[发明专利]一种黄瓜耐寒基因LTT紧密连锁的SNP分子标记及其应用

说明书

本发明提供了一种黄瓜耐寒基因LTT紧密连锁的SNP分子标记及其应用，属于分子标记技术领域。一种黄瓜耐寒基因LTT紧密连锁的SNP分子标记，核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，所述SEQ ID NO:1的第45位碱基存在C/G多态性。以幼苗耐寒自交系CG104和幼苗低温敏感自交系CG37为材料开发SNP标记，所述SNP在123份Fsubgt;2/subgt;群体材料中有102份材料的带型与田间调查结果一致，正确率为83.0％，同时对68份自然群体材料的基因型数据与表型数据进行验证，获得较高的鉴定正确率。通过本发明提供的SNP分子标记可以在黄瓜候选材料对其进行耐寒的筛选，具有高效、限制少、准确的优点。

技术领域

本发明属于分子标记技术领域，具体涉及一种黄瓜耐寒基因LTT紧密连锁的SNP分子标记及其应用。

背景技术

黄瓜(Cucumis sativus L.)是重要的经济作物，我国是世界上黄瓜栽培面积最大的国家。黄瓜起源于喜马拉雅山南麓的热带雨林地区，喜温暖但不耐寒冷，属典型的冷敏感型植物(安志信等，2006)。黄瓜发芽的适宜温度为15℃～35℃(WEHNER，1982；1984)；黄瓜生长的适宜温度为25～30℃/18～20℃(白天/夜间)(李会敏，2016)。但我国北方地区冬春季黄瓜栽培中普遍存在长期偏低温(＜20℃/8～12℃，白天/夜间)和短期临界低温(15℃/4～8℃，白天/夜间)的问题(王永健等，2005)。黄瓜各器官组织均对低温敏感(CABRERA etal.，1992)，低温胁迫对黄瓜不同发育阶段都会产生不同程度的危害，如种子发芽迟缓、发芽率降低，苗期叶片边缘黄化、枯死和内卷，开花期受精率下降，结果期坐果率下降，化瓜、畸形瓜严重，贮藏和运输期果实易发生腐烂，品质下降等(郝敬虹等，2009；王红飞等，2016)，低温胁迫已成为制约黄瓜生产的重要逆境因素，研究黄瓜耐寒性状有助于推动抗逆育种。因此，挖掘黄瓜耐寒基因，培育耐寒品种成为当前育种家的主要任务。

关于控制黄瓜幼苗耐寒基因定位的相关研究，前人有少量报道。李恒松等(2015)以0839(黄瓜耐冷型品系)和B52(低温敏感型品系)为亲本，构建六世代群体，通过对F₂群体集群分离分析(BSA)，将黄瓜幼苗耐冷主效位点定位于遗传图谱第6连锁群上，与分子标记SSR07248的遗传距离为32.6cM。王红飞(2014)以QT193(幼苗期低温敏感型)和JD32(幼苗耐寒型)为亲本，构建F₂遗传群体，以75对分子标记构建连锁遗传图谱，共检测到4个与幼苗耐寒相关的位点，其中3个与冷害指数相关的位点(qCT-3-1、qCT-3-2、qCT-3-3)位于3号染色体，1个与恢复指数相关的位点(qCT-7-1)位于7号染色体。DONG等(2019)以CG104(耐寒)和CG37(低温敏感)为亲本，构建F_2:3家系，利用in silico BSA方法检测到Csa6G445210(生长素响应因子)和Csa6G445230(乙烯响应蛋白)为可能的候选基因。到目前为止，黄瓜幼苗耐寒基因(LTT)连锁的SNP标记尚未见报道。

发明内容

有鉴于此，本发明的目的在于提供一种黄瓜幼苗耐寒基因LTT紧密连锁的SNP分子标记，能够用于黄瓜幼苗耐寒种质资源的鉴定与选育中。

本发明提供了一种黄瓜耐寒基因LTT紧密连锁的SNP分子标记，所述SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示，所述SEQ ID NO：1的第45位碱基存在C/G多态性。

本发明提供了一种用于扩增所述SNP分子标记的引物对，所述引物对包括核苷酸序列如SEQ ID NO：2所示的正向引物和核苷酸序列如SEQ ID NO：3所示的反向引物。

本发明提供了一种用于鉴定黄瓜幼苗耐寒性状的检测试剂盒，包括所述引物对。

优选的，还包括PCR扩增用试剂。

优选的，还包括HinfI酶切用试剂；

所述HinfI酶切用试剂为HinfI内切酶和Cutsmart。