[发明专利]一种用于评估南荻遗传多样性的SSR分子引物组和方法

权利要求书

1.一种用于评估南荻遗传多样性的SSR分子引物组，其特征在于，所述SSR分子引物组包括26对南荻SSR引物，所述26对南荻SSR引物中的正向引物和反向引物的核苷酸序列分别如表1中SEQ ID No.1～SEQ ID No.52所示。

2.一种用于评估南荻遗传多样性的方法，其特征在于，包括以下步骤：

1)提取不同地域南荻的DNA样本；

2)以所述步骤1)中提取的南荻待测样品DNA为模板，对权利要求1所述26对SSR引物PCR扩增，得到扩增产物；

3)将所述步骤2)得到的PCR扩增产物进行非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳、银染显色，读取电泳数据，统计条带检测结果；

4)根据所述步骤3)中条带检测结果，建立二元原始数据矩阵；

5)根据所述步骤4)中的二元原始数据矩阵，利用PopGen V1.32软件计算每个位点的等位基因数、每个位点的有效等位基因数、Shannon信息指数、多态性条带数、Nei's相似系数、多态性条带百分率遗传多样性参数；

6)根据所述步骤4)中的二元原始数据矩阵，利用MS-tools软件计算每个引物的多态信息量和Shannon-Weaver多样性指数；

7)根据所述步骤4)中的二元原始数据矩阵，利用软件NTSYSpc 2.10e对不同地域的南荻计算遗传相似系数；

8)根据所述步骤7)中的遗传相似系数，利用SAHN Clustering和非加权法平均聚类法做聚类分析，构建聚类树状图。

3.根据权利要求2所述的一种用于评估南荻遗传多样性的方法，其特征在于，所述建立二元原始数据矩阵的方法为：将所述步骤3)中的条带检测结果进行比对、校正，利用表格工具在相同迁移率位置上无条带出现记为“0”，有扩增条带出现记为“1”。

4.根据权利要求2所述的一种用于评估南荻遗传多样性的方法，其特征在于，所述步骤2)中PCR扩增体系如下：2μl浓度为10pmol/L的模板DNA、6μl2×TSINGKE Master Mix、0.24μl浓度为10pmol/L上游引物、0.24μl浓度为10pmol/L下游引物、12μl无菌水。

5.根据权利要求2或4所述的一种用于评估南荻遗传多样性的方法，其特征在于，所述PCR扩增的反应程序为：98℃预变性5min，94℃变性30s，50～68℃退火30s，72℃复性1min，70℃延伸5min；其中，变性、退火和复性循环30次，PCR产物4℃保存。

6.根据权利要求2所述的一种用于评估南荻遗传多样性的方法，其特征在于，所述步骤1)中南荻的样本为南荻幼嫩叶片。