[发明专利]一种用于评估南荻遗传多样性的SSR分子引物组和方法

说明书

本发明公布了一种用于评估南荻遗传多样性的SSR分子引物组和方法，所述SSR分子引物组包括26对南荻SSR引物，所述26对南荻SSR引物中的正向引物和反向引物的核苷酸序列分别如表1中SEQ ID No.1～SEQ ID No.52所示。本发明设计了能够适用于芒属植物南荻的SSR分子标记引物对，能够对不同来源地的南荻材料进行多态性分析，丰富了分析南荻遗传多样性的SSR引物。同时提供了一种评估南荻遗传多样性的方法，提高了评估程序效率，缩短了实验时间，增加评估准确性。

技术领域

本申请涉及分子生物学技术领域，具体是一种用于评估南荻遗传多样性的SSR分子引物组和方法。

背景技术

南荻隶属于禾本科、芒属，是一类多年生的草本植物，也是中国特有的芒属植物种类，主要分布在河流滩涂地带。南荻生物质产量高、光合效率强、纤维质优、高产，能制成高级文具用纸及静电复印纸，具有较佳的经济和生态价值，也是具有开发潜能价值的能源植物。

DNA分子标记是根据生物个体间基因组DNA序列丰富的变异为基础的遗传标记，可以直接反映生物个体在DNA水平上的遗传多态性，也是继形态学标记、细胞学标记和生化标记之后的最为可靠的遗传标记技术。现有技术中使用的RAPD、AFLP、ISSR标记，重复性差、多态性低，难以全面揭示南荻遗传多样性真实水平。

现有技术中评估南荻遗传多样性的方法，实验花费时间长，评估误差大。

发明内容

本发明主要针对以上问题，提出了一种用于评估南荻遗传多样性的SSR分子引物组，旨在丰富分析南荻遗传多样性的SSR引物；

本发明的目的还在于提供一种评估南荻遗传多样性的方法，旨在提高评估程序效率，缩短实验时间，增加评估准确性。

为实现上述目的，本发明提供了一种用于评估南荻遗传多样性的SSR分子引物组，所述SSR分子引物组包括26对南荻SSR引物，所述26对南荻SSR引物中的正向引物和反向引物的核苷酸序列分别如表1中SEQ ID No.1～SEQ ID No.52所示。

一种用于评估南荻遗传多样性的方法，包括以下步骤：

1)提取不同地域南荻的DNA样本；

2)以所述步骤1)中提取的南荻待测样品DNA为模板，对权利要求1所述26对SSR引物PCR扩增，得到扩增产物；

3)将所述步骤2)得到的PCR扩增产物进行非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳、银染显色，读取电泳数据，统计条带检测结果；

4)根据所述步骤3)中条带检测结果，建立二元原始数据矩阵；

5)根据所述步骤4)中的二元原始数据矩阵，利用PopGen V1.32软件计算每个位点的等位基因数、每个位点的有效等位基因数、Shannon信息指数、多态性条带数、Nei's相似系数、多态性条带百分率遗传多样性参数；

6)根据所述步骤4)中的二元原始数据矩阵，利用MS-tools软件计算每个引物的多态信息量和Shannon-Weaver多样性指数；

7)根据所述步骤4)中的二元原始数据矩阵，利用软件NTSYSpc 2.10e对不同地域的南荻计算遗传相似系数；

8)根据所述步骤7)中的遗传相似系数，利用SAHN Clustering和非加权法平均聚类法做聚类分析，构建聚类树状图。

进一步地，所述建立二元原始数据矩阵的方法为：将所述步骤3)中的条带检测结果进行比对、校正，利用表格工具在相同迁移率位置上无条带出现记为“0”，有扩增条带出现记为“1”。