[发明专利]一种基于深度学习的视网膜视盘分割方法有效

专利信息
申请号: 202110490690.3 申请日: 2021-05-06
公开(公告)号: CN113240677B 公开(公告)日: 2022-08-02
发明(设计)人: 程芸;陈德臣;牛彦;施超;潘玮栋;张聚 申请(专利权)人: 浙江医院
主分类号: G06T7/10 分类号: G06T7/10;G06V10/80;G06V10/82;G06N3/04;G06N3/08
代理公司: 杭州天正专利事务所有限公司 33201 代理人: 王兵
地址: 310013*** 国省代码: 浙江;33
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摘要:
搜索关键词: 一种 基于 深度 学习 视网膜 视盘 分割 方法
【权利要求书】:

1.一种基于深度学习的视网膜视盘分割方法,具体步骤如下:

步骤1)将视网膜图像进行预处理;

首先将数据集中的图像调整为256x256像素的统一尺寸,并通过对原数据集进行裁剪、翻转、旋转、缩放、位移方式来扩大数据,然后对数据集进行归一化,以减轻因光照的不同所造成的影响;最后将数据集以6:2:2的比例依次划分为训练集、测试集和验证集;

步骤2)构建网络模型;

2.1并行卷积模块一共由三条路径组成,每条路径分别经过拥有不同扩张率的空洞卷积;空洞卷积是通过在普通卷积核的任意两个相邻参数之间插入零来实现的,能使网络模型在相同的参数量和计算量下拥有更大的感受野;但是空洞卷积有一个显著的缺点,即由于在卷积核的任意位置都插入了零,因此只能对非零值滤波器参数对应的像素进行有效的采样,这样会导致采集的信息稀疏化,扩张率越大,这个问题会变得愈发严重;因此使用了并行卷积这一模块,通过混合不同扩张率的空洞卷积能有效缓解这个问题;每条分支利用不用的扩张率提取不同尺度的上下文信息,接着将三个分支输出的特征映射相加,然后将该映射输入到1x1卷积核中,以此来增加该模块中的非线性特征,最后通过BN(batchnormalization批标准化)和Relu激活函数;BN就是通过一定的规范化手段,把每层神经网络任意神经元这个输入值的分布强行拉回到均值为0方差为取得标准正态分布,这样能避免梯度消失问题的产生并且大大加快训练速度;

在扩张率的选择上,如果扩张率过大,则会导致有过多零值的卷积核所采样的像素空间稀疏;反之,如果扩张率太小,空洞卷积则会退化成普通卷积;因此扩张率的选择也是至关重要的;同时任何两组的空洞卷积都应避免重复的采样,扩张率的选择上应该满足如下公式:

其中选择的空洞卷积集合为r=(r1,...,ri,rj,...rs),[ri,rj]表示两个数之间的最小公倍数,k表示实际卷积核的长宽;所选择的每层扩张率集合为:(1,4,7)、(1,3,5)、(1,3,4)、(1,2,4)、(1,2,3);

2.2.跳跃连接中的结构:

所提出的跳跃连接,不仅仅将上采样得到的特征与其对应的低层特征进行融合,并且引入了逐元素减法操作,每层上采样得到的特征分别减去对应的低层特征以及它上一层经过4x4最大池化操作后具有相同尺寸的特征;最后将他们全部串联起来达到增强边界的目的;

2.3.解码部分中的卷积模块:

解码部分中,每层经过上采样的高层次特征与之前的低层次特征进行跳跃连接后,并会进入到卷积模块;首先会依次通过一个3x3卷积和一个1x1卷积,然后通过Relu激活函数,最后加入Dropout操作,Dropout可以使神经元以一定的概率停止工作,这样可以明显地减少过拟合现象,使模型的泛化性更强;

2.4.构建网络模型:

自上而下一共分为6层,包含编码部分和解码部分;先是编码部分,输入的图片是256x256x3尺寸,图像在进行预处理之后,通过了并行卷积模块并进入第二层,然后分别通过2x2最大池化层、4x4最大池化层,通过4x4最大池化层的特征等待与下一层经过2x2最大池化层的特征进行串联操作,通过2x2最大池化层的特征进入并行卷积模块继续进行最大池化层操作,依次向下;然后是解码部分,每一层经过上采样之后的高层次特征会与之前得到的特征进行运算并进入到跳跃连接,融合到的特征进入解码部分中的卷积模块,然后依次向上,最终输出视网膜视盘的分割图;

步骤3)设置训练策略;

采用Adam优化算法;设置合适的BatchSize(一次训练所选取的样本数)、epoch(表示回合的意思,训练完所有的数据表示一回合)、初始学习率、学习率下降因子、动量、权重衰减系数;

步骤4)训练网络和更新参数;

根据设置好的训练策略对模型进行训练;更新参数:网络模型中采用反向传播算法BP算法对网络中的权重和偏置进行更新;训练迭代过程中利用损失函数Dice Loss进行参数地更新;

损失函数Dice Loss公式为:

y代表真实值,p代表预测值;

步骤5);设置评价标准

建立包括精确度Precision、召回率Recall、准确度ACC、骰子系数DC、F1分数的评价指标,通过计算评价指标将我们的模型与最先进的模型进行比较从而评估我们方法的性能;

评价标准的公示如下所示:

表示在所有预测为正样本的数据中,有多少是真正的正样本;

表示所有被正确预测为证样本的样本数量与真实的正样本的总数量的比值;

表示所有的样本数据中,有多少是被正确预测的;

表示正样本和预测样本间的相似度;

表示为精确率和召回率的调和平均数;

其中TP为真阳性,TN为真阴性,FP为假阳性,FN为假阴性;

步骤6);评价网络模型

将训练得到的评价标准与通过将最新的各种网络模型训练同一个数据集得到的评价标准进行分析对比;同时将所述的网络模型分割出来的视盘与专家分割的视盘进行对比。

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