[发明专利]一种枸杞40K液相芯片及应用

权利要求书

1.一种枸杞40K液相芯片，其特征在于，包括枸杞40K位点探针混合液和杂交捕获试剂；所述枸杞40K位点探针混合液包括枸杞40K SNP位点探针和165个枸杞SNP功能位点探针，平均每个位点2根捕获探针；

所述枸杞40K SNP位点中的5023个位点信息如下：

所述165个枸杞SNP功能位点的位点信息如下：

。

2.如权利要求1所述的枸杞40K液相芯片，其特征在于，所述枸杞40K位点探针的设计过程为：

(1)探针长度110bp、探针GC含量在30％～80％之间、同源性区域个数≤5，选取区域最大限度地不包含SSR和GAP区域；

(2)根据筛选获得的SNP位点设计两条有60％～70％重叠且覆盖SNP位点的核苷酸序列；

(3)根据设计的核苷酸序列进行单链核苷酸合成，合成的两条长度为110bp，5’端带有生物素基团修饰的DNA核苷酸序列称为枸杞40K位点探针；

(4)将上述两条合成后的枸杞40K位点探针进行等摩尔质量混合，利用EDTA和Tris HCl混合液定容为3pmol/mL的枸杞40K位点探针混合液。

3.如权利要求1所述的枸杞40K液相芯片，其特征在于，所述枸杞40K SNP位点通过下述方法获取：

(1)根据307个枸杞种质资源高深度重测序样本数据，通过BWA比对枸杞参考基因组后，利用GATK检测所有样本SNP位点的并集合位点，并筛选出若干个位点用于目标位点的挑选；按照位点挑选过滤的标准进行再次挑选，并将挑选之后的总集合进行探针评估；

(2)将165个枸杞SNP功能标记与步骤(1)获得的标记总集合进行对比去重，去重后将剩余标记进行合并，得到用于探针评估开发的标记；

(3)探针评估时对位点进行挑选：舍弃上下游50bp在基因组上的序列是小写的重复序列区，计算剩余位点上下游各50bp的GC含量，保留大于30％、小于70％的目标位点作为候选集，并筛选出包含165个枸杞SNP功能位点的若干个位点；

(4)将染色体分为等长的区段，对设计出来的所有位点按每个区段挑选MAF≥0.035的候选位点，按染色体均匀分布和MAF值高的位点并加上所有功能位点共得到若干个位点，加上165个功能标记，作为第一次测试的45K位点集合；

(5)通过第一轮产品检测测试，删除分型表现差的5K位点，形成满足评估要求、且包含165个功能位点的核心位点的产品集合，并形成40K液相芯片；

(6)通过第二轮产品实验优化对样品进行检测测试，确定产品的最佳实验操作流程，经过验证使产品达到设计要求，并形成枸杞40K液相芯片最佳实验流程。

4.如权利要求3所述的枸杞40K液相芯片，其特征在于，所述步骤(1)中，位点挑选过滤的标准为：MAF0.03，NA25％，杂合率30％，基因注释优先级exonicsplicing5'UTR3'UTRupstreamintronicdownstreamintergenic；若区段内位点均为无注释基因结构的位点，则优先考虑MAF最高的位点，否则优先考虑位于基因上的位点。