[发明专利]一种鲜食大豆香味性状相关的Indel/SNP分子标记及应用

说明书

本发明提供了一种Indel/SNP分子标记在鲜食大豆香味性状检测中的应用，所述分子标记的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示，第40bp处发生11个碱基的缺失，以及36bp处AGA突变为GAG，52bp处GT突变为TC，56bp处CCG突变为AAT，62bp处TC突变为CT。本发明还提供了用于检测该Indel/SNP位点的引物序列及基于高分辨率溶解曲线(HRM)的鉴定方法，根据目标DNA序列片段溶解曲线峰的不同，可区分位点的基因型，进而判断样本香味相关功能基因GmBADH2的纯合与杂合。利用本发明所提供的Indel/SNP标记和检测方法，在鲜食大豆幼苗阶段就可以判断个体基因型，做到香味性状的早选择早淘汰，这对于提高鲜食大豆香味品质的选种效率、节约育种成本，具有重要的实用价值。

技术领域

本发明涉及一种用于检测与鲜食大豆香味性状相关的GmBADH2基因纯合与杂合的Indel/SNP分子标记，属农业生物技术领域。

背景技术

鲜食大豆(又称菜用大豆、毛豆)，系鼓粒期间籽粒饱满，荚色翠绿时采青食用大豆专用型品种，它具有糯脆香甜的口感，豆荚茸毛稀疏，结荚均匀，成熟期一致，便于一次性采青，可炒食、凉拌，加工制罐或速冻加工出口。鲜食大豆营养丰富，据研究表明，鲜食大豆富含植物蛋白质、不饱和脂肪酸、植物粗纤维及人体必需的各种矿物质和维生素A、维生素C、维生素E，且所含的氨基酸种类齐全、含量丰富，营养价值高，食用口感好，是当今被公认的无公害或少污染的安全保健食品。其中，香味大豆含有类似于芳香水稻的香味，由于消费者的偏好，它在食品风味品质中起着至关重要的作用，其市场价格高于普通鲜食大豆品种。因此，选育含有芳香气味的鲜食大豆品种，成为鲜食大豆风味品质育种的重要目标。

已有研究表明，鲜食大豆中的香味与2-乙酰-1-吡咯啉(2AP)的含量相关。2AP是一种易挥发的天然香味化合物，在许多物种中都被检测到。但由于其含量极低、极易挥发、不稳定，使得其含量鉴定成本高、准确度低、难度大。已有研究表明，植物包括大豆中2AP的含量性状由单基因控制，其代谢途径与糖酵解和氨基酸合成途径相关；植物中调控2AP合成代谢的关键基因为 BADH2，其功能的丧失可导致2AP含量的增加；该基因的等位突变在水稻、高粱、大豆中均有发现；任何导致BADH2基因功能丧失的突变均可以改变植物体内2AP的含量。Indel(insertion-deletion插入/缺失)是指基因组同一位点的序列发生了不同大小核苷酸片段的插入或缺失，SNP(single nucleotide polymorphism)是指在基因组上单个核苷酸的置换、颠换、缺失和插入。 Indel/SNP标记具有遗传稳定性好、多态性高、分型系统简单等优点；。因此开发BADH2基因中的Indel/SNP标记的筛选，可以方便准确地鉴定候选个体的基因型，从而有效加快育种进程，降低育种成本。

发明内容

本发明提供了一种与鲜食大豆香味性状相关的GmBADH2基因纯合与杂合的Indel/SNP分子标记及其检测方法。

本发明对大豆基因组5号染色体的GmBADH2基因(Glyma05g01770)区段进行核苷酸多态性检测，得到一个与鲜食大豆香味性状相关的Indel/SNP分子标记，该分子标记位于GmBADH2基因的第一个外显子区，第40bp处发生1 1个碱基的缺失，以及36bp处AGA突变为GAG，52bp处GT突变为TC，56b p处CCG突变为AAT，62bp处TC突变为CT。

本发明首先提供了Indel/SNP分子标记在鲜食大豆香味性状检测中的应用，其特征在于，所述Indel分子标记的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示，第4 0bp处发生11个碱基的缺失，以及36bp处AGA突变为GAG，52bp处GT突变为TC，56bp处CCG突变为AAT，62bp处TC突变为CT。

另外，本发明提供了一种引物对在鲜食大豆香味性状检测中的应用，其特征在于，所述引物对的DNA序列为：

EX1-HRM-F 5’-TCTCTCCTTTGACGACAAGATGAGC-3’