[发明专利]一种枸杞40K液相芯片及应用

说明书

本发明属于基因芯片技术领域，涉及一种枸杞40K液相芯片及应用，尤其涉及一种利用靶向捕获测序技术开发的用于枸杞基因组进行基因分型的枸杞40K液相芯片。该枸杞40K液相芯片，包括枸杞40K位点探针混合液和杂交捕获试剂；枸杞40K位点探针混合液包括枸杞40K SNP位点探针和165个枸杞SNP功能位点探针，平均每个位点2根捕获探针。该枸杞40K液相芯片，克服了枸杞在科研中遗传多样性分析、QTL定位、GWAS分析的应用成本高的缺点，解决了枸杞分子辅助育种、全基因组选择育种无适用产品的难题，加快了枸杞研究及育种的进程。

技术领域

本发明属于基因芯片技术领域，涉及一种枸杞40K液相芯片及应用，尤其涉及一种利用靶向捕获测序技术开发的用于枸杞基因组进行基因分型的枸杞40K液相芯片。

背景技术

传统分子标记如限制性片段长度多态性、简单序列重复等，因存在基因组分布数量少，以及操作过程繁琐、通量低等缺陷，导致无法满足现代化育种要求。单核苷酸多态性(SNP)具有数量多、分布广泛、易于快速规模化筛查、便于基因分型、价格相对低廉等特点，被广大科研工作者广泛接受并应用。

目前，用于SNP位点分型的基因芯片技术中，传统的固相芯片基于探针与DNA序列的互补杂交，通过标记物的荧光显色信号进行分型。液相芯片基于重测序技术，对每个目标位点进行专一性捕获，并进行高深度的重测序，具有检测准确性高、通量大的优点。液相芯片一般包括根据DNA互补原理，为每个待测位点设计的一条生物素(Biotin)标记、覆盖目标SNP的探针，这些探针在液态中与基因组目标区域杂交形成双链，可以利用链霉亲和素包衣的磁珠与带有生物素的分子的吸附作用，经洗脱、扩增、建库之后进行二代测序，最终还原目标位点及其周围SNP的基因型状态。液相芯片目前在物种进化分析、种质资源评价与DNA指纹鉴定、分子遗传图谱构建、基因/QTL定位和基因克隆、分子标记辅助选择、全基因组选择等方面已经有着较为成熟的应用。

国外的Affymetrix固相芯片技术、llumina固相芯片技术，均因开发成本高、使用价格贵、位点删减不灵活等因素，使广大科研工作者在使用过程中受到一定制约，且在其它已有固相芯片物种中也有被液相芯片取代的趋势。

靶向捕获测序基因型分型(GBTS)是通过降低文库丰度实现仅对目标位点深度重测序的技术，它能够显著降低基因分型的成本；分子辅助育种、基因组选择育种在其它物种中(如猪、奶牛、小麦等)已有应用案例且效果良好。然而，国内尚无已开发成熟的枸杞可用的基因分型芯片，因而，为提高枸杞育种效率、加快枸杞育种进程，更好的服务于枸杞产业化应用，开发一款经济、合适的基因分型产品相当有必要。

发明内容

本发明的目的在于提供一种枸杞40K液相芯片及应用，基于靶向捕获测序技术开发的枸杞基因型分型的高通量40K液相芯片，结合添加的165个功能位点，实现枸杞基因分型，并有效节省样本检测服务周期，为枸杞科研提供技术支持。

本发明解决上述技术问题的技术方案如下。

一种枸杞40K液相芯片，包括枸杞40K位点探针混合液和杂交捕获试剂；枸杞40K位点探针混合液包括枸杞40K SNP位点探针和165个枸杞SNP功能位点探针，平均每个位点2根捕获探针。

进一步地，该枸杞40K液相芯片，枸杞40K SNP位点中的5023个位点信息如说明书表1所示。

进一步地，该枸杞40K液相芯片，165个枸杞SNP功能位点的位点信息如说明书表2所示。

进一步地，该枸杞40K液相芯片，枸杞40K位点探针的设计过程为：

(1)探针长度110bp、探针GC含量在30％～80％之间、同源性区域个数≤5，选取区域最大限度地不包含SSR和GAP区域；

(2)根据筛选获得的SNP位点设计两条有60％～70％重叠且覆盖SNP位点的核苷酸序列；