[发明专利]一种用于检测蚕豆抗豆象品种的SSR标记及其应用

说明书

本发明提出了一种用于检测蚕豆抗豆象品种的SSR标记及其应用。采用PacBio三代全长测序技术结合RNA‑seq的方法，对蚕豆品种进行全基因组测序，结合软件MISA对转录组的Unigene搜索，获得含有SSR核心基序的特异蚕豆基因组序列，根据SSR核心基序设计引物，该引物对用于对SSR标记进行扩增，其核苷酸序列为：上游引物：核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示；下游引物：核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。SSR标记引物对用于扩增蚕豆基因组模板，PCR扩增产物进行聚丙烯酰胺凝胶电泳，检测PCR产物的带型，用于鉴定检测的蚕豆材料为抗豆象材料。本发明所提供的检测蚕豆对豆象抗性的方法可靠、简便、实用，在蚕豆种质资源鉴定和分子标记辅助育种选择中具有重要应用前景。

技术领域

本发明涉及生物技术领域，特别涉及一种用于检测蚕豆抗豆象品种的SSR标记及其应用。

背景技术

蚕豆(Vicia Faba L.)，一年生草本植物，又名胡豆、罗汉豆等。据宋《太平御览》记载，蚕豆由西汉杰出的旅行家、外交家张骞自西域引入中原地区。蚕豆在我国种植广泛，自古即是重要的食物资源，同时也是重要的出口资源。蚕豆营养价值丰富，含8种必需氨基酸，碳水化合物含量47％～60％，为粮食、蔬菜和饲料、绿肥兼用作物，在调整农业种植结构、发展畜牧业、提高土壤肥力、保持农田生态平衡中占有重要地位。

蚕豆象属于我国农业补充性检疫性有害生物，是蚕豆生产与贮藏中的一种重要害虫，在我国各蚕豆产区均有发生。据调查，如不采取任何防治措施，蚕豆象在贮藏期可造成50％～90％的豆粒穿孔。蚕豆被害后，食味变苦，重量减轻，且易发霉变质，发芽率降低20％以上。近年来，由于蚕豆象发生日益突出，严重影响了蚕豆品质、产量及种植面积，蚕豆象发生危害已成为影响蚕豆产业发展的最主要因素。

目前，生产上防治蚕豆象危害的主要方法为磷化铝熏蒸法，这不仅增加了蚕豆生产的成本，而且容易导致农药残留，造成环境污染，影响食用者身体健康。因此，培育抗豆象蚕豆品种成为避免蚕豆象侵害的首选。传统育种方法成本高，耗时长，具有较大的限制性。现代分子生物技术的发展，尤其是分子标记技术的发展极大地促进了作物新品种选育的进程。SSR标记具有重复性好、多态性高、共显性遗传、遍布整个基因组等优点，使得SSR标记成为广泛使用的分子标记。研究开发抗豆象基因紧密连锁标记，应用分子标记辅助选择育种技术培育抗豆象蚕豆新品种，是防治蚕豆象危害最为经济且环保的方法，对于减轻蚕豆象危害，保障我国蚕豆安全生产具有非常重要的意义。但蚕豆由于基因组过于庞大(约14Gb)，且关注度不是很高，导致基因组序列没有测序，开发分子标记困难。目前蚕豆中公开发表的可用的SSR标记不多，直接导致通过分子标记辅助选育抗豆象品种比较困难。

发明内容

鉴于此，本发明的目的在于提出一种用于辅助选择抗豆象蚕豆的SSR标记引物对及其应用，该SSR标记引物对可用于辅助选择抗豆象蚕豆，对抗豆象性状具有显著的选择性。

本发明人采用PacBio三代全长测序技术结合RNA-seq的方法，对蚕豆品种进行了全基因组测序，在此基础上，使用软件MISA对转录组的所有Unigene进行搜索，寻找包含SSR核心基序的Unigene，并根据这些序列设计引物后通过实验方法进行验证，最终获得了本发明中包含(TC)10核心基序的核苷酸序列如SEQ ID NO.7所示，并根据SEQ ID NO.7序列开发了用于选择抗豆象蚕豆的SSR引物对核苷酸序列如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2，以及开展SSR分子标记选择的实验方法。

本发明的目的之一在于提供一种包含SSR核心基序，用于开发蚕豆SSR标记的特异序列，其SSR核心基序为(TC)10，也就是含有10个连续TC重复的序列，核苷酸序列如SEQ IDNO.7所示：