[发明专利]一种用于制备产前胎儿21-三体综合征检测的PCR反应体系的特异性引物有效

专利信息
申请号: 202110527026.1 申请日: 2021-05-14
公开(公告)号: CN113046435B 公开(公告)日: 2023-10-03
发明(设计)人: 刘睿智;殷建;张红国;姜雨婷;何晶 申请(专利权)人: 吉林大学第一医院;中国科学院苏州生物医学工程技术研究所
主分类号: C12Q1/6883 分类号: C12Q1/6883;C12Q1/6851
代理公司: 长春市恒誉专利代理事务所(普通合伙) 22212 代理人: 梁紫钺
地址: 130000 吉*** 国省代码: 吉林;22
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摘要:
搜索关键词: 一种 用于 制备 产前 胎儿 21 综合征 检测 pcr 反应 体系 特异性 引物
【权利要求书】:

1.一种用于产前胎儿21-三体综合征的检测方法,其特征在于:包括以下步骤:

(1)待测样本采集:

采集待测母体外周血500μL-1mL,采用通用核酸柱式抽提试剂盒进行血液游离DNA提取,所获得DNA样品经微量紫外分光光度计检测获得浓度及纯度,DNA样品纯度为1.8~2.0,将DNA样品稀释得到待测DNA样本;

(2)甲基化DNA免疫共沉淀:

按照甲基化DNA免疫共沉淀试剂盒使用说明书要求,对待测DNA样本、阳性对照、阴性对照进行甲基化DNA分离,在最终洗脱甲基化DNA环节加入ddH2O溶解洗脱甲基化DNA;

(3)酶切:

按照HpaII酶切反应体系处理,将待测DNA样本、阳性对照、阴性对照的甲基化DNA配制酶切反应体系,配制好的酶切反应体系在37℃水浴2h进行酶切反应,反应后在80-90℃水浴20-30min灭活HpaII酶,得到cut待测DNA样本、cut阳性对照、cut阴性对照:

(4)配制PCR反应体系:

将获得的cut待测DNA样本、cut阳性对照、cut阴性对照分别使用9组引物配制PCR反应体系,每个样品每组引物配置3-6个体系重复,9组特异性引物中包括1组常规染色体位点检测引物和8组21号染色体位点检测引物;

(5)PCR反应:

使用实时荧光定量PCR仪进行PCR反应和荧光测定,PCR过程如下:

第一阶段、预变性:PCR反应体系在95℃下反应5min;

第二阶段、循环反应:PCR反应体系在95℃下反应10sec后在60℃下反应30sec;

第三阶段、获得溶解曲线:PCR反应体系在95℃下反应15sec后,在60℃下反应30sec;再升温至95℃反应15sec,得到溶解曲线;

(6)分析:

使用实时荧光定量PCR仪自带的分析软件分析实验结果,将获得的Cq值进行分析,Cq值包括待测DNA样本Cq值:Cq样本,阳性对照Cq值:Cq阳性对照,阴性对照Cq值:Cq阴性对照;各自将21号染色体上8个位点的Cq值与常规染色体的Cq值相比,获得比值R;若4个以上位点R阳性对照≈R样本>R阴性对照,则说明胎儿21三体概率极高,建议进行羊水穿刺做核型分析确认;若1-4个位点R阳性对照≈R样本>R阴性对照,则建议复查;若所有位点R阳性对照>R样本≈R阴性对照,则说明胎儿21三体概率极低,可放心生育。

2.根据权利要求1所述的一种用于产前胎儿21-三体综合征的检测方法,其特征在于:(1)待测样本采集步骤中,用去离子水将待测样本DNA样品浓度稀释为50ng/μl。

3.根据权利要求1所述的一种用于产前胎儿21-三体综合征的检测方法,其特征在于:(2)甲基化DNA免疫共沉淀集步骤中,所述的阳性对照为21三体综合征胎儿羊水穿刺细胞中提取的DNA与健康成年人体的外周血中获得的血细胞DNA按1:20比例混合获得的标准品,浓度为50ng/μl;所述的阴性对照为健康女性成年人体的外周血中获得的血细胞DNA,浓度为50ng/μl;甲基化DNA分离过程中每组的DNA含量不少于0.8μg。

4.根据权利要求1所述的一种用于产前胎儿21-三体综合征的检测方法,其特征在于:(3)酶切集步骤中,酶切反应体系中,DNA样本、HpaII酶、10xBuffer、ddH2O的体积比为40:1:5:4,每个样本配制的酶切反应体系体积为50μl;酶切反应体系中DNA样本浓度为50ng/μl;HpaII酶的浓度为5U/μl。

5.根据权利要求1所述的一种用于产前胎儿21-三体综合征的检测方法,其特征在于:(4)配制PCR反应体系集步骤中,PCR反应体系中,荧光定量PCR2×预混液、上游引物、下游引物、样本/对照、ddH2O的体积比为25:1:1:1:22;每个样品每组配制的PCR反应体系体积分别为20μl。

6.根据权利要求1所述的一种用于产前胎儿21-三体综合征的检测方法,其特征在于:(4)配制PCR反应体系集步骤中,所述的9组特异性引物如下:

第1组用于3号常规染色体位点的检测:

上游引物Ch3-F:AGCTGGCACCCGCTGG

下游引物Ch3-R:GTGTGGGGTTGCACGCG

第2组用于21号染色体位点1的检测:

上游引物ERG-F:CAGGAGGCTGAGGCAGGG

下游引物ERG-R:GGTACAGGTTGGGAGTTTGGG

第3组用于21号染色体位点2的检测:

上游引物AIRE-F:TAGTAAGGGAGGGCCGAGAA

下游引物AIRE-R:CAGAGCCAGAACGCACAGAG

第4组用于21号染色体位点3的检测:

上游引物SIM-F:ACCGGGCCTTCTGTCTGTC

下游引物SIM-R:TCTGCACGCTTCAATCCTTC

第5组用于21号染色体位点4的检测:

上游引物NIPK4-F:GAGCCAGGTCTGTTCTCCACG

下游引物NIPK4-R:AGCCGATGCCCTTGTTGC

第6组用于21号染色体位点5的检测:

上游引物YBEY-1F:GGTTCGTGCACTCGCTGAG

下游引物YBEY-1R:GCCTTCTCCTTCTGGAACATCT

第7组用于21号染色体位点6的检测:

上游引物JAM2-F:TTTTGGGCCACATCATTCT

下游引物JAM2-R:GCTGGGATTACAGGCGTGAG

第8组用于21号染色体位点7的检测:

上游引物DSCAM-F:CCTAAGACCTTTGCCTAGCTTCT

下游引物DSCAM-R:TCCTTTATGGGATTTCTGTTGTG

第9组用于21号染色体位点8的检测:

上游引物PCNT-F:AGCAGACACGGGCTCGGT

下游引物PCNT-R:CGGTGCTCAGCAACCACC

每组上游引物和下游引物的浓度分别为10μM。

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