsTTG1或生物材料在调控植物花青素含量中的应用，以及降低或提高植物花青素含量的方法。本发明通过实验验证了敲除OsTTG1可以降低植物茎中花青素含量，增加光照或降低温度提高OsTTG1表达水平可以增加植物花青素含量，为研究生产出富含花青素的水稻打下了基础。
